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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lxd | ||||||
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タイトル | Structure of yeast DNA Polymerase Zeta (apo) | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / nucleic acid binding / DNA polymerase / metal ion binding / catalytic activity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK ...delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / lagging strand elongation / double-strand break repair via break-induced replication / postreplication repair / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA metabolic process / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / mismatch repair / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å | ||||||
データ登録者 | Truong, C.D. / Craig, T.A. / Cui, G. / Botuyan, M.V. / Serkasevich, R.A. / Chan, K.-Y. / Mer, G. / Chiu, P.-L. / Kumar, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM reveals conformational flexibility in apo DNA polymerase ζ. 著者: Chloe Du Truong / Theodore A Craig / Gaofeng Cui / Maria Victoria Botuyan / Rachel A Serkasevich / Ka-Yi Chan / Georges Mer / Po-Lin Chiu / Rajiv Kumar / 要旨: The translesion synthesis (TLS) DNA polymerases Rev1 and Polζ function together in DNA lesion bypass during DNA replication, acting as nucleotide inserter and extender polymerases, respectively. ...The translesion synthesis (TLS) DNA polymerases Rev1 and Polζ function together in DNA lesion bypass during DNA replication, acting as nucleotide inserter and extender polymerases, respectively. While the structural characterization of the Saccharomyces cerevisiae Polζ in its DNA-bound state has illuminated how this enzyme synthesizes DNA, a mechanistic understanding of TLS also requires probing conformational changes associated with DNA- and Rev1 binding. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of the apo Polζ holoenzyme. We show that compared with its DNA-bound state, apo Polζ displays enhanced flexibility that correlates with concerted motions associated with expansion of the Polζ DNA-binding channel upon DNA binding. We also identified a lysine residue that obstructs the DNA-binding channel in apo Polζ, suggesting a gating mechanism. The Polζ subunit Rev7 is a hub protein that directly binds Rev1 and is a component of several other protein complexes such as the shieldin DNA double-strand break repair complex. We analyzed the molecular interactions of budding yeast Rev7 in the context of Polζ and those of human Rev7 in the context of shieldin using a crystal structure of Rev7 bound to a fragment of the shieldin-3 protein. Overall, our study provides new insights into Polζ mechanism of action and the manner in which Rev7 recognizes partner proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lxd.cif.gz | 408.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lxd.ent.gz | 320.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lxd_validation.pdf.gz | 924.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lxd_full_validation.pdf.gz | 955.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lxd_validation.xml.gz | 59.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lxd_validation.cif.gz | 90.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lxd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 173197.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 細胞株: Saccharomyces cerevisiae / 遺伝子: REV3, PSO1, YPL167C, P2535 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PY265 Variant (発現宿主): can 1 his3 leu 2 trp 1 ura 3 pep4:HIS3 GAL nam7delta::Mx4 参照: UniProt: P14284, DNA-directed DNA polymerase | ||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 28791.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: REV7, YIL139C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PY265 Variant (発現宿主): can 1 his3 leu 2 trp 1 ura 3 pep4:HIS3 GAL nam7delta::Mx4 参照: UniProt: P38927 #3: タンパク質 | | 分子量: 55603.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL31, HUS2, HYS2, SDP5, YJR006W, J1427, YJR83.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PY265 Variant (発現宿主): can 1 his3 leu 2 trp 1 ura 3 pep4:HIS3 GAL nam7delta::Mx4 参照: UniProt: P46957, DNA-directed DNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 40377.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL32, YJR043C, J1626 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PY265 Variant (発現宿主): can 1 his3 leu 2 trp 1 ura 3 pep4:HIS3 GAL nam7delta::Mx4 参照: UniProt: P47110 #5: 化合物 | ChemComp-SF4 / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DNA polymerase Zeta / タイプ: COMPLEX 詳細: DNA polymerase Zeta is generated from yeast without DNA binding. Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: PY265 / 細胞: Yeast / プラスミド: pBL813, pBL347, pBL824 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.9 詳細: Solutions were made fresh from concentrate to avoid microbial contamination. They are further filtered using 0.2 micrometer filtering membrane and a pressure/vacuum filtration unit. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono disperse. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot for 6 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 48780 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 45.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11698 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2974553 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213120 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6V8P Accession code: 6V8P / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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