PDB-7lvb: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT WITH ATTACHED SIV EPITOPE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lvb

タイトル

CHOLERA TOXIN B SUBUNIT WITH ATTACHED SIV EPITOPE

要素

Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

キーワード

TOXIN / CHOLERA TOXIN / LECTIN / COMPLEX / GALACTOSE / SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS / IMMUNE EPITOPE

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / apoptotic process / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Cardozo, T.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Cholera toxin B scaffolded, focused SIV V2 epitope elicits antibodies that influence the risk of SIV mac251 acquisition in macaques.
著者: Rahman, M.A. / Becerra-Flores, M. / Patskovsky, Y. / Silva de Castro, I. / Bissa, M. / Basu, S. / Shen, X. / Williams, L.D. / Sarkis, S. / N'guessan, K.F. / LaBranche, C. / Tomaras, G.D. / ...

履歴

登録	2021年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lvb.cif.gz	244.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lvb.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lvb_validation.pdf.gz	527.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lvb_full_validation.pdf.gz	533.6 KB	表示
XML形式データ	7lvb_validation.xml.gz	47.6 KB	表示
CIF形式データ	7lvb_validation.cif.gz	66.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ct1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lvb-2 1jqy-3 1pzj-d 5lzg-d 5lzh-d 5lzj-d 1pzk-d 1llr-d 1jr0-d 1eef-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (4)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (5)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)

登録構造単位

D: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

E: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

F: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

G: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

H: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

A: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

B: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

C: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

I: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

J: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

ヘテロ分子

139 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

E: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

F: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

G: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

H: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
69.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

B: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

C: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

I: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

J: Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.290, 112.428, 137.102
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	E
3	1	F
4	1	G
5	1	H
6	1	A
7	1	B
8	1	C
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 102 / Label seq-ID: 1 - 102

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	D	A
2	E	B
3	F	C
4	G	D
5	H	E
6	A	F
7	B	G
8	C	H
9	I	I
10	J	J

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.989366, 0.140649, 0.037048), (-0.010315, 0.321928, -0.946708), (-0.14508, 0.936259, 0.319955)	-9.07402, 80.032631, -18.18276
3	given	(0.97764, 0.193111, -0.083233), (0.107076, -0.797812, -0.593322), (-0.180981, 0.571143, -0.80065)	-6.42011, 123.324867, 52.99538
4	given	(0.97771, 0.089332, -0.190009), (0.183259, -0.804742, 0.56463), (-0.102469, -0.586865, -0.803175)	4.05838, 70.135094, 115.15538
5	given	(0.989762, -0.035748, -0.13818), (0.142412, 0.311813, 0.93941), (0.009504, -0.949471, 0.313711)	8.50131, -6.98974, 82.581886
6	given	(0.991744, 0.018233, 0.126929), (-0.013696, 0.999239, -0.036523), (-0.127499, 0.034483, 0.991239)	3.0867, -15.05762, 66.147682
7	given	(0.976472, 0.155525, 0.149382), (0.101712, 0.278665, -0.954987), (-0.190152, 0.947712, 0.25629)	-5.68222, 13.30676, -12.14089
8	given	(0.977617, 0.209577, 0.018523), (0.185345, -0.816213, -0.547214), (-0.099565, 0.538399, -0.836787)	-12.29319, 96.469017, -8.6375
9	given	(0.990393, 0.112984, -0.07972), (0.137952, -0.767773, 0.625694), (0.009487, -0.630681, -0.775984)	-7.89251, 119.288597, 71.708778
10	given	(0.999957, -0.007216, -0.005831), (0.007997, 0.351757, 0.936057), (-0.004703, -0.936063, 0.3518)	1.82864, 50.44883, 117.575142

#1: タンパク質

Cholera enterotoxin B-subunit,Surface protein gp120 / Cholera enterotoxin subunit B / Cholera toxin B protein (CTB) / Cholera toxin B subunit / Cholera ...

分子量: 13455.224 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌), (組換発現)

Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
遺伝子: ctxB, C9J66_18955, ERS013165_03981, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013206_03003, env
プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57193, UniProt: P19503

#2: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

分子量: 150.173 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.07 % / 解説: plates
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18-24% PEG3350, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.0, 10MM GALACTOSE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日 / 詳細: Si(111) MONOCHROMATOR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→29.26 Å / Num. obs: 62497 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 7191 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CT1

1ct1

解像度: 2.25→29.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.499 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1982	1863	3 %	RANDOM
R_work	0.1565	-	-	-
obs	0.1577	60584	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.68 Å² / B_iso mean: 38.108 Å² / B_iso min: 21.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-19.74 Å²	-0 Å²
3-	-	-	13.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→29.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8497	0	238	638	9373
B_iso mean	-	-	48.42	40.67	-
残基数	-	-	-	-	1073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	8889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.145	1.958	11955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.692	3	20059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.308	5	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.027	25.556	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.752	15	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.394	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1899

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1566 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	D	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
2	E	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
3	F	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
4	G	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
5	H	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
6	A	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
7	B	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
8	C	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
9	I	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
0		MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
1	D	MEDIUM THERMAL	2.63	2
2	E	MEDIUM THERMAL	2.19	2
3	F	MEDIUM THERMAL	2.46	2
4	G	MEDIUM THERMAL	2.95	2
5	H	MEDIUM THERMAL	3.9	2
6	A	MEDIUM THERMAL	3.05	2
7	B	MEDIUM THERMAL	2.27	2
8	C	MEDIUM THERMAL	2.3	2
9	I	MEDIUM THERMAL	3.18	2
0		MEDIUM THERMAL	2.92	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	125	-
R_work	0.211	4413	-
all	-	4538	-
obs	-	-	99.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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