ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19_4092精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.81→45.8 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2676 | 819 | 4.61 % |
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Rwork | 0.2304 | 16957 | - |
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obs | 0.2321 | 9836 | 87.45 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 153.05 Å2 / Biso mean: 48.6869 Å2 / Biso min: 13.5 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.81→45.8 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2343 | 0 | 10 | 47 | 2400 |
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Biso mean | - | - | 87.32 | 36.88 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 299 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.81-2.99 | 0.4202 | 63 | 0.3119 | 1413 | 1476 | 43 | 2.99-3.22 | 0.3348 | 153 | 0.3022 | 2679 | 2832 | 84 | 3.22-3.54 | 0.3454 | 143 | 0.2737 | 3221 | 3364 | 99 | 3.54-4.05 | 0.2516 | 159 | 0.2185 | 3211 | 3370 | 100 | 4.05-5.11 | 0.2049 | 162 | 0.1896 | 3222 | 3384 | 100 | 5.11-45.8 | 0.2479 | 139 | 0.2115 | 3211 | 3350 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.115 | -0.0295 | -0.091 | 0.1945 | -0.0541 | 0.0824 | 0.0751 | -0.045 | -0.0218 | 0.4715 | 0.0257 | 0.221 | -0.3314 | -0.084 | -0.017 | 0.2728 | 0.0072 | 0.0479 | 0.2316 | 0.1189 | 0.2396 | 15.696 | 57.312 | 70.284 | 2 | 0.0998 | 0.1619 | -0.1816 | 0.1753 | -0.1654 | 0.3071 | -0.2516 | 0.0979 | -0.3087 | -0.3453 | -0.0461 | -0.3105 | 0.5996 | 0.086 | -0.081 | 0.1679 | -0.0176 | 0.1509 | 0.1809 | 0.1641 | 0.1998 | 25.937 | 44.374 | 61.988 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND ( RESID -2:143 OR RESID 201:201 ) ) | A-2 - 143 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND ( RESID -2:143 OR RESID 201:201 ) ) | A201 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ( CHAIN B AND RESID -1:151 ) OR ( CHAIN A AND RESID 202:202 ) | B-1 - 151 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ( CHAIN B AND RESID -1:151 ) OR ( CHAIN A AND RESID 202:202 ) | A202 | | | | |
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