PDB-7mep: BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the monoclonal antibodies Rh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mep

タイトル

BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the monoclonal antibodies Rh.33172 mAb.1 and RM19R

要素

(Rh.33172 mAb.1 ...) x 2
BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120
RM19R mAb Heavy chain
RM19R mAb Light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / Immune complex / monoclonal antibodies / HIV-1 / BG505 SOSIP

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Antanasijevic, A. / Ward, A.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: From structure to sequence: Antibody discovery using cryoEM.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo ...
要旨: One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and ...

履歴

登録	2021年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-23801 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-23801 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mep.cif.gz	565.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mep.ent.gz	453.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mep_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mep_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7mep_validation.xml.gz	88.2 KB	表示
CIF形式データ	7mep_validation.cif.gz	131.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7mep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7mep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	23801MC 23778C 23779C 23780C 7mdtC 7mduC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	6syt-d 6l54-d 7pw4-d 7pw8-d 7f9l-d 6z3r-d 10348 3ff6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

G: RM19R mAb Light chain

I: RM19R mAb Heavy chain

A: BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120

B: BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120

H: Rh.33172 mAb.1 Heavy chain

L: Rh.33172 mAb.1 Light chain

J: RM19R mAb Light chain

M: RM19R mAb Heavy chain

C: BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120

E: BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120

K: RM19R mAb Light chain

N: RM19R mAb Heavy chain

D: BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120

F: BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120

ヘテロ分子

570 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCEDF

#3: タンパク質	BG505 SOSIPv5.2(7S) - gp120 分子量: 74987.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 4種, 8分子 GJKIMNHL

#1: 抗体	RM19R mAb Light chain 分子量: 11808.134 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	RM19R mAb Heavy chain 分子量: 13268.667 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	Rh.33172 mAb.1 Heavy chain 分子量: 14306.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体	Rh.33172 mAb.1 Light chain 分子量: 11477.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 66分子

#6: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#8: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	詳細	Entity ID	Parent-ID	由来
1	BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the monoclonal antibodies Rh.33172 mAb.1 and RM19R	COMPLEX	The complexes were created by combining BG505 SOSIP.v5.2(7S) and the two antibodies (as Fab fragments) and subsequent SEC purification.	#1-#5	0	MULTIPLE SOURCES
2	monoclonal antibodies Rh.33172 mAb.1 and RM19R	COMPLEX		#1-#2, #4-#5	1	RECOMBINANT
3	BG505 SOSIP.v5.2(7S)	COMPLEX		#3	1	RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	Macaca mulatta (アカゲザル)	9544
2	3	Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)	12721

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: TBS, 0.2um filtered

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	10 mM	Tris-HCl	Tris-HCl	1
2	150 mM	Sodium Chloride	NaCl	1

試料

濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse.

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blot force: 0 Wait time: 10s Blot time: 3-7s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 9.5 sec. / 電子線照射量: 44.7 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2050
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 38

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	Leginon		画像取得
4	Gctf		CTF補正
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング
9	RELION	3	初期オイラー角割当
10	RELION	3	最終オイラー角割当
11	RELION	3	分類
12	RELION	3	３次元再構成
13	RosettaEM		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 169887 / 詳細: template picked

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35099 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

PDB-ID: 6VFL

6vfl

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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