PDB-7lky: Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lky

タイトル

Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641

要素

Isoform 1 of PHD finger protein 1
Peptidomimetic inhibitor UNC6641

キーワード

Transcription/Transcription Inhibitor / Epigenetic reader / peptidomimetic inhibitor / Transcription-Transcription Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone methyltransferase binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / methylated histone binding / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / chromatin organization / site of double-strand break / centrosome / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Liu, J. / Kutateladze, T.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of an H3K36me3-Derived Peptidomimetic Ligand with Enhanced Affinity for Plant Homeodomain Finger Protein 1 (PHF1).
著者: Engelberg, I.A. / Liu, J. / Norris-Drouin, J.L. / Cholensky, S.H. / Ottavi, S.A. / Frye, S.V. / Kutateladze, T.G. / James, L.I.

履歴

登録	2021年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lky.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lky.ent.gz	166.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lky_validation.pdf.gz	563.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lky_full_validation.pdf.gz	584.1 KB	表示
XML形式データ	7lky_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7lky_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lky	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4hczS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lky-2 2jny-d 2k40-d 7chq-d 2dm1-d 3qik-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 1 of PHD finger protein 1

B: Isoform 1 of PHD finger protein 1

C: Isoform 1 of PHD finger protein 1

D: Isoform 1 of PHD finger protein 1

E: Isoform 1 of PHD finger protein 1

F: Isoform 1 of PHD finger protein 1

G: Isoform 1 of PHD finger protein 1

H: Isoform 1 of PHD finger protein 1

J: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

I: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

K: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

L: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

M: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

N: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

O: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

P: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

ヘテロ分子

66.3 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Isoform 1 of PHD finger protein 1

J: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
8.34 kDa, 2 ポリマー
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2

I: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

B: Isoform 1 of PHD finger protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.21 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Isoform 1 of PHD finger protein 1

K: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.27 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Isoform 1 of PHD finger protein 1

L: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.35 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Isoform 1 of PHD finger protein 1

M: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.35 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Isoform 1 of PHD finger protein 1

N: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.21 kDa, 2 ポリマー
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7

G: Isoform 1 of PHD finger protein 1

O: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.29 kDa, 2 ポリマー
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8

H: Isoform 1 of PHD finger protein 1

P: Peptidomimetic inhibitor UNC6641

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.27 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.394, 45.345, 64.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.020, 95.190, 90.070
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Isoform 1 of PHD finger protein 1 / hPHF1 / Polycomb-like protein 1 / hPCl1 分子量: 7206.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Chemical modification on the side chain of Lysine 4 of the peptidomimetic inhibitor 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF1, PCL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43189
#2: タンパク質・ペプチド	Peptidomimetic inhibitor UNC6641 分子量: 1002.297 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成詳細: Chemical modification on the side chain of Lysine 4 of the peptidomimetic inhibitor 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.28 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,k,-l / Fraction: 0.48
反射	解像度: 1.85→43.22 Å / Num. obs: 37960 / % possible obs: 90.87 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 8.85
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.3336 / Num. unique obs: 2652

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
autoXDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HCZ

