PDB-7lr1: Crystal structure of GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. lo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lr1

タイトル

Crystal structure of GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813

要素

Glycosyl hydrolase BlGH5_18

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme

機能・相同性

Glycoside hydrolase superfamily / PHOSPHATE ION / Glycosyl hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes.
著者: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2021年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7lr1.ent.gz	584.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lr1_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lr1_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	7lr1_validation.xml.gz	84.5 KB	表示
CIF形式データ	7lr1_validation.cif.gz	132.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lqxSC 7lr2C 7lr6C 7lr7C 7lr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lr6-1 7lr2-1 7lr8-d 6mpc-d 7lr7-1 3sae-d 4zb9-d 1lya-d 3niy-d 1vbr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

B: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

C: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

D: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

C: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

D: Glycosyl hydrolase BlGH5_18

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.420, 143.730, 155.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase BlGH5_18 分子量: 49622.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0175_1989 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C2GY91
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.22 M ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→62.61 Å / Num. obs: 218071 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 16.26 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 10715 / CC_1/2: 0.727

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LQX

7lqx

解像度: 1.8→55.48 Å / SU ML: 0.1538 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.5739 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1726	10914	5.01 %
R_work	0.1388	207046	-
obs	0.1405	217960	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13162	0	187	2338	15687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0198	13842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4961	18876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1234	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0109	2464
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6599	10894

