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- PDB-7llh: KPC-2 F72Y mutant with acylated imipenem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7llh
タイトルKPC-2 F72Y mutant with acylated imipenem
要素Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / KPC / Carbapenemase / Beta-lactamase / Hydrolase / Antibiotic Resistance / Enzyme / Beta-lactam / antibiotics / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IM2 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Furey, I. / Palzkill, T. / Sankaran, B. / Hu, L. / Prasad, B.V.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI32956 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Local interactions with the Glu166 base and the conformation of an active site loop play key roles in carbapenem hydrolysis by the KPC-2 beta-lactamase.
著者: Furey, I.M. / Mehta, S.C. / Sankaran, B. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
#1: ジャーナル: J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using Beta-Lactamase Inhibitors and Beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK ...タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using Beta-Lactamase Inhibitors and Beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK 5153, Zidebactam (WCK 5107), and WCK 4234.
著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / ...著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / Patil, V. / Yeole, R. / Bhagwat, S.S. / Patel, M.V. / van den Akker, F. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月30日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
B: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8494
ポリマ－55,2462
非ポリマー6032
水2,324129
1
A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9242
ポリマ－27,6231
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9242
ポリマ－27,6231
非ポリマー3011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.609, 37.123, 83.655
Angle α, β, γ (deg.)88.118, 88.375, 85.479
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVALchain 'A'AA29 - 571 - 29
12SERSERPROPROchain 'A'AA59 - 25230 - 223
13THRTHRLEULEUchain 'A'AA254 - 290224 - 260
14IM2IM2IM2IM2chain 'A'AC301
21VALVALVALVALchain 'B'BB29 - 571 - 29
22SERSERPROPROchain 'B'BB59 - 25230 - 223
23THRTHRLEULEUchain 'B'BB254 - 290224 - 260
24IM2IM2IM2IM2chain 'B'BD301

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要素

#1: タンパク質 Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-1


分子量: 27623.090 Da / 分子数: 2 / 変異: F72Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-IM2 / (5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid / IMIPENEM, open form / N-FORMIMIDOYL-THIENAMYCINE, open form


分子量: 301.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 8,000, 0.1M KsCN, 0.1M Sodium Acetate pH:4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.99 Å / Num. obs: 23701 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 27.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02966 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.176 Å / Rmerge(I) obs: 0.127 / Num. unique obs: 2374 / CC1/2: 0.981 / % possible all: 97.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
xia2データ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C5A

3c5a


解像度: 2.1→36.99 Å / SU ML: 0.197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.3269 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 1216 5.13 %
Rwork0.1822 22475 -
obs0.1842 23691 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 0 129 4059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83025464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.84892382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.190.24641200.20282509X-RAY DIFFRACTION97.05
2.19-2.280.29021210.20032497X-RAY DIFFRACTION97.4
2.28-2.40.23691510.20712434X-RAY DIFFRACTION97.66
2.4-2.560.22531420.19822492X-RAY DIFFRACTION97.41
2.56-2.750.28421410.19952491X-RAY DIFFRACTION97.95
2.75-3.030.2886970.22122536X-RAY DIFFRACTION98.5
3.03-3.470.25981290.19842560X-RAY DIFFRACTION98.64
3.47-4.370.17171230.15782519X-RAY DIFFRACTION99.06
4.37-36.990.18521920.15212437X-RAY DIFFRACTION98.06
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.14776452166 Å / Origin y: -6.184878823 Å / Origin z: 9.38810665377 Å
111213212223313233
T0.101907772152 Å2-0.000942861386237 Å2-0.0470356518746 Å2-0.159423140336 Å2-0.0451159373833 Å2--0.175046315662 Å2
L0.859329198508 °20.0314107540674 °2-0.498057563497 °2-2.15105936049 °2-0.575346942121 °2--1.58062326605 °2
S0.00515066211103 Å °-0.043973480863 Å °0.0418836375308 Å °0.0288650311884 Å °0.0718204979561 Å °0.0745010930028 Å °0.0379716538656 Å °-0.0378443700951 Å °-0.0666784730105 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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