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- PDB-7m3x: Crystal Structure of the Apo Form of Human RBBP7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m3x
タイトルCrystal Structure of the Apo Form of Human RBBP7
要素Histone-binding protein RBBP7
キーワードTRANSCRIPTION / RBBP7 / CHROMATIN / HISTONE / WD-40 REPEAT PROTEIN / CHAPERONE / ACETYLATION / CHROMATIN REGULATOR / DNA REPLICATION / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / WD REPEAT / CHROMOSOMAL PROTEIN / NUCLEOSOME CORE / HISTONE-CHAPERONE COMPLEX Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular heat acclimation / NURF complex / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / response to steroid hormone / positive regulation of stem cell population maintenance / ATPase complex ...cellular heat acclimation / NURF complex / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / response to steroid hormone / positive regulation of stem cell population maintenance / ATPase complex / Sin3-type complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / negative regulation of cell migration / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / negative regulation of cell growth / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Potential therapeutics for SARS / DNA replication / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / : / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / : / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-binding protein RBBP7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Righetto, G.L. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Apo Form of Human RBBP7
著者: Righetto, G.L. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-binding protein RBBP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0463
ポリマ－45,9661
非ポリマー802
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.726, 88.775, 97.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone-binding protein RBBP7 / Histone acetyltransferase type B subunit 2 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP46 / ...Histone acetyltransferase type B subunit 2 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP46 / Retinoblastoma-binding protein 7 / RBBP-7 / Retinoblastoma-binding protein p46


分子量: 45965.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP7, RBAP46 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16576
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 28%(w/v)PEG3350 MME, 0.2M NaCl, 0.1M Hepes pH7.8, 5% MPD, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 68121 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.784 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 727132
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.46-1.498.10.77733540.8050.2860.8290.48299.8
1.49-1.519.50.70433380.8660.2390.7440.49799.9
1.51-1.5410.40.6133540.9060.1970.6410.504100
1.54-1.57110.52933580.9350.1650.5540.522100
1.57-1.6111.30.42633930.9590.1310.4460.54599.9
1.61-1.6411.20.3833490.9630.1180.3990.54699.7
1.64-1.69110.33533450.970.1040.3510.55799.9
1.69-1.7310.80.28133990.9770.0890.2950.573100
1.73-1.78100.22433840.9850.0740.2360.60399.9
1.78-1.8410.60.18433500.990.0590.1930.632100
1.84-1.9111.50.1533900.9940.0460.1570.67999.9
1.91-1.9811.50.11733860.9960.0360.1230.7399.9
1.98-2.0711.30.09434020.9970.0290.0980.778100
2.07-2.1811.10.08134010.9980.0250.0850.839100
2.18-2.3210.90.06934140.9980.0220.0730.88499.9
2.32-2.5100.06334290.9980.0210.0670.95599.9
2.5-2.7510.80.05634280.9980.0180.0581.064100
2.75-3.1511.50.04934620.9980.0150.0511.309100
3.15-3.9610.90.03934980.9990.0130.0411.46399.9
3.96-5010.20.03536870.9990.0110.0371.3199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CFS

3cfs


解像度: 1.46→48.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.197 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1925 3307 4.9 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.171 64741 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.97 Å2 / Biso mean: 15.432 Å2 / Biso min: 5.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å2-0 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3002 0 2 423 3427
Biso mean--38.76 26.09 -
残基数----378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.6274372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3741.5726520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5065404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.5324.161161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.38315509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5751510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02637
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.496 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 265 -
Rwork0.285 4534 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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