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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lpp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 with hit 1 | |||||||||
要素 | Cytoplasmic protein | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / glucosidase / sterylglucosidase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Pereira de Sa, N. / Del Poeta, M. / Airola, M.V. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure and inhibition of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase to develop antifungal agents. 著者: Pereira de Sa, N. / Taouil, A. / Kim, J. / Clement, T. / Hoffmann, R.M. / Burke, J.E. / Rizzo, R.C. / Ojima, I. / Del Poeta, M. / Airola, M.V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lpp.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lpp.ent.gz | 942.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lpp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lpp_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lpp_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lpp_validation.xml.gz | 106.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lpp_validation.cif.gz | 146.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89198.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05607 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: J9W473 #2: 化合物 | ChemComp-YAG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, MgCl2, Tris 7.5, hit 1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→65.49 Å / Num. obs: 77245 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.334 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.361 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→58.12 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.13 Å2 / Biso mean: 41.4864 Å2 / Biso min: 3.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→58.12 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.9164 Å / Origin y: -0.7702 Å / Origin z: 98.9997 Å
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精密化 TLSグループ |
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