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- PDB-7lov: Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lov
タイトルCrystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and noeuromycin
要素Toxin B
キーワードTRANSFERASE/Inhibitor / inhibitors / TcdB / toxin / Kinetic isotope effects / KIEs / drug design / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host actin cytoskeleton via filamentous actin depolymerization / glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane ...symbiont-mediated perturbation of host actin cytoskeleton via filamentous actin depolymerization / glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain ...TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NOY / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Toxin B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Paparella, A.S. / Aboulache, B.L. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Inhibition of Clostridium difficile TcdA and TcdB toxins with transition state analogues.
著者: Paparella, A.S. / Aboulache, B.L. / Harijan, R.K. / Potts, K.S. / Tyler, P.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin B
B: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,33313
ポリマ－128,6282
非ポリマー1,70511
水4,017223
1
A: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2127
ポリマ－64,3141
非ポリマー8996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1206
ポリマ－64,3141
非ポリマー8065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.589, 82.676, 113.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 538 / Label seq-ID: 3 - 539

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toxin B


分子量: 64313.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdB, toxB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18177, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

-
非ポリマー , 5種, 234分子

#2: 化合物 ChemComp-NOY / (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL / ノイロマイシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 85 mM Sodium Citrate pH 5.6, 170 mM Ammonium Acetate, 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.97 Å / Num. obs: 48863 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4458 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UQM

5uqm


解像度: 2.5→28.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 11.792 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.506 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2478 2334 4.8 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs0.21 46524 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.17 Å2 / Biso mean: 39.964 Å2 / Biso min: 14.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5 Å20 Å2-0.21 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→28.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8808 0 104 223 9135
Biso mean--37.92 31.44 -
残基数----1077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0139068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.64912242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1251.58119059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.77951075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27524.758517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.513151664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.531535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021819
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18364 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 177 -
Rwork0.21 3402 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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