PDB-7lu4: Crystal structure of bacterial glycyl tRNA synthetase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lu4

タイトル

Crystal structure of bacterial glycyl tRNA synthetase in complex with glycine

要素

Multifunctional fusion protein

キーワード

LIGASE / RNA binding protein / tRNA synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermanaerothrix daxensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Torres-Larios, A.

資金援助

メキシコ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of bacterial glycyl tRNA synthetase in complex with glycine
著者: Torres-Larios, A.

履歴

登録	2021年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lu4.cif.gz	377.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lu4.ent.gz	299.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lu4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lu4_validation.pdf.gz	744.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lu4_full_validation.pdf.gz	759.9 KB	表示
XML形式データ	7lu4_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	7lu4_validation.cif.gz	83.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lu4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f5wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3erz-d 2z6m-d 6iur-d 20488 12109 11241 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multifunctional fusion protein

B: Multifunctional fusion protein

ヘテロ分子

227 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	238.580, 127.860, 133.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.61, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Multifunctional fusion protein / Glycyl-tRNA synthetase 分子量: 113698.430 Da / 分子数: 2 / 変異: All Cys to Ser / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermanaerothrix daxensis (バクテリア) 遺伝子: glyS, glyQ, SE15_09895 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P6Y0P9, glycine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 550 mM Magnesium formate, 100 mM sodium acetate, 1% sodium dextran sulfate 4000, 100 mM glycine pH 8.5, 3% sacarose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→37.62 Å / Num. obs: 132960 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 17.1 % / B_iso Wilson estimate: 72.9 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6548 / CC_1/2: 0.452 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5f5w

5f5w

解像度: 2.5→35.74 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	6485	4.88 %
R_work	0.2075	-	-
obs	0.2085	132944	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14710	0	5	0	14715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	15099
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.586	20510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.972	5403
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2179
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2760

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.4068	208	0.363	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.56	0.3513	238	0.3405	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.59	0.348	247	0.3245	4117	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.62	0.3585	230	0.3269	4216	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.66	0.3257	228	0.3141	4203	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.69	0.374	208	0.313	4191	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-2.73	0.3181	242	0.3189	4182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-2.77	0.3418	225	0.3117	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.82	0.3377	236	0.3064	4192	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-2.86	0.3447	246	0.3045	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.91	0.3033	207	0.2935	4254	X-RAY DIFFRACTION	99
2.91-2.96	0.2874	226	0.2826	4202	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.02	0.3051	202	0.2773	4151	X-RAY DIFFRACTION	98
3.02-3.08	0.3044	225	0.2729	4019	X-RAY DIFFRACTION	96
3.08-3.15	0.3128	223	0.2746	4133	X-RAY DIFFRACTION	98
3.15-3.22	0.309	202	0.2645	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.3	0.2505	187	0.2513	4254	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3-3.39	0.2688	194	0.2349	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.49	0.2627	216	0.2289	4224	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-3.6	0.2554	228	0.2185	4209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.73	0.2166	229	0.2027	4200	X-RAY DIFFRACTION	99
3.73-3.88	0.2242	185	0.194	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.06	0.2121	209	0.1877	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.27	0.1997	192	0.176	4282	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.54	0.1762	206	0.1699	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-4.89	0.1774	220	0.1616	4234	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-5.38	0.1899	182	0.1747	4297	X-RAY DIFFRACTION	99
5.38-6.16	0.2023	221	0.1928	4102	X-RAY DIFFRACTION	96
6.16-7.74	0.215	212	0.1878	4300	X-RAY DIFFRACTION	100
7.74-35.74	0.1708	211	0.1652	4337	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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