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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m5i | ||||||
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タイトル | Endolysin from Escherichia coli O157:H7 phage FAHEc1 | ||||||
要素 | Endolysin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Bacteriophage / peptidoglycan hydrolase / endolysin / enzyme / muramidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O157 typing phage 15 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Love, M.J. / Coombes, D. / Billington, C. / Dobson, R.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2021 タイトル: The Molecular Basis for Escherichia coli O157:H7 Phage FAHEc1 Endolysin Function and Protein Engineering to Increase Thermal Stability. 著者: Love, M.J. / Coombes, D. / Manners, S.H. / Abeysekera, G.S. / Billington, C. / Dobson, R.C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m5i.cif.gz | 144.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m5i.ent.gz | 112.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7m5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7m5i_validation.pdf.gz | 436.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7m5i_full_validation.pdf.gz | 437.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7m5i_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7m5i_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m5i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: -3 - 153 / Label seq-ID: 3 - 159
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17939.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli O157 typing phage 15 (ファージ) 遺伝子: rrrD, ECTP15_02508 / Variant: ERL 022447 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6R9G3, lysozyme #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Sodium Chloride, 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→44.85 Å / Num. obs: 39675 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 2064 / CC1/2: 0.575 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ET6A 解像度: 1.71→44.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.688 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.766 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.71→44.85 Å
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拘束条件 |
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