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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lnm | |||||||||
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タイトル | Ornithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its inactivator - (1S,3S)-3-amino-4-(difluoromethylene)cyclopentene-1-carboxylic acid | |||||||||
![]() | Ornithine aminotransferase, mitochondrial | |||||||||
![]() | TRANSFERASE/Inactivator / Ornithine Aminotransferase / OAT / aminotransferase / inactivator / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inactivator complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Butrin, A. / Catlin, D. / Zhu, W. / Liu, D. / Silverman, R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Remarkable and Unexpected Mechanism for ( S )-3-Amino-4-(difluoromethylenyl)cyclohex-1-ene-1-carboxylic Acid as a Selective Inactivator of Human Ornithine Aminotransferase. 著者: Zhu, W. / Doubleday, P.F. / Butrin, A. / Weerawarna, P.M. / Melani, R.D. / Catlin, D.S. / Dwight, T.A. / Liu, D. / Kelleher, N.L. / Silverman, R.B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 976.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 818.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 109.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 149.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44860.320 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-Y7S / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed ...詳細: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed with equal volume of well solution and 0.5 ul of 10 mM compound. The crystals with the best morphology and size grew in a final condition containing 12% PEG 8000, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM Tricine pH 7.8. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→68.56 Å / Num. obs: 190270 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 749788 / Scaling rejects: 842 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OAT 解像度: 2→36.48 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→36.48 Å
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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