PDB-7lpw: Crystal Structure of HIV-1 RT in Complex with NBD-14189

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lpw

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 RT in Complex with NBD-14189

要素

(Reverse transcriptase ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Human immunodeficiency virus 1 / non nucleotide-reverse transcriptase inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Losada, N. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: HIV-1 gp120 Antagonists Also Inhibit HIV-1 Reverse Transcriptase by Bridging the NNRTI and NRTI Sites.
著者: Losada, N. / Ruiz, F.X. / Curreli, F. / Gruber, K. / Pilch, A. / Das, K. / Debnath, A.K. / Arnold, E.

履歴

登録	2021年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lpw.cif.gz	469.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lpw.ent.gz	344.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lpxC 7lquC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c0o-d 4ig3-d 5cyq-d 6c0n-d 4ify-d 4ifv-d 4idk-d 6c0p-d 6x4c-d 4i2p-d 6x47-d 6duf-d 7lqu-d 4kfb-d 5cym-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase p66

B: Reverse transcriptase p51

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 1 biological assembly in the asymmetric unit: A,B

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.433, 72.953, 107.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.874, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
Reverse transcriptase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase p66 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 5種, 152分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-YBA / ~{N}-[(1~{S})-2-azanyl-1-[4-(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethyl]-5-[3-fluoranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 428.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₆F₄N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 10% PEG 8,000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.6,10 mM spermine, 15 mM MgSO4,100 mM (NH4)2SO4, and 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine(TCEP)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.96868 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96868 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.316→34.82 Å / Num. obs: 53283 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 63.7 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 2.316→2.35 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2395 / CC_1/2: 0.49 / R_pim(I) all: 0.33 / R_rim(I) all: 0.67 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	dev_3051	データ削減
PHENIX	dev_3051	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.32→34.82 Å / SU ML: 0.3088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.5654 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2482	2000	3.76 %
R_work	0.2146	51253	-
obs	0.2159	53253	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→34.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7921	0	65	143	8129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	8195
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8741	11139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1611	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	1397
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.972	3088

