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- PDB-7m5h: Crystal structure of conserved protein from Enterococcus faecalis V583 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m5h
タイトルCrystal structure of conserved protein from Enterococcus faecalis V583
要素Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / deoxyribosyltransferase / Rossmann-fold / structural genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Nocek, B. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of conserved protein from Enterococcus faecalis V583
著者: Nocek, B. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年4月7日ID: 3EHD
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3248
ポリマ－35,8622
非ポリマー4626
水3,657203
1
A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,64816
ポリマ－71,7234
非ポリマー92512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
Buried area18350 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area24150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.901, 219.901, 219.901
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Space group name HallF4d23
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+1/4
#3: x+1/4,z+1/4,-y+1/4
#4: z+1/4,y+1/4,-x+1/4
#5: -z+1/4,y+1/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+1/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+1/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z,x
#11: z,-x,-y
#12: -y,z,-x
#13: -z,-x,y
#14: -z,x,-y
#15: y,-z,-x
#16: x,-y,-z
#17: -x,y,-z
#18: -x,-y,z
#19: y+1/4,x+1/4,-z+1/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+1/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+1/4,z+1/4,y+1/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
#25: x,y+1/2,z+1/2
#26: x+1/4,-z+3/4,y+3/4
#27: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#28: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#29: -z+1/4,y+3/4,x+3/4
#30: -y+1/4,x+3/4,z+3/4
#31: y+1/4,-x+3/4,z+3/4
#32: z,x+1/2,y+1/2
#33: y,z+1/2,x+1/2
#34: -y,-z+1/2,x+1/2
#35: z,-x+1/2,-y+1/2
#36: -y,z+1/2,-x+1/2
#37: -z,-x+1/2,y+1/2
#38: -z,x+1/2,-y+1/2
#39: y,-z+1/2,-x+1/2
#40: x,-y+1/2,-z+1/2
#41: -x,y+1/2,-z+1/2
#42: -x,-y+1/2,z+1/2
#43: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#44: -y+1/4,-x+3/4,-z+3/4
#45: z+1/4,-y+3/4,x+3/4
#46: -z+1/4,-y+3/4,-x+3/4
#47: -x+1/4,z+3/4,y+3/4
#48: -x+1/4,-z+3/4,-y+3/4
#49: x+1/2,y,z+1/2
#50: x+3/4,-z+1/4,y+3/4
#51: x+3/4,z+1/4,-y+3/4
#52: z+3/4,y+1/4,-x+3/4
#53: -z+3/4,y+1/4,x+3/4
#54: -y+3/4,x+1/4,z+3/4
#55: y+3/4,-x+1/4,z+3/4
#56: z+1/2,x,y+1/2
#57: y+1/2,z,x+1/2
#58: -y+1/2,-z,x+1/2
#59: z+1/2,-x,-y+1/2
#60: -y+1/2,z,-x+1/2
#61: -z+1/2,-x,y+1/2
#62: -z+1/2,x,-y+1/2
#63: y+1/2,-z,-x+1/2
#64: x+1/2,-y,-z+1/2
#65: -x+1/2,y,-z+1/2
#66: -x+1/2,-y,z+1/2
#67: y+3/4,x+1/4,-z+3/4
#68: -y+3/4,-x+1/4,-z+3/4
#69: z+3/4,-y+1/4,x+3/4
#70: -z+3/4,-y+1/4,-x+3/4
#71: -x+3/4,z+1/4,y+3/4
#72: -x+3/4,-z+1/4,-y+3/4
#73: x+1/2,y+1/2,z
#74: x+3/4,-z+3/4,y+1/4
#75: x+3/4,z+3/4,-y+1/4
#76: z+3/4,y+3/4,-x+1/4
#77: -z+3/4,y+3/4,x+1/4
#78: -y+3/4,x+3/4,z+1/4
#79: y+3/4,-x+3/4,z+1/4
#80: z+1/2,x+1/2,y
#81: y+1/2,z+1/2,x
#82: -y+1/2,-z+1/2,x
#83: z+1/2,-x+1/2,-y
#84: -y+1/2,z+1/2,-x
#85: -z+1/2,-x+1/2,y
#86: -z+1/2,x+1/2,-y
#87: y+1/2,-z+1/2,-x
#88: x+1/2,-y+1/2,-z
#89: -x+1/2,y+1/2,-z
#90: -x+1/2,-y+1/2,z
#91: y+3/4,x+3/4,-z+1/4
#92: -y+3/4,-x+3/4,-z+1/4
#93: z+3/4,-y+3/4,x+1/4
#94: -z+3/4,-y+3/4,-x+1/4
#95: -x+3/4,z+3/4,y+1/4
#96: -x+3/4,-z+3/4,-y+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1134-

