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- PDB-7lus: IgG2 Fc Charge Pair Mutation version 1 (CPMv1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lus
タイトルIgG2 Fc Charge Pair Mutation version 1 (CPMv1)
要素(Immunoglobulin heavy constant gamma 2) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / fragment crystallizable / Fc
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis ...IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
Model detailsFc
データ登録者Sudom, A. / Whittington, D. / Garces, F. / Wang, Z.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Next generation Fc scaffold for multispecific antibodies.
著者: Estes, B. / Sudom, A. / Gong, D. / Whittington, D.A. / Li, V. / Mohr, C. / Li, D. / Riley, T.P. / Shi, S.D. / Zhang, J. / Garces, F. / Wang, Z.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Immunoglobulin heavy constant gamma 2
A: Immunoglobulin heavy constant gamma 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1614
ポリマ－47,2342
非ポリマー2,9272
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.584, 112.584, 99.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant gamma 2 / Ig gamma-2 chain C region / Ig gamma-2 chain C region DOT / Ig gamma-2 chain C region TIL / Ig ...Ig gamma-2 chain C region / Ig gamma-2 chain C region DOT / Ig gamma-2 chain C region TIL / Ig gamma-2 chain C region ZIE


分子量: 23552.465 Da / 分子数: 1 / 変異: K392D, K409D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01859
#2: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant gamma 2 / Ig gamma-2 chain C region / Ig gamma-2 chain C region DOT / Ig gamma-2 chain C region TIL / Ig ...Ig gamma-2 chain C region / Ig gamma-2 chain C region DOT / Ig gamma-2 chain C region TIL / Ig gamma-2 chain C region ZIE


分子量: 23681.885 Da / 分子数: 1 / 変異: E356K, D399K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01859
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.06 % / Mosaicity: 0.322 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 12.5% w/v PEG550MME, 12.5% w/v PEG20K, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 20% 2,3-butanediol, 3% ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月6日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 26116 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.45-2.545.80.96123690.7370.4020.79290
2.54-2.646.90.84725950.8420.3340.80598.60.912
2.64-2.767.80.63926240.9150.2410.8499.80.684
2.76-2.98.20.43126180.960.160.8651000.459
2.9-3.098.30.29926300.9770.1110.9351000.319
3.09-3.328.30.17126460.9890.0631.1111000.183
3.32-3.668.30.11626380.9930.0431.1321000.124
3.66-4.198.30.07926350.9960.0291.0621000.084
4.19-5.288.20.05726490.9970.0210.91000.061
5.28-508.20.04227120.9990.0160.59299.90.045

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HAF

4haf


解像度: 2.45→48.985 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 1208 5.06 %RANDOM
Rwork0.1814 22681 --
obs0.1842 23889 90.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.53 Å2 / Biso mean: 38.9985 Å2 / Biso min: 14.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→48.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 198 158 3677
Biso mean--37.98 39.35 -
残基数----415
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.54390.2968640.2445142751
2.5439-2.65970.31941020.2323194270
2.6597-2.79990.3091270.2471251890
2.7999-2.97530.27771460.24172784100
2.9753-3.2050.32951690.21192784100
3.205-3.52740.23011640.18632775100
3.5274-4.03760.22481350.1752803100
4.0376-5.08610.18181630.13982788100
5.0861-48.90.19771380.15462860100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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