PDB-7mgd: Concanavalin A bound to a DNA glycoconjugate, T(Man-T)TT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mgd

タイトル

Concanavalin A bound to a DNA glycoconjugate, T(Man-T)TT

要素

Concanavalin-A

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN/DNA / Lectin / DNA complex / SUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia ensiformis (タチナタマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Mirkin, C.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Redefining Protein Interfaces within Protein Single Crystals with DNA.
著者: Partridge, B.E. / Winegar, P.H. / Han, Z. / Mirkin, C.A.

履歴

登録	2021年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mgd.cif.gz	198.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mgd.ent.gz	156.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mgd_validation.pdf.gz	463.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mgd_full_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示
XML形式データ	7mgd_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	7mgd_validation.cif.gz	55.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/7mgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/7mgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mg1C 7mg2C 7mg3C 7mg4C 7mg5C 7mg6C 7mg7C 7mg8C 7mg9C 7mgaC 7mgbC 7mgcC 1jbcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z5l-d 3u4x-1 1cjp-d 5tg3-d 1ona-d 4k1y-d 2p37-d 4mye-1 7mgb-1 2fmd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (8) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Concanavalin-A

B: Concanavalin-A

C: Concanavalin-A

D: Concanavalin-A

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.560, 63.970, 126.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 237 / Label seq-ID: 1 - 237

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質

Concanavalin-A / Con A

分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866

#2: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 糖

ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (32 uM) and T(Man-T)TT (128 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition B6: 0.1 M sodium chloride, 0.005 M strontium chloride ...詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (32 uM) and T(Man-T)TT (128 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition B6: 0.1 M sodium chloride, 0.005 M strontium chloride hexahydrate, 0.05 M MES (pH 6.5), 17% w/v PEG 4000). Reservoir contained 70 uL of crystallization condition

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sitting drop comprising 1 uL of Concanavalin A (32 uM) and T(Man-T)TT (128 uM) + 1 uL crystallization condition (Helix screen, condition B6: 0.1 M sodium chloride, 0.005 M strontium chloride ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→60.53 Å / Num. obs: 52751 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2.48 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 3.2777
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.48 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 7339 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JBC

1jbc

解像度: 2.05→60.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 6.144 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	2930	5.3 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.213	52751	91.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	3.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→60.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6894	0	60	514	7468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.632	9705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.272	1.569	14571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.243	5	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.867	23.642	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.549	15	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.22	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.798	3.504	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.797	3.504	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.197	5.244	4596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.198	5.245	4597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.845	3.613	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.845	3.613	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.242	5.355	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.317	41.164	7488
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.281	40.972	7426
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7080	0.04
1	2	B	7080	0.04
2	1	A	7017	0.05
2	2	C	7017	0.05
3	1	A	7014	0.05
3	2	D	7014	0.05
4	1	B	7057	0.05
4	2	C	7057	0.05
5	1	B	7054	0.06
5	2	D	7054	0.06
6	1	C	7117	0.04
6	2	D	7117	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	143	-
R_work	0.292	2879	-
obs	-	-	67.83 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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