4hcz

解像度: 1.85→43.22 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.75 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	2052	5.41 %
R_work	0.2327	36025	-
obs	0.2372	37960	90.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.66 Å² / B_iso mean: 19.9801 Å² / B_iso min: 5.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→43.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3982	0	137	258	4377
B_iso mean	-	-	20.07	17.56	-
残基数	-	-	-	-	501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.4001	91	0.2719	1741	1832	58
1.9-1.95	0.2943	107	0.2502	2028	2135	70
1.95-2	0.2823	145	0.2437	2594	2739	87
2-2.07	0.3175	143	0.2434	2768	2911	91
2.07-2.14	0.2827	148	0.2387	2675	2823	91
2.14-2.23	0.3039	149	0.241	2701	2850	91
2.23-2.33	0.2956	150	0.238	2733	2883	91
2.33-2.45	0.3401	144	0.2563	2714	2858	91
2.45-2.61	0.2738	144	0.2708	2678	2822	90
2.61-2.81	0.2788	154	0.2574	2730	2884	91
2.81-3.09	0.2753	140	0.2391	2689	2829	90
3.09-3.54	0.2801	141	0.2118	2645	2786	89
3.54-4.45	0.2487	139	0.1927	2671	2810	90
4.46-43.22	0.2786	140	0.2457	2658	2798	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0172	0.014	-0.0001	0.0188	-0.0059	0.0102	-0.02	0.0059	-0.0034	-0.0012	-0.0177	0.0048	-0.0038	-0.0013	-0.0456	-0.0537	-0.0274	-0.0059	0.0382	0.0367	0.2149	1.2156	9.5863	24.6821
2	0.0029	0.0081	0.0014	0.0196	0.0029	0.0016	0.0051	0.0365	-0.0102	-0.0146	0.0215	-0.0084	0.0013	-0.0169	0.0223	-0.0599	-0.0331	0.013	0.0961	0.0312	0.24	3.8121	9.2754	24.1712
3	2	2	2	2	-8.9599	2	-0.1788	2.6291	-1.6135	-1.0268	0.4726	0.7801	1.5049	-1.3815	-0.294	0.3394	0.0215	0.0987	0.272	0.031	0.2583	-15.6861	18.2082	16.7488
4	0.0003	-0.0001	0.0007	0.0003	0.0005	0.0031	-0.0005	0.0014	0.005	0.0028	-0.0026	-0.0021	-0.007	-0.001	0	0.1326	0.0229	0.0275	0.1492	0.031	0.2481	2.7721	15.9711	-9.9639
5	0.009	-0.0012	0.0019	0.0004	-0.0005	-0.0004	-0.0067	0.0069	-0.0133	-0.0025	-0.0043	0.0002	-0.008	0	-0.0095	-0.0066	0.032	-0.0033	0.0706	-0.0198	0.1789	4.6681	4.5012	-6.118
6	0.005	-0.0012	-0.001	0.0027	-0.0003	0.0005	0.024	0.0024	-0.0086	0.0023	-0.0073	-0.015	0.0004	0.0072	0.0281	-0.0084	-0.0318	0.0093	0.136	0.0059	0.193	9.3902	8.4081	-5.0293
7	0.0019	0.0026	0.0006	0.0032	0.0007	0.0008	0.0061	0.0035	-0.0067	-0.0045	0.0035	-0.0072	-0.0022	0.0006	0.0122	-0.0169	0.0159	-0.0328	0.1303	0.0218	0.1534	3.9307	6.8827	-10.368
8	0.0056	-0.0001	-0.0005	0.0001	0.0002	-0.0001	0.0067	0.0073	0.004	-0.0015	-0.001	-0.0003	0.0009	-0.0069	0.0042	0.0257	0.018	0.0088	0.1207	0.0054	0.2209	9.2905	-10.5809	32.6377
9	0.0196	-0.0007	-0.0044	-0.0005	-0.0006	0.0045	-0.0196	0.017	-0.0184	0.0128	0.0029	0.0015	0.0083	-0.0037	-0.0174	-0.1017	-0.0165	0.0455	0.0454	-0.0259	0.2197	13.679	-14.8537	35.2731
10	0.0033	0.0009	-0.0013	0.0007	-0.0011	0.0035	-0.0083	-0.0114	-0.0071	0.0025	-0.0124	-0.0007	0.0022	0.016	-0.0069	0.0451	-0.0382	0.0049	0.1093	0.0156	0.2464	26.1391	7.9926	30.0686
