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万見
- PDB-7lyf: Dengue virus RNA promoter stem-loop A fused with tRNA-scaffold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lyf
タイトルDengue virus RNA promoter stem-loop A fused with tRNA-scaffold
要素RNA promoter stem-loop A fused with tRNA
キーワードRNA
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lee, E.H. / Choi, K.H.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structures of flavivirus RNA promoters suggest two binding modes with NS5 polymerase.
著者: Lee, E. / Bujalowski, P.J. / Teramoto, T. / Gottipati, K. / Scott, S.D. / Padmanabhan, R. / Choi, K.H.
履歴
登録2021年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA promoter stem-loop A fused with tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8942
ポリマ－44,8701
非ポリマー241
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.924, 137.558, 336.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 RNA promoter stem-loop A fused with tRNA


分子量: 44869.621 Da / 分子数: 1
断片: Residues 1-32 and 81-139 form the tRNA scaffold, whereas residues 33-80 match to residues 69-116 of the Dengue virus 2 complete genome GB:KP188569.1
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: KP188569.1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.9, 9% (w/v) polyethylene glycol 8000, 200 mM KCl, and 100 mM magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.366→50 Å / Num. obs: 10308 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 3.37→3.46 Å / Num. unique obs: 10308 / CC1/2: 0.636

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TN1,5EW4

1tn1

5ew4


解像度: 3.4→33.688 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 1029 9.98 %
Rwork0.2255 9279 -
obs0.2299 10308 94.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 252.2 Å2 / Biso mean: 155.1158 Å2 / Biso min: 74.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→33.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2972 1 7 2980
Biso mean--129.26 125.94 -
残基数----139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2815181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9011665
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4-3.54310.435960.382588365
3.5431-3.76480.37181500.3223134298
3.7648-4.05510.31841500.28231353100
4.0551-4.46230.31031560.25941395100
4.4623-5.10610.29211540.23561396100
5.1061-6.42580.29041570.23521409100
6.4258-33.6880.22161660.186150199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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