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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lwr
タイトルStructural and Biochemical Insight into Assembly of Molecular Motors Involved in Viral DNA Packaging
要素Terminase, small subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA Packaging / Terminase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasm / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage lambda, Nu1, terminase small subunit / Phage DNA packaging protein Nu1 / Putative DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P21 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ortega, M.E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Biochemical Insight into Assembly of Molecular Motors Involved in Viral DNA Packaging
著者: Ortega, M.E. / Randriamihaja, A. / Rossen, N. / Brannon, J.P. / Marquez, C. / West, R. / Dabbagh, S. / Robles, R. / LeGue, A.
履歴
登録2021年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminase, small subunit
B: Terminase, small subunit
C: Terminase, small subunit
D: Terminase, small subunit
E: Terminase, small subunit
F: Terminase, small subunit
G: Terminase, small subunit
H: Terminase, small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7858
ポリマ－49,7858
非ポリマー00
水00
1
A: Terminase, small subunit

H: Terminase, small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4462
ポリマ－12,4462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7040 Å2
手法PISA
2
B: Terminase, small subunit
F: Terminase, small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4462
ポリマ－12,4462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6910 Å2
手法PISA
3
C: Terminase, small subunit
E: Terminase, small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4462
ポリマ－12,4462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6480 Å2
手法PISA
4
D: Terminase, small subunit
G: Terminase, small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4462
ポリマ－12,4462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.721, 49.507, 74.472
Angle α, β, γ (deg.)82.120, 86.580, 67.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Terminase, small subunit / Gp1


分子量: 6223.146 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P21 (ファージ)
遺伝子: 1, nohA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68654

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 5% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→21.7 Å / Num. obs: 21002 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.68 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.35→3.5 Å / Num. unique obs: 19898 / CC1/2: 0.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
APEX 2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LW0

7lw0


解像度: 2.35→21.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.425 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1646 2013 9.6 %RANDOM
Rwork0.1467 ---
obs0.1485 18989 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 233.77 Å2 / Biso mean: 19.641 Å2 / Biso min: 6.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.04 Å2-0.03 Å2
2---0.03 Å20.13 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→21.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3480 0 0 0 3480
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0183360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.6474752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3081.597800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9715424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92821.6200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1315680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4681532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02776
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.152 154 -
Rwork0.12 1357 -
all-1511 -
obs--97.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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