PDB-7lr2: Crystal structure of GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. lo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lr2

タイトル

Crystal structure of GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 in complex with GlcNAc

要素

Glycosyl hydrolase BlGH5_18

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme

機能・相同性

Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Glycosyl hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes.
著者: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2021年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lr2.cif.gz	822 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lr2.ent.gz	565.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lqxC 7lr1SC 7lr6C 7lr7C 7lr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lr6-1 7lr1-1 7lr1-2 6mpc-d 7lr8-d 7lr7-1 3sae-d 3sdr-d 7lr6-2 4zb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

B: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

C: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

D: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
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1

D: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

B: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.559, 143.486, 155.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Glycosyl hydrolase BlGH5_18

分子量: 49622.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0175_1989 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C2GY91

#2: 化合物

...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.22 M ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→39.09 Å / Num. obs: 92362 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 44.49 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 4443 / CC_1/2: 0.681

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LR1

7lr1

解像度: 2.4→38.97 Å / SU ML: 0.3154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.1495 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	4796	5.22 %
R_work	0.1723	87088	-
obs	0.1749	91884	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13201	0	194	726	14121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	13805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8968	18836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0518	2001
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	2453
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1348	10868

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.4136	132	0.3266	2744	X-RAY DIFFRACTION	94.67
2.43-2.46	0.3353	142	0.2488	2767	X-RAY DIFFRACTION	94.91
2.46-2.49	0.3161	156	0.2337	2769	X-RAY DIFFRACTION	95.56
2.49-2.52	0.3083	174	0.2439	2878	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.52-2.55	0.3047	177	0.2375	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.55-2.59	0.2967	168	0.2238	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.59-2.62	0.2549	164	0.2175	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.62-2.66	0.3138	176	0.222	2913	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.66-2.7	0.2737	172	0.2125	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.7-2.75	0.2799	181	0.2027	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.2601	148	0.206	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.79-2.85	0.2997	157	0.2041	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.85-2.9	0.2799	154	0.2115	2907	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.9-2.96	0.3118	150	0.2072	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.96-3.02	0.2525	156	0.2087	2912	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.02-3.09	0.308	153	0.2021	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.09-3.17	0.2467	178	0.1952	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.17-3.26	0.2221	153	0.1948	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.26-3.35	0.2598	162	0.1914	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.35-3.46	0.2511	167	0.2023	2882	X-RAY DIFFRACTION	98.45
3.46-3.58	0.2441	172	0.1865	2769	X-RAY DIFFRACTION	94.6
3.58-3.73	0.2257	143	0.1754	2913	X-RAY DIFFRACTION	98.77
3.73-3.9	0.2066	161	0.1552	2950	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.9-4.1	0.1975	160	0.1373	2951	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.1-4.36	0.1825	173	0.1287	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.36-4.7	0.1608	174	0.1174	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.43
4.7-5.17	0.1672	155	0.1278	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.37
5.17-5.91	0.1777	133	0.1456	3001	X-RAY DIFFRACTION	98.68
5.91-7.44	0.2081	150	0.159	2959	X-RAY DIFFRACTION	97.4
7.44-38.97	0.1544	155	0.1558	3122	X-RAY DIFFRACTION	98.11

