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- PDB-7lsu: Ruminococcus bromii Amy12-D392A with 63-a-D-glucosyl-maltotriose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lsu
タイトルRuminococcus bromii Amy12-D392A with 63-a-D-glucosyl-maltotriose
要素Pullulanase
キーワードHYDROLASE / GH13 / pullulanase / CBM48 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pullulanase / pullulanase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
MucBP domain / MucBP domain / Starch-binding module 26 / Starch-binding module 26 / Pullulanase, type I / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain ...MucBP domain / MucBP domain / Starch-binding module 26 / Starch-binding module 26 / Pullulanase, type I / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / pullulanase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus bromii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Cockburn, D.W. / Brown, H.A. / Kibler, R.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF) 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structure and substrate recognition by the Ruminococcus bromii amylosome pullulanases.
著者: Cockburn, D.W. / Kibler, R. / Brown, H.A. / Duvall, R. / Morais, S. / Bayer, E. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,55722
ポリマ－87,3451
非ポリマー2,21221
水14,412800
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.091, 99.200, 167.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Pullulanase


分子量: 87345.062 Da / 分子数: 1 / 変異: D392A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus bromii (バクテリア)
遺伝子: pulA_2, RBL236_00821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A2N0UU23, pullulanase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 820分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8.75 - 8.9 mg/ml of protein and 10 mM 63-a-D-glucosyl-maltotriose via hanging drop against a well solution containing 16% PEG 3350, 4% glycerol, 0.3 ammonium acetate, and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Ambient temp details: cryogenic / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月5日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.91 Å / Num. obs: 57743 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 5719 / CC1/2: 0.64

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LSA

7lsa


解像度: 1.95→41.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.899 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2121 2913 5 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1894 54830 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.78 Å2 / Biso mean: 15.229 Å2 / Biso min: 6.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→41.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5883 0 145 800 6828
Biso mean--25.84 23.03 -
残基数----765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0146142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0185277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7851.6788325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7191.68412344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4725766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64524.055291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28715951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0141519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0340.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021185
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.154311419
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.2975437
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.391511672
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 192 -
Rwork0.286 4039 -
all-4231 -
obs--99.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.3105 Å / Origin y: -2.2131 Å / Origin z: 20.6619 Å
111213212223313233
T0.0191 Å2-0.0006 Å20.0001 Å2-0.0315 Å20 Å2--0.0006 Å2
L0.0019 °2-0.0012 °20.0001 °2-0.0067 °2-0.0006 °2--0.0001 °2
S0.0004 Å °0.0023 Å °0.0005 Å °-0.0002 Å °-0.0003 Å °0.0013 Å °-0.0006 Å °0.0004 Å °-0.0001 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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