PDB-7mds: Crystal structure of AtDHDPS1 in complex with MBDTA-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mds

タイトル

Crystal structure of AtDHDPS1 in complex with MBDTA-2

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / herbicide / lysine biosynthesis / biosynthetic protein / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.295 Å

データ登録者

Hall, C.J. / Soares da Costa, T.P. / Panjikar, S.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
Australian Research Council (ARC)	DP150103313	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DE190100806	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1091976	オーストラリア

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Towards novel herbicide modes of action by inhibiting lysine biosynthesis in plants.
著者: Soares da Costa, T.P. / Hall, C.J. / Panjikar, S. / Wyllie, J.A. / Christoff, R.M. / Bayat, S. / Hulett, M.D. / Abbott, B.M. / Gendall, A.R. / Perugini, M.A.

履歴

登録	2021年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mds.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mds.ent.gz	104.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mds_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mds_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7mds_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	7mds_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/7mds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/7mds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vviS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vvh-d 5ui3-d 3q0a-2 1ofd-1 4z6s-d 2p5o-3 4dpq-1 4ff2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation experiments have proven a tetrameric oligomeric state in solution
153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.470, 94.470, 181.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-654- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 1, chloroplastic / HTPA synthase 1 分子量: 37583.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DHDPS1, DHDPS, DHPS1, At3g60880, T4C21_290 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9LZX6, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-YXP / {(5Z)-5-[(4-methoxyphenyl)methylidene]-2,4-dioxo-1,3-thiazolidin-3-yl}acetic acid 分子量: 293.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M NaCl, 1.4 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月20日
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→20 Å / Num. obs: 37390 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 27.85
反射シェル	解像度: 2.29→2.43 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 7.92 / Num. unique obs: 5768 / CC_1/2: 0.978 / R_rim(I) all: 0.407 / % possible all: 0.966

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VVI

6vvi

解像度: 2.295→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 5.088 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.195 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2256	1071	2.876 %
R_work	0.183	36171	-
all	0.184	-	-
obs	-	37242	99.143 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.684 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.887 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.887 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.774 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.295→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4796	0	83	113	4992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.637	6772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.724	5	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.123	22.044	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.943	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.313	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.424	4.154	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.429	7.758	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.13	4.721	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.89	8.53	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.879	59.949	7614

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.295-2.354	0.245	73	0.222	2405	X-RAY DIFFRACTION	92.4627
2.354-2.417	0.263	77	0.191	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.8856
2.417-2.486	0.264	75	0.191	2502	X-RAY DIFFRACTION	99.8837
2.486-2.562	0.279	65	0.193	2394	X-RAY DIFFRACTION	99.8376
2.562-2.644	0.235	79	0.188	2321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.644-2.735	0.221	62	0.19	2281	X-RAY DIFFRACTION	99.9573
2.735-2.836	0.278	64	0.194	2201	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
2.836-2.95	0.223	48	0.188	2125	X-RAY DIFFRACTION	99.954
2.95-3.078	0.229	59	0.194	2047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.078-3.224	0.245	58	0.196	1947	X-RAY DIFFRACTION	99.9003
3.224-3.394	0.235	53	0.185	1880	X-RAY DIFFRACTION	99.8966
3.394-3.593	0.202	57	0.166	1767	X-RAY DIFFRACTION	99.8905
3.593-3.833	0.191	54	0.156	1678	X-RAY DIFFRACTION	99.9423
3.833-4.127	0.187	47	0.162	1569	X-RAY DIFFRACTION	99.9382
4.127-4.502	0.227	42	0.157	1475	X-RAY DIFFRACTION	100
4.502-5.002	0.189	40	0.157	1345	X-RAY DIFFRACTION	100
5.002-5.716	0.202	36	0.175	1191	X-RAY DIFFRACTION	99.8373
5.716-6.862	0.226	30	0.224	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
6.862-9.179	0.236	26	0.197	858	X-RAY DIFFRACTION	99.887
9.179-20	0.225	26	0.183	590	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)