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- PDB-7lot: Human PPAR Gamma LBD in Complex with Tetrazole Compound N-{3-[(4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lot
タイトルHuman PPAR Gamma LBD in Complex with Tetrazole Compound N-{3-[(4-methylbenzyl)oxy]benzyl}-2H-tetrazol-5-amine.
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードGENE REGULATION / PPAR gamma / Complex / Tetrazole
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding ...prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cell fate commitment / positive regulation of DNA binding / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cell maturation / negative regulation of signaling receptor activity / epithelial cell differentiation / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / peptide binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / placenta development / regulation of circadian rhythm / lipid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of blood pressure / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y9A / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者de Paula, K. / Nascimento, A.S.
資金援助 ブラジル, 5件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2010/15376-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/06565-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)476606/2010-1 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)485950/2013-8 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)303165/2018-9 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Graph.Model. / 年: 2021
タイトル: Tetrazoles as PPAR gamma ligands: A structural and computational investigation.
著者: de Paula, K. / Santos, J.C. / Mafud, A.C. / Nascimento, A.S.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0604
ポリマ－63,4702
非ポリマー5912
水77543
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0604
ポリマ－63,4702
非ポリマー5912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.791, 62.142, 118.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.951, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31734.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 232-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-Y9A / ~{N}-[[3-[(4-methylphenyl)methoxy]phenyl]methyl]-1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-amine


分子量: 295.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0 and 0.85 M Sodium Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→49.05 Å / Num. obs: 27930 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 54.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2694 / CC1/2: 0.874 / Rpim(I) all: 0.358 / Rrim(I) all: 0.68 / Χ2: 0.64 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SZ1

