PDB-7lpv: X-ray radiation damage series on Proteinase K at 277K, multi-conf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lpv

タイトル

X-ray radiation damage series on Proteinase K at 277K, multi-conformer model, dataset 2

要素

Proteinase K

キーワード

HYDROLASE / radiation damage / conformational heterogeneity / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Doukov, T. / Herschlag, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Evaluating the impact of X-ray damage on conformational heterogeneity in room-temperature (277 K) and cryo-cooled protein crystals.
著者: Yabukarski, F. / Doukov, T. / Mokhtari, D.A. / Du, S. / Herschlag, D.

履歴

登録	2021年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lpv.cif.gz	345.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lpv.ent.gz	243.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lpv_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lpv_full_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示
XML形式データ	7lpv_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	7lpv_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lfgC 7ljvC 7ljwC 7ljzC 7lk5C 7lk6C 7llpC 7ln7SC 7ln8C 7ln9C 7lnbC 7lncC 7lndC 7loqC 7lorC 7lp6C 7lplC 7lpmC 7lptC 7lpuC 7lq8C 7lq9C 7lqaC 7lqbC 7lqcC 7ltdC 7ltiC 7ltvC 7lu0C 7lu1C 7lu2C 7lu3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3de2-d 2pyz-d 5rpt-d 1p7v-d 1ic6-d 3nyz-1 5rpv-d 6ca4-2 5xvq-1 6clb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.708, 67.708, 101.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of precipitant solution (1.0 M Ammonium Sulfate).

結晶

マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.82 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→34.84 Å / Num. obs: 96089 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 10.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.946 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4625 / R_pim(I) all: 0.95 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LN7

7ln7

解像度: 1.1→33.85 Å / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.6943
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1459	4638	4.84 %
R_work	0.1234	91157	-
obs	0.1245	95795	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→33.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	16	281	2329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	6457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9456	8740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0721	978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3398	2225

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.304	143	0.3056	2870	X-RAY DIFFRACTION	95.2
1.11-1.13	0.3043	155	0.2856	2954	X-RAY DIFFRACTION	98.04
1.13-1.14	0.265	171	0.2659	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.14-1.15	0.2521	172	0.2538	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.15-1.17	0.2422	156	0.2486	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.17-1.19	0.2401	153	0.2388	3021	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.19-1.2	0.2477	151	0.2277	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.22	0.2521	151	0.2225	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.22-1.24	0.2235	153	0.2102	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.24-1.26	0.1803	156	0.2045	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.26-1.28	0.2399	143	0.1957	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.28-1.3	0.2113	136	0.1943	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.3-1.33	0.2136	184	0.1753	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.33-1.36	0.2011	163	0.1645	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.39	0.1888	133	0.1497	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.39-1.42	0.1759	149	0.1405	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1561	146	0.1239	3042	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.45-1.49	0.1444	141	0.1114	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.49-1.54	0.1469	157	0.1026	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.59	0.14	164	0.0973	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.64	0.1223	140	0.0965	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.71	0.1169	135	0.0921	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.79	0.1148	126	0.0905	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.88	0.1194	179	0.0903	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-2	0.0998	171	0.0853	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.15	0.1189	166	0.0836	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.37	0.1015	169	0.0866	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.71	0.1091	155	0.0946	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.71-3.42	0.1249	160	0.1051	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-33.85	0.136	160	0.115	3348	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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