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.2221	368	0.1942	6920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.2398	359	0.1942	6776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2351	375	0.1881	6851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2163	398	0.1762	6813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2249	376	0.1755	6843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2174	333	0.1712	6876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.1828	363	0.156	6819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.1956	386	0.1542	6850	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2-2.03	0.1989	336	0.1529	6888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.1913	349	0.1484	6860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.1803	372	0.1433	6867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.1655	375	0.1367	6851	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.13-2.18	0.1669	322	0.1381	6901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.1873	349	0.1361	6863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.1754	350	0.1343	6869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.1642	353	0.1328	6961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.1772	337	0.1326	6850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1679	362	0.1233	6921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.1555	358	0.1275	6895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.1766	345	0.1302	6903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.1633	358	0.1314	6911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.1731	329	0.1331	6945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.1694	368	0.1422	6930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.1749	386	0.141	6903	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.1641	381	0.1335	6933	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.27-3.52	0.166	391	0.1349	6947	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.52-3.88	0.1522	367	0.1267	6969	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.88-4.44	0.1424	388	0.1108	6963	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.44-5.59	0.1493	391	0.12	7010	X-RAY DIFFRACTION	99.28
5.59-55.48	0.1821	389	0.1632	7158	X-RAY DIFFRACTION	97.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.18687649467	0.703552200597	0.30095051923	0.993065563924	-0.765859315826	1.47768874665	-0.157991424429	0.179004912579	0.113553611989	-0.028677148633	0.0979547623713	0.0744194342511	-0.0907891157774	-0.057658555059	-0.0275071263916	0.0947461732594	0.00894074723917	-0.0305382980093	0.0788265975235	-0.026360664693	0.0987037370691	65.1764591838	86.9800474084	84.2574684841
2	1.15885102568	0.111388281012	-0.0970504037801	0.458919973177	0.0166867743532	0.59423285664	-0.0274449240046	-0.0292320741731	0.188132936342	-0.0257443347104	0.0553998530455	-0.010827081101	-0.131406316227	0.063164435472	-0.0180009622294	0.140789921354	0.000617149445905	-0.00892265940718	0.0863702945541	-0.0273460373351	0.139573606269	77.3122157486	95.4222958824	90.2625809313
3	2.82349516237	-1.50706133935	0.832030514503	4.06495404274	-1.4072774249	2.94528828664	-0.0268034928097	-0.175947064242	0.023030238035	0.0819152979046	-0.00278095756099	-0.0493415527961	0.195801582443	0.248325734438	0.0313538946575	0.219348750937	-0.00620974927304	0.00683885080582	0.192651047278	-0.0859545287147	0.185041067034	82.5567053226	96.9341160506	105.491882918
4	0.597551401936	0.10263100189	0.0254949968598	0.616656772783	-0.0319867532629	0.704354733709	-0.0296983174746	-0.0892232973902	0.129574839956	0.0655699403183	0.0280402867123	0.0729448337693	-0.134102875771	-0.0928482468527	-0.00592639724992	0.105670560337	0.0430459033781	0.00238901788986	0.11117141665	-0.0308985287349	0.109540141804	64.5441972865	86.6131042581	104.632955665
5	2.8222984486	-0.721265339671	0.140886016315	2.8341013499	-0.270344132478	2.13234583106	-0.0803460598339	0.00272037309641	-0.112522627734	-0.0062540112998	0.0562722620659	0.211241966435	0.00161546077115	-0.146728762475	0.0361768964406	0.0646849887862	0.000437121640509	0.00406694849405	0.0849095008968	-0.00213387592466	0.0771636190854	58.2462742187	78.2082181797	91.8676358553
6	0.577064139002	0.0243387451624	-0.190844745904	0.941976168893	0.316554624493	0.956385558289	0.0244902309137	-0.100596955764	0.128506967766	0.11536285635	-0.0396781699866	0.101086695248	-0.142294644918	-0.151743897371	0.0147594227388	0.2050036356	0.0573920779092	0.0264073606553	0.192248759254	-0.0584589236707	0.143681428892	61.5177558846	89.7109558018	118.040558259
7	0.98593931028	0.0259290157629	-0.0629994183069	1.94088855009	0.771434068139	1.37213968059	-0.147954315423	-0.328404636311	0.201847840284	0.362639767225	0.119358853897	0.181911624653	-0.153739916126	-0.136990904798	0.00458656482682	0.263184388533	0.0871291579047	0.0359397903147	0.242213745509	-0.081340196943	0.161774207522	61.0360841601	91.4551970189	123.169555747
8	3.08054468119	0.500485765189	-0.22756086146	0.767844172471	0.431654019247	2.46740606388	0.10274759618	-0.298393161542	0.0822071674484	0.154916297379	-0.0779456887456	-0.0443057107599	-0.0913123695803	0.0684454145319	-0.0374695197612	0.0932130888804	0.000674643472435	-0.014153287892	0.0797928485271	-0.00841647967063	0.0914310661884	82.6443922298	91.8215668834	52.2620164349
9	1.51941945179	0.378520817626	-0.154047394785	0.605112069205	-0.127073375214	0.575750294388	0.0287045449682	-0.0696524999762	0.126395781728	0.0388772342631	-0.00239683285489	0.0709598477139	-0.0888119570319	-0.0300944597685	-0.0261570927165	0.133419183766	0.0148420402349	0.00560260686271	0.100601752896	0.0118254225982	0.110844801878	71.7117063825	92.1290651285	49.1522363411
10	1.01762247995	0.329511963228	-0.055858209989	0.495722302412	-0.47428641997	1.08900735672	0.0188868219762	0.12856593077	0.10834474912	-0.0486949146255	0.0499149457388	0.0854547176853	0.0090081780926	-0.151188485374	-0.0527837233658	0.13874670147	0.0409537473669	0.00442424133211	0.141224962105	0.035108725485	0.146754199454	62.9986060845	91.5517561153	38.5148244376
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
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13	13	chain 'B' and (resid 389 through 416 )	B	B	389 - 416	389 - 416
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16	16	chain 'C' and (resid 303 through 331 )	C	C	303 - 331	303 - 331
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18	18	chain 'C' and (resid 376 through 422 )	C	C	376 - 422	376 - 422
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21	21	chain 'D' and (resid 109 through 145 )	D	D	109 - 145	109 - 145
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23	23	chain 'D' and (resid 303 through 341 )	D	D	303 - 341	303 - 341
24	24	chain 'D' and (resid 342 through 375 )	D	D	342 - 375	342 - 375
25	25	chain 'D' and (resid 376 through 422 )	D	D	376 - 422	376 - 422

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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