3sz1


解像度: 2.29→45.39 Å / SU ML: 0.3031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8063
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 1299 4.66 %
Rwork0.2025 26580 -
obs0.2051 27879 93.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3934 0 44 43 4021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01384062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45085503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068650
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9812548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.380.32631680.28532896X-RAY DIFFRACTION92.57
2.38-2.490.29311300.24752985X-RAY DIFFRACTION94.82
2.49-2.620.29451500.23982990X-RAY DIFFRACTION95.67
2.62-2.790.31621390.22443053X-RAY DIFFRACTION95.8
2.79-30.29241600.22312978X-RAY DIFFRACTION95.9
3-3.30.2951340.22863085X-RAY DIFFRACTION96.7
3.3-3.780.30211330.21522625X-RAY DIFFRACTION83.63
3.78-4.760.20231420.17192807X-RAY DIFFRACTION87.92
4.76-45.390.24131430.18533161X-RAY DIFFRACTION96.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0255510165-1.29828267579-3.194320972364.029328131282.492619891826.79678950805-0.377514007582-0.196248632111-0.0168950189834-0.06234662201780.668000380665-0.2326368020510.01232208274581.20794820039-0.2930137825930.367333761082-0.1213138567590.005339636083520.663024370211-0.07048286417420.467579255657-1.581389505649.11362839984-10.528713585
24.30773129505-0.541967755738-1.353871075752.213189256220.6106434392736.03089845415-0.2344897017130.04815178180920.384447763488-0.1740084264530.198821681733-0.000153451305941-0.93332129092-0.245226939521-0.01280242625930.546705440899-0.0862746921822-0.1128044193480.517213483766-0.008776706871540.485298851631-12.969915786219.3225798621-15.6166411373
32.22111355794-0.5986243171490.4738509079962.241039844681.418493301745.24415451751-0.3099973369820.395614524693-0.419891172623-0.185347955540.1935512474640.4129126861510.203035936595-0.732479618580.09281108142860.447825934238-0.2294685321150.02564951732750.634731963896-0.03481749247560.558897543698-13.53510679186.43929506772-18.1185228541
43.8784747748-3.01595231252-1.590012043242.491748705710.811810559305-0.05854702682290.07544014058310.781409078367-0.133838889225-0.174001165725-0.1640434555830.4388092504660.0598869263443-0.6077701873710.09022859803190.789766934396-0.212251138743-0.1272654294910.800287114770.002714435188890.554674513299-21.715994659916.7371773352-22.0315891614
55.16366716818-2.265620073561.291160837182.85594463592-1.986271878575.149980322480.2092382557250.695464948925-0.602777553921-0.705531109847-0.234963251093-0.04759322036710.838188224117-0.0612212734558-0.1152041134830.710329111936-0.1283432673770.08077259871630.52058422157-0.118862964990.639594592766-25.6020454745-18.5800356182-38.6551573949
61.78738114718-0.288335288169-1.973349955640.47990166742-0.0009489700384675.781314669260.3245136573460.37291702580.3315397645360.511598538825-0.460241348814-0.1566956013060.783350546501-2.237510776680.01241896472011.40893918595-0.0638730908797-0.07715372052031.753576112250.1460455773780.822622408603-46.4284346418-8.33771327769-50.20079011
76.10315689135-0.1654029781111.696521210552.617308409160.9042753939595.410979419670.002555994718990.119333267168-0.423216957936-0.38977996933-0.0739613475951-0.03469572170390.00613154767443-0.3561297472920.06666280318040.486873262134-0.1756111163830.0531693045150.453700628378-0.01622093104660.485915918629-36.7642120779-12.5950706883-27.06208503
87.506457550722.62899372766-3.988834500753.32510963285-0.8472365494992.32367572659-0.3685706554860.279234553771-0.276703932578-0.314279272875-0.1104498311020.02348829549690.125304616016-0.3167061705950.6251662819350.579526128786-0.1735747984910.01387808353640.548078615061-0.04771277767840.538048833592-30.1405862399-8.09299645703-33.8161925739
95.02718878496-1.641624514941.208047369344.68106124271-2.125042916656.37956415101-0.06931597580980.5957256138640.444502461737-0.2506719109550.107324257903-0.0991158019638-1.1239239739-0.503084985452-0.06246552665650.899511664559-0.06856202848290.09957571225460.7002672602960.04199264930570.465069299115-31.3991950466-2.16837616102-44.5282688615
103.47176884219-0.211316991813-1.008736495372.076822879731.772150568175.457384113010.230016022733-0.380758979788-0.465808346829-0.14080187841-0.114966453665-0.539741077305-0.1295557907670.554088128445-0.1156526645150.470745823318-0.1352046865420.02705859054030.446923112618-0.005293095625060.607411327472-19.1241498873-13.0717067089-24.1670109372
112.35269075678-2.64162969085-2.49564301455.442768568220.8272231221415.313214280940.429808039284-0.2426724704630.822023613194-0.3897962518250.1592260701240.0668267974507-1.3965743065-0.179887324887-0.4234027302520.687598539907-0.1195060701670.01357515847970.4457147278060.01001796796770.707314736257-27.89628981750.308137482218-29.7906722268
123.13452107916-0.5042923003712.054397027468.70495776772-5.499024211126.44963483115-0.4387530520890.162230902904-0.0798478050.390305860512-0.02833190333080.536301082553-0.171703642871-0.8309817042320.4772285781180.971712189489-0.09277185145420.2095056362981.18630928822-0.135839038220.858802148485-51.085229005-4.39015533981-30.997897015
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 207 through 246 )AA207 - 2461 - 42
22chain 'A' and (resid 247 through 345 )AA247 - 34543 - 129
33chain 'A' and (resid 346 through 430 )AA346 - 430130 - 214
44chain 'A' and (resid 431 through 476 )AA - B431 - 2215
55chain 'B' and (resid 207 through 251 )BC207 - 2511 - 41
66chain 'B' and (resid 252 through 276 )BC252 - 27642 - 59
77chain 'B' and (resid 277 through 321 )BC277 - 32160 - 104
88chain 'B' and (resid 322 through 333 )BC322 - 333105 - 116
99chain 'B' and (resid 334 through 377 )BC334 - 377117 - 160
1010chain 'B' and (resid 378 through 430 )BC378 - 430161 - 215
1111chain 'B' and (resid 431 through 459 )BC431 - 459216 - 244
1212chain 'B' and (resid 460 through 475 )BC460 - 475245 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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