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- PDB-7m5f: Contact-dependent inhibition system from Serratia marcescens BWH57 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m5f
タイトルContact-dependent inhibition system from Serratia marcescens BWH57
要素
  • CdiI
  • Toxin CdiA
キーワードTOXIN / antitoxin / CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / toxin activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamentous haemagglutinin repeat / Haemagglutinin repeat / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat ...Filamentous haemagglutinin repeat / Haemagglutinin repeat / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Toxin CdiA
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Michalska, K. / Nutt, W. / Stols, L. / Jedrzejczak, R. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Contact-dependent inhibition system from Serratia marcescens
著者: Michalska, K. / Nutt, W. / Stols, L. / Jedrzejczak, R. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2 / struct
Item: _citation.title / _citation_author.name ..._citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CdiI
C: Toxin CdiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2515
ポリマ－26,9442
非ポリマー3063
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.691, 97.241, 44.495
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 CdiI


分子量: 11255.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: BWH57 / プラスミド: pMCSG89 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Toxin CdiA


分子量: 15689.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: BWH57 / 遺伝子: SK68_03206 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A656UUJ3
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% v/v tacsimate pH 4.0, 20% w/v PEG 3350, cryo glycerol 15%, trypsin treated

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 35744 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 13.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 20.82
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / Num. unique obs: 1750 / CC1/2: 0.775 / CC star: 0.935 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3409精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.59→48.64 Å / SU ML: 0.1194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.8782
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1667 1763 4.94 %
Rwork0.1404 33928 -
obs0.1417 35691 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1674 0 21 323 2018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90862503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0585266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.40581108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.630.20271540.1912521X-RAY DIFFRACTION98.09
1.63-1.680.22711240.17032556X-RAY DIFFRACTION98.49
1.68-1.740.17881500.16212571X-RAY DIFFRACTION98.91
1.74-1.80.18691130.15982581X-RAY DIFFRACTION98.83
1.8-1.870.1731340.15162562X-RAY DIFFRACTION98.75
1.87-1.960.1691300.14512615X-RAY DIFFRACTION99.38
1.96-2.060.16731220.14312590X-RAY DIFFRACTION98.98
2.06-2.190.16461350.13422582X-RAY DIFFRACTION98.37
2.19-2.360.17071470.1292636X-RAY DIFFRACTION99.57
2.36-2.590.16441390.12662618X-RAY DIFFRACTION99.42
2.59-2.970.14261540.13532609X-RAY DIFFRACTION98.82
2.97-3.740.14721170.12662709X-RAY DIFFRACTION99.16
3.74-48.640.17191440.14392778X-RAY DIFFRACTION98.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.210373176130.357192368612-0.309585427592.275699057010.9349125054082.43740609690.004826958233720.01290159108440.223050773526-0.0717101255755-0.0250202950317-0.0968958663303-0.215640953088-0.01166625969380.02792447339740.08784024903330.00597226182508-0.01553034881230.0596096972343-0.002411460103150.12153161486648.896616941141.467844963348.6816315349
24.56794140808-0.149906262522-3.083965660454.476280419490.4679654168045.194277309-0.19562245777-0.241057454948-0.1446847574190.2077202894780.315015273587-0.1658175341470.6410545266550.447262205645-0.1093813954450.2092468470840.0634626624687-0.04601222425960.1314421886140.005122434144870.14024637235453.627669568721.10868741651.7493050391
31.39835274105-0.684709676450.3474525334235.87545449066-1.261586142811.96162507421-0.0219627230612-0.06665218794710.0606130531920.2415329607410.008777965198890.0160515660428-0.00224325496261-0.07893941417350.006102917913930.0579303230525-0.005310750947210.008543036324760.0748812714267-0.0139949066160.084805701595540.492929740238.329182934254.9747199369
43.93190588802-0.196337727718-0.3743654802772.72132233664-0.09089971722440.4555244269460.1046799715850.183000493839-0.17768070182-0.127676619257-0.0961171421079-0.02061643396810.0416742177228-0.0349860505828-0.04541680296550.1198867361450.00693161243209-0.01261278588670.0958423856621-0.01580237603830.10330386914258.031228363514.030241661133.5351090647
52.9662396557-0.4833159172490.1106127717642.783882701350.4861391761912.17277266931-0.03166055815050.0744053966767-0.0493859309984-0.0637166931344-0.01861106900730.176166301626-0.069888536161-0.1135388489920.03040313791370.0821080421713-0.00153578015493-0.007298690397680.0590314600658-0.009745139650820.061351091929743.947462711528.845672414639.272157252
63.888269302280.683704307410.5652436164843.135589845311.017536245882.689821978320.001265778550990.323142474098-0.104783562125-0.2017378334260.032888047441-0.1128045523970.01211516364560.06099459453120.008318900310010.133052335203-0.0005785274835130.0132806370120.09779668768110.02501660227440.067047599127652.846733394429.837557483330.481244678
75.24153477165-0.7907398416-0.2994772628195.564122247070.510888713725.70148002044-0.0208198462158-0.2826527606230.2641736904170.08798283924390.125271329536-0.261443879057-0.2018358635320.523927802838-0.192218865090.0644198514845-0.0234945034291-0.001754654435280.0850050203933-0.0112496503670.13003067480858.612228327636.895658819239.9396816728
85.057445473911.302008999683.832398652881.909281724043.272765752757.26164792247-0.003186886442230.5254427302850.173278744651-0.7120898294560.061126716454-0.01933312755960.3331930655820.244851965108-0.06277874010670.388342031018-0.140511938658-0.1047782172320.3617560594810.1558643497370.28690293519551.654240680436.721535338422.3703355446
92.97053829694-0.193461405419-0.3257769010993.68112371688-0.1678163130832.303861683260.01340375941110.1226340332340.08944942978490.03359950007840.0373146889082-0.0496539818496-0.1514703356890.049757178232-0.0214232486870.0732697596973-0.00835805060489-0.009109905652990.0673375856084-0.008394003217960.066566106305654.216034602330.334664293137.4542952483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 2 through 37 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 38 through 59 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 60 through 82 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 83 through 94 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 95 through 100 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 101 through 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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