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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m1n | ||||||
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タイトル | Wild-type Hydrogenobacter thermophilus ferredoxin 1 | ||||||
![]() | Putative ferredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / IRON/SULFUR CLUSTER / Putative ferredoxin![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Steindel, P.S. / Li, B. / Elliott, S.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Maximizing (Electro)catalytic CO2 Reduction with a Ferredoxin-Based Reduction Potential Gradient 著者: Li, B. / Steindel, P. / Haddad, N. / Elliott, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7953.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: fdx1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 79% saturated ammonium sulfate, 0.1 M MES (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→28 Å / Num. obs: 15621 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.0650310623 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 2.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 2921 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 88.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IQZ 解像度: 2.06→28 Å / SU ML: 0.192028364882 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34748017906 / 位相誤差: 21.5958856637 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.1412151389 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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