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- PDB-7m0s: N-terminal domain of PmrA from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m0s
タイトルN-terminal domain of PmrA from Acinetobacter baumannii
要素Two-component system response regulator PmrA
キーワードTRANSCRIPTION / colistin resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component system response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Palethorpe, S. / Milton, M.E. / Cavanagh, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136904-01A1 米国
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Structure of the Acinetobacter baumannii PmrA receiver domain and insights into clinical mutants affecting DNA binding and promoting colistin resistance.
著者: Palethorpe, S. / Milton, M.E. / Pesci, E.C. / Cavanagh, J.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component system response regulator PmrA
B: Two-component system response regulator PmrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8492
ポリマ－28,8492
非ポリマー00
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: OmpR/PhoP family response regulators, of which PmrA is a member, are known to form homodimers in solution and within a cyrstal lattice.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.398, 39.232, 91.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Two-component system response regulator PmrA


分子量: 14424.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: pmrA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DEH3) / 参照: UniProt: A0A517D2C4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 27942 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.939 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.828
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 10.75 / Num. unique obs: 1293 / CC1/2: 0.939 / Rsym value: 0.162 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc6-3830精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18rc6-3830位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ONT

6ont


解像度: 1.64→45.41 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2136 2005 7.19 %
Rwork0.1741 --
obs0.1769 27883 97.96 %
原子変位パラメータBiso mean: 18.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1991 0 0 227 2218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01012046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0772767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0596324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9032787
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Rfactor Rfree: 0.2646 / Rfactor Rwork: 0.2023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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