HOH

21A-1135-

HOH

31A-1189-

HOH

41A-1193-

HOH

51A-1196-

HOH

61A-1201-

HOH

71B-1229-

HOH

81B-1237-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase


分子量: 17930.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: EF_2354 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q831Y8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M Magnesium Formate, pH 5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9744 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9744 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 25312 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 35.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 33.64
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1238 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc4_3812精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
SHELXD位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→38.87 Å / SU ML: 0.1921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3209
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 1291 5.11 %
Rwork0.1751 23953 -
obs0.1771 25244 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2465 0 30 203 2698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00142573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41653490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4112956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.240.23021380.21422597X-RAY DIFFRACTION99.64
2.24-2.340.25341650.2052576X-RAY DIFFRACTION99.67
2.34-2.460.22081410.19642600X-RAY DIFFRACTION99.67
2.46-2.610.22291320.18792636X-RAY DIFFRACTION99.71
2.62-2.820.24931420.19592624X-RAY DIFFRACTION99.68
2.82-3.10.22551410.19672649X-RAY DIFFRACTION99.86
3.1-3.550.19551470.17852678X-RAY DIFFRACTION99.89
3.55-4.470.20751250.1482724X-RAY DIFFRACTION99.79
4.47-38.870.21021600.16312869X-RAY DIFFRACTION99.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.391078668420.32673455119-1.886740908324.43609330479-1.118580849654.35161493974-0.2710318141051.154460774330.361033034192-0.7559989360080.375924032629-0.0418499816216-0.1875776494110.00546566323331-0.07074757482850.351366944987-0.119234498812-0.002339855718040.5153501767460.09652842021380.3195606725269.257266427499.2241993911530.7031958984
25.40953062683-3.905091577062.028965926916.19566240157-5.419629035515.772487371570.03962898232180.485845669309-0.284084235801-0.658529714948-0.0775796875721-0.617368401990.6308025461680.4242844922890.1545145101120.29446722901-0.0498118770310.06917747415640.384596414163-0.05333535985890.44750160262722.00897815192.7609303503342.7360205163
33.338949077161.438310577860.004885835791021.64794921756-0.3951420453191.08505160447-0.1321478072620.041647948810.83276359651-0.1241557615230.1033871278720.3973184691-0.154787400029-0.1068450610110.01320892786360.250123301471-0.00254676759065-0.008754361989760.181617150687-0.0113673000290.46027343937-3.4435533624912.864371528845.6201019021
42.477635700512.23334565861-2.357931019924.00838091559-0.6985980600193.26501446439-0.3374941204671.269133819651.44310785566-1.294040280830.09739846992920.743815638761-0.994209269814-0.635157938136-0.3275441453950.578844062042-0.072640073586-0.1449031234060.5682534412580.4126234360940.6923118654460.19605881871219.664753507430.7389234583
51.490672835030.6362978291741.216485362942.649506490680.565581981261.28780954380.168001340911-1.789018145090.806711848290.564056122362-0.1016546100260.138892503554-0.2125777377910.2311136854080.06568485694550.376762064157-0.140514437350.04687940402551.07137321742-0.3739043505890.4300805209476.941455077611.394694005271.0217334344
68.03875465904-3.845941359562.621835220831.78925288224-1.216761203720.8462629717030.0421625380244-2.069789556050.7545330670850.5025327255460.02583131960310.950758143145-0.485409851403-0.8911390695040.4533225637450.587096265304-0.07110689609910.1236127011880.999069086434-0.6648980542711.4902923233-10.500482330621.094144206361.7697117494
77.40455916136-2.548785594195.323565260744.58293679721-1.2139306488.46421879147-0.266781045055-1.213178027171.052506590580.8530810564270.6177110314880.6200653762-1.04659625654-0.702679780606-0.01569094033710.405069484001-0.03691816844090.1320110643450.2724784325-0.09641828994110.6842827878572.4954574948522.843147150956.7807797955
84.361074395110.8929574711650.1072824208792.581379700970.7954166602651.396714749630.193801054968-0.954041636637-0.3102475145780.237149985395-0.174618982301-0.3062705302260.1092972861840.166145016571-0.0379809031380.189035041866-0.0311130549112-0.01579699216490.404486488550.03988468604380.31569137581414.39273361430.5313527214658.4249267933
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 40 )AA1 - 401 - 40
22chain 'A' and (resid 41 through 65 )AA41 - 6541 - 67
33chain 'A' and (resid 66 through 144 )AA66 - 14468 - 148
44chain 'A' and (resid 145 through 158 )AA145 - 158149 - 162
55chain 'B' and (resid 0 through 40 )BE0 - 401 - 41
66chain 'B' and (resid 41 through 52 )BE41 - 5242 - 53
77chain 'B' and (resid 53 through 65 )BE53 - 6554 - 67
88chain 'B' and (resid 66 through 158 )BE66 - 15868 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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