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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m7w | ||||||
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タイトル | Antibodies to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that maximize breadth and resistance to viral escape | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Snell, G. / Czudnochowski, N. / Croll, T.I. / Nix, J.C. / Corti, D. / Cameroni, E. / Pinto, D. / Beltramello, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: SARS-CoV-2 RBD antibodies that maximize breadth and resistance to escape. 著者: Tyler N Starr / Nadine Czudnochowski / Zhuoming Liu / Fabrizia Zatta / Young-Jun Park / Amin Addetia / Dora Pinto / Martina Beltramello / Patrick Hernandez / Allison J Greaney / Roberta Marzi ...著者: Tyler N Starr / Nadine Czudnochowski / Zhuoming Liu / Fabrizia Zatta / Young-Jun Park / Amin Addetia / Dora Pinto / Martina Beltramello / Patrick Hernandez / Allison J Greaney / Roberta Marzi / William G Glass / Ivy Zhang / Adam S Dingens / John E Bowen / M Alejandra Tortorici / Alexandra C Walls / Jason A Wojcechowskyj / Anna De Marco / Laura E Rosen / Jiayi Zhou / Martin Montiel-Ruiz / Hannah Kaiser / Josh R Dillen / Heather Tucker / Jessica Bassi / Chiara Silacci-Fregni / Michael P Housley / Julia di Iulio / Gloria Lombardo / Maria Agostini / Nicole Sprugasci / Katja Culap / Stefano Jaconi / Marcel Meury / Exequiel Dellota / Rana Abdelnabi / Shi-Yan Caroline Foo / Elisabetta Cameroni / Spencer Stumpf / Tristan I Croll / Jay C Nix / Colin Havenar-Daughton / Luca Piccoli / Fabio Benigni / Johan Neyts / Amalio Telenti / Florian A Lempp / Matteo S Pizzuto / John D Chodera / Christy M Hebner / Herbert W Virgin / Sean P J Whelan / David Veesler / Davide Corti / Jesse D Bloom / Gyorgy Snell / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: An ideal therapeutic anti-SARS-CoV-2 antibody would resist viral escape, have activity against diverse sarbecoviruses, and be highly protective through viral neutralization and effector functions. ...An ideal therapeutic anti-SARS-CoV-2 antibody would resist viral escape, have activity against diverse sarbecoviruses, and be highly protective through viral neutralization and effector functions. Understanding how these properties relate to each other and vary across epitopes would aid the development of therapeutic antibodies and guide vaccine design. Here we comprehensively characterize escape, breadth and potency across a panel of SARS-CoV-2 antibodies targeting the receptor-binding domain (RBD). Despite a trade-off between in vitro neutralization potency and breadth of sarbecovirus binding, we identify neutralizing antibodies with exceptional sarbecovirus breadth and a corresponding resistance to SARS-CoV-2 escape. One of these antibodies, S2H97, binds with high affinity across all sarbecovirus clades to a cryptic epitope and prophylactically protects hamsters from viral challenge. Antibodies that target the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor-binding motif (RBM) typically have poor breadth and are readily escaped by mutations despite high neutralization potency. Nevertheless, we also characterize a potent RBM antibody (S2E12) with breadth across sarbecoviruses related to SARS-CoV-2 and a high barrier to viral escape. These data highlight principles underlying variation in escape, breadth and potency among antibodies that target the RBD, and identify epitopes and features to prioritize for therapeutic development against the current and potential future pandemics. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Antibodies to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that maximize breadth and resistance to viral escape. 著者: Starr, T.N. / Czudnochowski, N. / Zatta, F. / Park, Y.J. / Liu, Z. / Addetia, A. / Pinto, D. / Beltramello, M. / Hernandez, P. / Greaney, A.J. / Marzi, R. / Glass, W.G. / Zhang, I. / Dingens, ...著者: Starr, T.N. / Czudnochowski, N. / Zatta, F. / Park, Y.J. / Liu, Z. / Addetia, A. / Pinto, D. / Beltramello, M. / Hernandez, P. / Greaney, A.J. / Marzi, R. / Glass, W.G. / Zhang, I. / Dingens, A.S. / Bowen, J.E. / Wojcechowskyj, J.A. / De Marco, A. / Rosen, L.E. / Zhou, J. / Montiel-Ruiz, M. / Kaiser, H. / Tucker, H. / Housley, M.P. / di Iulio, J. / Lombardo, G. / Agostini, M. / Sprugasci, N. / Culap, K. / Jaconi, S. / Meury, M. / Dellota, E. / Cameroni, E. / Croll, T.I. / Nix, J.C. / Havenar-Daughton, C. / Telenti, A. / Lempp, F.A. / Pizzuto, M.S. / Chodera, J.D. / Hebner, C.M. / Whelan, S.P.J. / Virgin, H.W. / Veesler, D. / Corti, D. / Bloom, J.D. / Snell, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 819.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 681.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 515.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 530.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 4種, 8分子 BLAHDFCE
#1: 抗体 | 分子量: 22993.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24351.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 22935.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 24174.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 99分子 SR![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: タンパク質 | 分子量: 24442.332 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor binding domain (UNP residues 328-531) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() #6: 糖 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% Precipitant Mix 2 (Molecular Dimensions; ethylene glycol, PEG8000), 0.1 M Buffer System 3, pH 8.5 (Molecular Dimensions; Tris (base)/BICINE), 0.12 M Monosaccharides Mix (Molecular ...詳細: 30% Precipitant Mix 2 (Molecular Dimensions; ethylene glycol, PEG8000), 0.1 M Buffer System 3, pH 8.5 (Molecular Dimensions; Tris (base)/BICINE), 0.12 M Monosaccharides Mix (Molecular Dimensions), 0.02 M sodium chloride, 0.01 M MES, pH 6, 3% v/v Jeffamine ED-2003 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月21日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→63.94 Å / Num. obs: 77307 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 533127 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.3
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 7JX3, homology models of S2X259 Fab and S2H97 Fab 解像度: 2.65→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 39.291 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.855 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.37 Å2 / Biso mean: 75.747 Å2 / Biso min: 30 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→50.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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