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.31222805837	0.390441568245	-0.351932724716	2.54463714864	-0.0196164752315	2.40659832907	-0.177614292961	0.311258971216	0.0254700762185	-0.160590038803	0.00823312126263	0.0213961113827	0.0294759202225	-0.134537134039	0.189754657963	0.339614796646	-0.0131581413391	-0.0232703482668	0.624269796508	0.081584823574	0.427583414657	-20.1592086254	3.76752932313	-5.83921335883
2	7.1763626215	-2.61567730831	-2.37797782144	1.76320039227	-0.0795515024538	5.1852007516	0.211196493558	-0.00102805838561	0.445323926892	-0.0971775087593	-0.0090053265413	0.0478787104849	-0.492694021225	0.226322782172	-0.197025411251	0.320397738565	-0.090515057736	0.0211045463635	0.313443453829	0.0457561053859	0.328646419605	-53.0055722765	6.8098142377	10.2591496568
3	1.4335423377	-0.257046188123	-0.606112383244	0.754824110802	-0.021873498906	2.60095185239	-0.038940997127	-0.0573189076054	-0.169857689943	0.1280386532	-0.112800494673	0.0581060474897	0.12696169714	0.00762502607192	0.147828398733	0.264572908494	-0.00826872856668	-0.0043644419568	0.256110392785	0.0025151453023	0.301109410675	-63.1839794932	-3.56690995636	21.0649819026
4	2.03012169596	-0.112269363668	-0.303010637908	2.95343221154	0.410479444064	1.88020503205	-0.0949614355293	-0.16158117634	-0.0604828830449	0.168713513322	0.0433487152893	-0.0875180991574	0.108535342718	0.224058311609	0.0584382487722	0.266488908188	0.0450214643218	0.0086755593129	0.328444873794	0.0380533050394	0.258066829992	-43.7844493274	-8.80015375381	19.5961797831
5	1.67085398546	-0.144904674142	-0.662742301501	5.08390133735	-1.69063352889	3.3693208262	0.200158433393	0.148675905915	0.199219936216	-0.738211903947	-0.156399446604	0.0672536316692	-0.269981090577	0.273475426057	-0.028761775172	0.272722351334	-0.0410879541822	-0.0273167137399	0.494315490089	0.0794962461875	0.411932411605	-39.3216174696	-0.576432319541	10.1530166248
6	1.82504676112	-0.504016817732	-0.448986680932	3.20158937443	0.415072168747	1.79638178119	-0.070837142437	-0.151279897207	-0.124713849416	0.13908033916	-0.010248397537	-0.0169410120575	0.368934134347	0.218975497394	0.0395198474984	0.46722028423	0.114073210849	-0.0449502166612	0.477417949934	0.116175826654	0.384973306383	-38.0784236516	-22.6800381702	26.4203954384
7	2.73629683726	0.956549983925	0.0450464291755	2.18006527592	-0.062713895848	1.30251154146	0.117006305254	-0.0552980324701	0.113367090264	0.105785072165	-0.0399700050131	0.0111144821315	-0.104642217441	0.0115438693614	-0.0691684798512	0.295306528238	0.0293702054237	0.0120046574101	0.323942221993	0.0243500427488	0.250502887037	-33.9447754857	-51.3321156084	47.9397480302
8	1.23394920196	-0.229358682415	-0.0779496950993	1.01489500694	-0.371034528454	2.17769969045	0.0463485383918	0.0222278644858	0.112128312578	-0.0581855260499	-0.00598946543668	0.00235754113038	-0.15456913527	0.0252011807544	-0.0425835186384	0.348602892062	0.0144457233881	0.0108371898609	0.3610782317	0.0521945915048	0.350667881935	-22.9277627988	-51.6406515708	31.0696608727
9	5.15294916882	-0.366105423493	-0.0677666617684	7.7265091566	0.377050605935	2.64596493429	0.13671071503	0.261840263205	0.176270049824	-0.255666394744	-0.190989676798	0.0345666082002	0.113608290024	0.271064739865	0.0785234662376	0.391642268211	0.0241446880752	0.000786335581215	0.493151830608	0.0107409511654	0.262322067848	-21.9645749743	-48.9579042982	15.7174405467
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 332 through 422 )	A	A	332 - 422	332 - 422
2	2	chain 'B' and (resid -1 through 34 )	B	B	-1 - 34	-1 - 34
3	3	chain 'B' and (resid 35 through 171 )	B	B	35 - 171	35 - 171
4	4	chain 'B' and (resid 172 through 302 )	B	B	172 - 302	172 - 302
5	5	chain 'B' and (resid 303 through 341 )	B	B	303 - 341	303 - 341
6	6	chain 'B' and (resid 342 through 422 )	B	B	342 - 422	342 - 422
7	7	chain 'C' and (resid 0 through 144 )	C	C	0 - 144	0 - 144
8	8	chain 'C' and (resid 145 through 375 )	C	C	145 - 375	145 - 375
9	9	chain 'C' and (resid 376 through 422 )	C	C	376 - 422	376 - 422
10	10	chain 'D' and (resid 0 through 34 )	D	D	0 - 34	0 - 34
11	11	chain 'D' and (resid 35 through 144 )	D	D	35 - 144	10 - 70
12	12	chain 'D' and (resid 145 through 171 )	D	D	145 - 171	145 - 171
13	13	chain 'D' and (resid 172 through 375 )	D	D	172 - 375	172 - 375
14	14	chain 'D' and (resid 376 through 422 )	D	D	376 - 422	376 - 422
15	15	chain 'A' and (resid 0 through 34 )	A	A	0 - 34	0 - 34
16	16	chain 'A' and (resid 35 through 168 )	A	A	35 - 168	35 - 168
17	17	chain 'A' and (resid 169 through 302 )	A	A	169 - 302	169 - 302
18	18	chain 'A' and (resid 303 through 331 )	A	A	303 - 331	303 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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