PDB-7m5i: Endolysin from Escherichia coli O157:H7 phage FAHEc1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m5i

タイトル

Endolysin from Escherichia coli O157:H7 phage FAHEc1

要素

Endolysin

Lysin

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Bacteriophage (ファージ) / peptidoglycan hydrolase /

endolysin /

enzyme (酵素) /

muramidase (リゾチーム)

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process /

リゾチーム /

lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157 typing phage 15 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Love, M.J. / Coombes, D. / Billington, C. / Dobson, R.C.J.

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: The Molecular Basis for Escherichia coli O157:H7 Phage FAHEc1 Endolysin Function and Protein Engineering to Increase Thermal Stability.
著者: Love, M.J. / Coombes, D. / Manners, S.H. / Abeysekera, G.S. / Billington, C. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2021年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m5i.cif.gz	144.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m5i.ent.gz	112.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2xcj-d 6u3d-1 4qgo-2 1v9h-d 3hnq-4 3hnq-3 2wcf-2 6k6b-d 6d81-2 1etw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (4) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

B: Endolysin

A: Endolysin

ヘテロ分子

36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Endolysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Endolysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.874, 67.874, 134.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-447- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: -3 - 153 / Label seq-ID: 3 - 159

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

#1: タンパク質	Endolysin / Lysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase 分子量: 17939.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli O157 typing phage 15 (ファージ) 遺伝子: rrrD, ECTP15_02508 / Variant: ERL 022447 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6R9G3, リゾチーム
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium Chloride, 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→44.85 Å / Num. obs: 39675 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 2064 / CC_1/2: 0.575 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ET6A

解像度: 1.71→44.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.688 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	2004	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17347	-	-	-
obs	0.17503	37676	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.766 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.13 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.71→44.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2475	0	20	299	2794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.731	1.644	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.466	1.588	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.79	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.555	23.415	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.709	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.803	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.813	2.22	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.785	2.217	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.65	3.315	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.652	3.317	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.032	2.644	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.904	2.603	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.532	3.747	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.126	43.031	10854
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.985	42.328	10638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4885 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	B
2	A

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.752 Å /

	反射数	%反射
R_free	134	-
R_work	2737	-
obs	-	98.69 %

精密化 TLS

T11: 0.0275 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6886	-0.5018	0.0798	2.2167	1.2515	1.7263	0.0396	-0.139	-0.3745	0.0776	-0.0715	0.229	0.1681	-0.0195	0.032	0.0051	0.0047	0.0255	0.0308	0.1035	18.1511	0.802	-0.5077
2	0.8432	0.441	0.4989	2.828	1.1446	2.1594	-0.0769	0.107	0.0396	-0.2253	-0.0207	-0.0478	-0.2045	0.1436	0.0975	-0.0211	-0.0082	0.1009	0.0401	0.0187	-1.0124	-25.3597	10.3622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	-3 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	-5 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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