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万見
- PDB-7m2m: NMR Structure of GCAP5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m2m
タイトルNMR Structure of GCAP5
要素Guanylate cyclase activator 1A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / guanylate cyclase (グアニル酸シクラーゼ) / GCAP5 / EF-hand (EFハンド) / Mg2+ (マグネシウム) / Ca2+ / vision / phototransduction
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate cyclase activator activity / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / response to stimulus / photoreceptor outer segment / 視覚 / ferrous iron binding / calcium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Guanylyl cyclase-activating protein 1 / Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylate cyclase activator 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Ames, J.B. / Cudia, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01-EY012347 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: NMR and EPR-DEER Structure of a Dimeric Guanylate Cyclase Activator Protein-5 from Zebrafish Photoreceptors.
著者: Cudia, D. / Roseman, G.P. / Assafa, T.E. / Shahu, M.K. / Scholten, A. / Menke-Sell, S.K. / Yamada, H. / Koch, K.W. / Milhauser, G. / Ames, J.B.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate cyclase activator 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5142
ポリマ－22,4891
非ポリマー241
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area720 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area11480 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Guanylate cyclase activator 1A / Guanylyl cyclase-activating protein 1


分子量: 22489.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The initial MET at residue 1 gets removed during the myristoylation of the protein. The myristoyl group is covalently attached (N-acyl linkage) to the amino group of the GLY at residue 2.
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: guca1e, GUCA1E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5MAC8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
222isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
232isotropic13D HN(CA)CB
242isotropic13D CBCA(CO)NH
252isotropic13D (H)CCH-TOCSY
262isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-100% 15N] GCAP5, 2.0 mM MAGNESIUM ION, 10 mM [U-100% 2H] MES, 90% H2O/10% D2OThe 15N-labeled GCAP5 protein (0.5 mM) was dissolved in NMR buffer at pH 6.0.15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GCAP5, 2.0 mM MAGNESIUM ION, 10 mM [U-100% 2H] MES, 90% H2O/10% D2OThe 13C,15N-labeled GCAP5 protein (0.5 mM) was dissolved in NMR buffer at pH 6.0.13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMGCAP5[U-100% 15N]1
2.0 mMMAGNESIUM IONnatural abundance1
10 mMMES[U-100% 2H]1
0.5 mMGCAP5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2.0 mMMAGNESIUM IONnatural abundance2
10 mMMES[U-100% 2H]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
110 mMconditions_16.0 1 atm310 K
210 mMconditions_26.0 1 atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leechemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on 660 NOE-derived distances, 128 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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