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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mea | ||||||
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タイトル | CDD-1 beta-lactamase in imidazole/MPD 1 minute avibactam complex | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Gram-positive / beta-lactamase / antibiotic resistance / inhibitor / avibactam / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In Crystallo Time-Resolved Interaction of the Clostridioides difficile CDD-1 enzyme with Avibactam Provides New Insights into the Catalytic Mechanism of Class D beta-lactamases. 著者: Stewart, N.K. / Toth, M. / Stasyuk, A. / Vakulenko, S.B. / Smith, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28617.234 Da / 分子数: 1 / 変異: K238A, K244A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: double lysine to alanine mutant Lys238Ala and Lys244Ala 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaR1_1, E5F32_07085, E5F39_11445, SAMEA3374989_01677 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NXL / ( | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 2.4 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→39.1 Å / Num. obs: 34309 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1852 / CC1/2: 0.753 / Rpim(I) all: 0.431 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.01 Å2 / Biso mean: 31.5552 Å2 / Biso min: 17.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.73→37.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %
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