PDB-7m23: Human carbonic anhydrase II in complex with troglitazone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m23

タイトル

Human carbonic anhydrase II in complex with troglitazone

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / glitazone drug class / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Mueller, S.L. / Peat, T.S.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: The Glitazone Class of Drugs as Carbonic Anhydrase Inhibitors-A Spin-Off Discovery from Fragment Screening.
著者: Mueller, S.L. / Chrysanthopoulos, P.K. / Halili, M.A. / Hepburn, C. / Nebl, T. / Supuran, C.T. / Nocentini, A. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2021年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m23.cif.gz	133.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m23.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7m23_validation.pdf.gz	686.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m23_full_validation.pdf.gz	687.2 KB	表示
XML形式データ	7m23_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7m23_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7m24C 7m26C 6odzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lv5-d 3po6-d 6otm-d 1g3z-d 5jdv-d 6ugq-d 1g45-d 3ryj-d 6bc9-d 6eeo-d 3m3x-d 3sbi-d 1cny-d 3ibl-d 3m2n-d 3p5l-d 1bnw-d 6lva-d 3p44-d 4rh2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.333, 41.292, 71.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.356, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29070.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-TDZ / (5R)-5-(4-{[(2R)-6-HYDROXY-2,5,7,8-TETRAMETHYL-3,4-DIHYDRO-2H-CHROMEN-2-YL]METHOXY}BENZYL)-1,3-THIAZOLIDINE-2,4-DIONE / TROGLITAZONE / (2R,5R)-トログリタゾン分子量: 441.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₇NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein concentration was 4 mg/mL; equal volumes (250 nL) of protein plus reservoir were added to the plate; the reservoir was 1.5 M tri-potassium citrate, 0.1 M tris buffer at pH 8.3. PH範囲: 8-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953656 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953656 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→41.29 Å / Num. obs: 58740 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / R_merge(I) obs: 0.627 / Num. unique obs: 2886 / CC_1/2: 0.825 / R_pim(I) all: 0.416

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6odz

6odz

解像度: 1.3→39.943 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.552 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.151	2900	4.938 %
R_work	0.1204	55829	-
all	0.122	-	-
obs	-	58729	99.112 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.036 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.295 Å²	0 Å²	-0.669 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.475 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2059	0	32	279	2370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.642	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.452	1.593	5109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.132	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.238	23.866	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.887	15	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.433	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	542
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.048	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.446	1.167	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.446	1.164	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.856	1.763	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.86	1.766	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.017	1.499	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.013	1.499	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.515	2.144	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.514	2.145	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.961	24.062	10558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.689	23.415	10303
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.063	3	4586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.216	213	0.186	4060	X-RAY DIFFRACTION	97.6239
1.334-1.37	0.181	191	0.161	3970	X-RAY DIFFRACTION	98.1599
1.37-1.41	0.172	187	0.144	3892	X-RAY DIFFRACTION	98.6934
1.41-1.453	0.167	194	0.132	3739	X-RAY DIFFRACTION	98.4481
1.453-1.501	0.158	182	0.112	3650	X-RAY DIFFRACTION	98.4837
1.501-1.554	0.152	182	0.102	3519	X-RAY DIFFRACTION	98.6933
1.554-1.612	0.133	193	0.095	3405	X-RAY DIFFRACTION	99.0094
1.612-1.678	0.13	146	0.09	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.1736
1.678-1.753	0.134	157	0.09	3183	X-RAY DIFFRACTION	99.4936
1.753-1.838	0.125	156	0.089	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.4745
1.838-1.938	0.129	155	0.091	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.8032
1.938-2.055	0.125	158	0.104	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
2.055-2.197	0.143	124	0.107	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.9261
2.197-2.372	0.14	134	0.108	2413	X-RAY DIFFRACTION	99.9215
2.372-2.599	0.148	130	0.117	2190	X-RAY DIFFRACTION	99.9139
2.599-2.905	0.159	112	0.129	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.905-3.353	0.163	96	0.133	1787	X-RAY DIFFRACTION	99.9469
3.353-4.104	0.144	89	0.118	1511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.104-5.795	0.168	73	0.15	1180	X-RAY DIFFRACTION	99.6818
5.795-39.943	0.222	28	0.208	690	X-RAY DIFFRACTION	99.5839

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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