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.37	0.3624	125	0.3192	3213	X-RAY DIFFRACTION	87.27
2.37-2.44	0.3271	141	0.2997	3604	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.44-2.51	0.3381	142	0.2835	3653	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.51-2.59	0.3045	143	0.2665	3669	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.59-2.68	0.2872	144	0.2635	3679	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.68-2.79	0.3051	144	0.2584	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.79-2.92	0.2775	144	0.2453	3689	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.92-3.07	0.2954	143	0.251	3685	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.07-3.26	0.2892	145	0.2541	3703	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.26-3.52	0.2794	144	0.2357	3686	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.52-3.87	0.2824	145	0.2194	3729	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.87-4.43	0.2066	145	0.1881	3721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.57	0.2176	146	0.1875	3735	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.57-34.82	0.2132	149	0.1889	3807	X-RAY DIFFRACTION	99.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.88524103889	1.99607612188	-3.37890982733	2.14448574459	-0.340290131761	3.94814135732	0.424200002951	-0.203099494293	-0.0578065684205	0.537337029445	-0.224703484464	0.432304626314	0.0811525628273	0.153104405478	-0.246109258049	1.11115029214	-0.00985076383201	0.0931036787205	0.63135730868	0.0466137870148	0.599373088927	209.257773441	-13.9110292031	69.7319285954
2	0.548715258796	0.322869940237	-1.0277980339	1.91255016753	3.10110704799	6.96396392942	0.382060656039	0.0335123930682	0.239752951646	0.424115034055	-0.025395292197	0.190332617493	0.11606502268	-1.05245155426	-0.329213873334	0.829271147452	0.0269369378227	-0.00737500473369	0.852044746874	0.187462241259	0.672799273594	202.441967822	-15.687977806	57.9770129719
3	0.0639754543494	0.653828928981	0.431306707205	0.234301261069	-0.35552376871	2.24176048556	0.126936538938	-0.174471626828	-0.256059638289	0.211466156769	0.163017946763	0.382763228147	0.0980192611172	-0.603741955185	-0.322091387628	0.873682159071	0.00955650713123	-0.0670702333323	0.709289609163	0.146906402447	0.922249756499	205.529409337	-21.9223729242	45.6464958282
4	2.78372662768	-1.30168247864	1.37781230052	2.61888528064	-1.51838020943	3.32757921876	0.135353953382	-0.276533034799	-0.560065965726	0.0680629003418	0.237826707501	0.358611560087	0.289261680477	-0.317401560682	-0.328682338993	0.563405814568	-0.0346770970627	-0.055957409051	0.429409409628	-0.0109118770152	0.59194757976	197.037294995	-14.4364115982	17.4690084902
5	5.81072509891	-1.88240964693	0.359377138253	2.67416710316	-0.208428212701	1.13635290047	-0.0629422187654	-0.282541944669	-0.0542801370431	0.12809352096	0.238044480724	0.129554785262	0.0713470586763	-0.161620741283	-0.169045975523	0.420703510678	-0.0365042075841	0.0187628004591	0.486909874691	0.0178416245287	0.421820612404	172.808601154	9.82345014955	5.06415635684
6	4.30127605013	2.33233110585	-0.193108285162	6.76150163024	0.334198796378	6.67513862665	0.0183319394593	-0.280629502316	0.0962746410705	-0.0194575356311	-0.0381463824495	0.570163309899	-0.367722685301	-0.441893917095	-0.0591919386589	0.306373103261	0.0570044526956	-0.0359126914392	0.532010517224	0.0183394896871	0.460679517435	176.720747018	10.063864266	7.5050582618
7	6.31526838944	-0.783995358903	1.06582983058	6.75748987998	1.55140424827	4.05204945532	-0.128956289262	-0.110743146872	0.0983904865091	0.581150006758	-0.0139057094984	-0.240882565542	-0.154730682708	0.342712347499	0.0873233175229	0.643359742139	-0.0578412891537	-0.0777338807161	0.405956172785	0.118325863841	0.313455544787	218.182345593	3.10691368993	36.2077075001
8	2.15968718086	0.529290770601	-0.105695899567	5.76137004312	-1.76200316803	2.71423499188	-0.0838198910068	0.144261206748	0.630267603978	0.6298385691	0.0137255892089	-0.376220485743	-0.626060402671	0.406181314965	0.0741114721293	0.797249920385	-0.1667209454	-0.181986202264	0.625415653232	0.0522255704436	0.712481867968	222.388518688	17.0975493523	33.5833861114
9	8.31279223792	-0.719542849544	5.12583763403	-0.331161605066	0.30212838415	3.82051263769	-0.068841223499	0.492131871874	-0.164117965637	0.12734898078	0.178157264124	-0.185175901502	-0.0634491367242	0.545259567871	-0.11585073067	0.599605597269	-0.110225656956	-0.0655611328977	0.660214113002	0.0845464911811	0.72936912216	212.540103654	23.7277324452	11.5048231055
10	2.88478426157	0.203843119314	2.59994188022	3.76990364346	-0.46841283523	3.62172154845	-0.319981397322	-0.118982255027	0.531130383643	0.414623459627	-0.115647705225	-0.210013048087	-0.443845891808	-0.0869946452161	0.503022857565	0.569763599297	-0.0252912452839	0.111693544116	0.462167398981	0.0395891360407	0.414306288513	194.444138917	26.0422823332	8.98476387768
11	5.54985120726	-1.49210636757	2.2446084748	8.28849646327	0.0691030158896	1.63423397418	0.138680962265	0.237320307973	0.184002381916	0.172321988622	-0.326567804645	-0.138117950478	-0.00524671793162	0.0575213925647	0.220390653156	0.528754502832	-0.0522548776314	0.0604485120391	0.467561228803	0.0492288425896	0.357292646035	204.53636008	11.6074802478	20.0853809132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 298 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 299 through 421 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 422 through 499 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 500 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 194 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 195 through 269 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 270 through 363 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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