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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lwr | ||||||
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タイトル | Structural and Biochemical Insight into Assembly of Molecular Motors Involved in Viral DNA Packaging | ||||||
要素 | Terminase, small subunit | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / DNA Packaging / Terminase | ||||||
機能・相同性 | Bacteriophage lambda, Nu1, terminase small subunit / Phage DNA packaging protein Nu1 / Putative DNA-binding domain superfamily / host cell cytoplasm / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / ATP binding / Terminase, small subunit 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage P21 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Ortega, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and Biochemical Insight into Assembly of Molecular Motors Involved in Viral DNA Packaging 著者: Ortega, M.E. / Randriamihaja, A. / Rossen, N. / Brannon, J.P. / Marquez, C. / West, R. / Dabbagh, S. / Robles, R. / LeGue, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lwr.cif.gz | 94 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lwr.ent.gz | 73.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lwr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lwr_validation.pdf.gz | 438.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lwr_full_validation.pdf.gz | 446.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lwr_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lwr_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6223.146 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P21 (ファージ) 遺伝子: 1, nohA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68654 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 5% isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→21.7 Å / Num. obs: 21002 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.68 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 2.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→3.5 Å / Num. unique obs: 19898 / CC1/2: 0.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LW0 解像度: 2.35→21.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.425 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 233.77 Å2 / Biso mean: 19.641 Å2 / Biso min: 6.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→21.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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