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- PDB-7mfl: Structure of the Clostridium perfringens GH89 in complex with bet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfl
タイトルStructure of the Clostridium perfringens GH89 in complex with beta-HNJNAc
要素Alpha-N-acetylglucosaminidase family protein
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / NAGLU / Clostridium perfringens / MPS IIIB / inhibitor / GH89 / glycoside hydrolase / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-N-acetylglucosaminidase / Alpha-N-acetylglucosaminidase, N-terminal / Alpha-N-acetylglucosaminidase, C-terminal / Alpha-N-acetylglucosaminidase, tim-barrel domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) tim-barrel domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) N-terminal domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) C-terminal domain / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain ...Alpha-N-acetylglucosaminidase / Alpha-N-acetylglucosaminidase, N-terminal / Alpha-N-acetylglucosaminidase, C-terminal / Alpha-N-acetylglucosaminidase, tim-barrel domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) tim-barrel domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) N-terminal domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) C-terminal domain / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z8V / Alpha-N-acetylglucosaminidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Iminosugar C-Glycosides Work as Pharmacological Chaperones of NAGLU, a Glycosidase Involved in MPS IIIB Rare Disease*.
著者: Zhu, S. / Jagadeesh, Y. / Tran, A.T. / Imaeda, S. / Boraston, A. / Alonzi, D.S. / Poveda, A. / Zhang, Y. / Desire, J. / Charollais-Thoenig, J. / Demotz, S. / Kato, A. / Butters, T.D. / ...著者: Zhu, S. / Jagadeesh, Y. / Tran, A.T. / Imaeda, S. / Boraston, A. / Alonzi, D.S. / Poveda, A. / Zhang, Y. / Desire, J. / Charollais-Thoenig, J. / Demotz, S. / Kato, A. / Butters, T.D. / Jimenez-Barbero, J. / Sollogoub, M. / Bleriot, Y.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年8月11日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-N-acetylglucosaminidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,00811
ポリマ－103,0331
非ポリマー97510
水15,367853
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.000, 91.000, 252.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-N-acetylglucosaminidase family protein / CpGH89


分子量: 103033.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A) (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: CPF_0859 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YU91

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非ポリマー , 5種, 863分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-Z8V / N-[(2R,3S,4R,5R,6R)-4,5-dihydroxy-2,6-bis(hydroxymethyl)piperidin-3-yl]acetamide


分子量: 234.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 77514 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3675 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 0.383 / Rrim(I) all: 0.643 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7MFK

7mfk


解像度: 2→29.79 Å / SU ML: 0.2142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.2745 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 3832 4.95 %
Rwork0.1615 73613 -
obs0.1632 77445 97.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7126 0 55 853 8034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00197356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51819968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04131023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00241306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.89145978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.28391070.25692114X-RAY DIFFRACTION75.08
2.03-2.050.27721080.23332277X-RAY DIFFRACTION81.71
2.05-2.080.25981320.22042380X-RAY DIFFRACTION85.12
2.08-2.110.25861560.21942525X-RAY DIFFRACTION91.47
2.11-2.140.25351710.21042647X-RAY DIFFRACTION96.54
2.14-2.170.2111400.19792803X-RAY DIFFRACTION99.19
2.17-2.210.24251490.18792791X-RAY DIFFRACTION99.9
2.21-2.250.24741450.18312776X-RAY DIFFRACTION99.8
2.25-2.290.28091320.18122811X-RAY DIFFRACTION99.86
2.29-2.330.21581390.18342839X-RAY DIFFRACTION99.93
2.33-2.380.23331520.17612755X-RAY DIFFRACTION99.97
2.38-2.430.24171470.18392791X-RAY DIFFRACTION99.97
2.43-2.490.21461620.17492783X-RAY DIFFRACTION99.97
2.49-2.550.20721370.17852798X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.620.23841780.17132782X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.70.19341590.16872770X-RAY DIFFRACTION99.97
2.7-2.780.191060.17392837X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.880.22681630.16862789X-RAY DIFFRACTION100
2.88-30.21231590.17582779X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.23531450.16822845X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.30.18081210.16312778X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.17771100.14862873X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.780.16251460.13852787X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.160.14711300.12662833X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.760.13281320.1232818X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.980.16491430.14442811X-RAY DIFFRACTION100
5.98-29.790.18291630.15442821X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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