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万見
- PDB-7lt8: Crystal structure of Ras suppressor-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lt8
タイトルCrystal structure of Ras suppressor-1
要素Ras suppressor protein 1
キーワードCELL ADHESION / leucine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of GTPase activity / focal adhesion / signal transduction / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras suppressor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76000247097 Å
データ登録者Fukuda, K. / Qin, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for Ras suppressor-1 binding to PINCH-1 in focal adhesion assembly.
著者: Fukuda, K. / Lu, F. / Qin, J.
履歴
登録2021年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras suppressor protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8621
ポリマ－31,8621
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.851, 45.328, 83.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.024, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Ras suppressor protein 1 / RSP-1 / Rsu-1


分子量: 31861.537 Da / 分子数: 1 / 断片: Leucine-rich repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RSU1, RSP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf-9 / 参照: UniProt: Q15404
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.81 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG4000, lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 22975 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 22.2947677536 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 36.52
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.804 / Num. unique obs: 1136

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76000247097→27.3413475696 Å / SU ML: 0.161477691195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34364813708 / 位相誤差: 22.0795682201
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216659361064 1178 5.1816662268 %RANDOM
Rwork0.173273824954 21556 --
obs0.175516614945 22734 97.1621506112 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.430761098 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76000247097→27.3413475696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2008 0 0 131 2139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006107416893162046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8143322086582774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051426303141321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00592777606187360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.46590488051258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76000247097-1.84010.2478431954171520.2037268463362624X-RAY DIFFRACTION96.3888888889
1.8401-1.93710.2170738905721500.1933150181832654X-RAY DIFFRACTION96.6896551724
1.9371-2.05840.2359277165691590.17496441952672X-RAY DIFFRACTION96.7532467532
2.0584-2.21730.2397403544941620.1654710050412657X-RAY DIFFRACTION97.2404277337
2.2173-2.44030.2277368800961290.1688374368792704X-RAY DIFFRACTION96.9541409993
2.4403-2.79310.2528707061311280.1852436127162739X-RAY DIFFRACTION98.2185680027
2.7931-3.51780.2360620845131310.184546042482762X-RAY DIFFRACTION98.0677966102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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