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Yorodumi- PDB-7lpp: Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lpp | |||||||||
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Title | Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 with hit 1 | |||||||||
Components | Cytoplasmic protein | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / glucosidase / sterylglucosidase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ergosteryl 3-beta-D-glucoside catabolic process / steryl-beta-glucosidase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.85 Å | |||||||||
Authors | Pereira de Sa, N. / Del Poeta, M. / Airola, M.V. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Structure and inhibition of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase to develop antifungal agents. Authors: Pereira de Sa, N. / Taouil, A. / Kim, J. / Clement, T. / Hoffmann, R.M. / Burke, J.E. / Rizzo, R.C. / Ojima, I. / Del Poeta, M. / Airola, M.V. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lpp.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lpp.ent.gz | 942.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lpp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lpp_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7lpp_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7lpp_validation.xml.gz | 106.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7lpp_validation.cif.gz | 146.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpp | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 89198.047 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_05607 / Plasmid: ppSUMO / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIPL / References: UniProt: J9W473 #2: Chemical | ChemComp-YAG / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 47.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: PEG8000, MgCl2, Tris 7.5, hit 1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 150 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-2 / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.85→65.49 Å / Num. obs: 77245 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.334 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.361 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.85→58.12 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 26.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.13 Å2 / Biso mean: 41.4864 Å2 / Biso min: 3.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.85→58.12 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 38.9164 Å / Origin y: -0.7702 Å / Origin z: 98.9997 Å
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Refinement TLS group |
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