11	0.0058	-0.0088	-0.0011	0.0136	0.0016	-0.0006	0.0129	-0.0353	0.009	-0.0027	0.0201	-0.0204	0.0068	-0.0186	0.031	-0.0707	-0.0006	0.0221	0.1172	-0.0053	0.2228	22.8802	9.2496	29.0144
12	0.0046	0.004	0.0028	0.007	0.0008	0.0024	0.0068	-0.0066	0.0012	0.0012	-0.0067	-0.0015	-0.0029	0.0106	0.0007	0.0212	-0.0435	0.0047	0.0882	-0.0344	0.2183	-5.6246	-9.2269	41.0232
13	0.0233	0.0089	0.0064	0.0033	0.0017	0.0041	-0.0143	-0.0099	0.004	-0.0033	-0.0061	-0.0014	0.0077	-0.0134	-0.0329	-0.0597	-0.0128	-0.0177	0.0472	-0.058	0.1689	-11.4033	-14.8313	37.342
14	0.035	0.0012	-0.0159	0.0012	0.0019	0.0212	0.0061	-0.0108	-0.0027	0.0017	0.0149	-0.004	0.0015	0.0132	0.0119	0.0077	0.0103	0.0286	0.0226	-0.0319	0.1812	-7.6495	-14.0062	42.3363
15	0.0079	-0.0035	0.0035	0.0027	-0.0012	0.0059	-0.0153	-0.0073	0.019	-0.0012	-0.0164	-0.0094	0.0057	-0.0095	-0.0202	0.0106	0.0047	0.0392	0.0463	-0.0214	0.1771	29.0904	5.4235	-2.558
16	0.02	0.0203	-0.0029	0.0231	-0.0072	0.0083	0.002	0.0033	0.0074	0.005	0.0122	0.015	-0.0137	0.0016	0.0083	0.0151	-0.0292	0.0328	0.0801	-0.0213	0.2022	26.4706	8.6763	-4.4475
17	0.0039	-0.0005	-0.0025	-0	0.0004	0.003	-0.0003	0.0012	0.0021	-0.0018	0.0003	0.0017	0.0023	-0.0051	0.0009	0.0041	0.0025	-0.0125	0.0851	-0.0154	0.1585	22.6239	8.1466	-4.9681
18	0.0041	0.0007	0.003	0.0009	0.0008	0.0055	-0.0087	-0.0013	-0.0045	0.0019	-0.0024	0.012	0.0081	0.0046	-0.0093	0.0044	-0.0132	0.0146	0.1032	-0.0071	0.1656	28.1571	5.6841	0.1276
19	0.0028	-0.0044	-0.0044	0.0126	0.0077	0.007	0.0043	0.0002	0.0001	-0.0054	-0.0066	-0.0041	-0.0003	0.0059	-0.0014	0.0479	0.033	-0.0008	0.1843	-0.0169	0.2317	12.8382	-8.4631	-1.4757
20	0.0165	-0.0042	0.012	0.0018	-0.0026	0.0099	0.0044	-0.0055	0.0036	0.0029	-0.0064	-0.0009	0.001	0.0116	-0.0041	-0.1169	-0.0167	0.0355	0.0467	0.0001	0.2418	16.1804	-16.9072	3.0702
21	0.0121	-0.012	-0.0072	0.0131	0.01	0.0105	-0.003	-0.001	0.0045	0.0036	-0.0025	0.0052	-0.0009	0.0032	-0.0024	0.0453	0	0.0429	0.1416	0.0008	0.2656	-3.4389	-6.4482	10.3039
22	0.0192	-0.0017	0.0115	0.0004	-0.0007	0.0186	-0.0091	0.0179	-0.004	-0.0037	-0.01	0.0075	-0.0044	-0.0043	-0.0179	-0.046	0.0194	0.0139	0.117	-0.0275	0.1972	-5.3741	-18.215	5.7096
23	0.0052	0.0001	0.001	-0.0006	0.0011	0.0027	0.0086	-0.0028	0.0029	-0.0085	0.0007	0.009	0.0036	0.0019	0.0213	-0.0316	-0.0009	-0.0018	0.0716	-0.0363	0.1733	-10.2591	-14.3278	4.7326
24	0.0066	-0.0059	-0.0071	0.0044	0.0067	0.0064	0.0058	-0.0009	0.0039	0.0048	0.0102	0.0115	-0.0005	0.0034	0.0114	-0.0159	-0.0119	0.0301	0.0886	-0.0413	0.1724	-4.743	-15.7708	10.0882
25	0.0009	-0.0001	0.0006	0.0034	0.0027	0.0033	0.0036	-0.0032	0.0021	0.0003	0.0056	0.007	-0.0005	-0.0035	0.0045	0.0644	0.0119	-0.006	0.1354	0.0058	0.1806	0.6842	-0.171	3.6548
26	0.003	0.0014	0.0022	0.0021	0.0054	0.0147	-0.0053	-0.002	-0.0078	0.005	-0.0065	0.0024	0.0003	-0.0028	-0.0031	0.1079	0.0124	0.0203	0.1274	0.0047	0.2488	-2.2998	1.4293	35.4442
27	0.0025	0.002	0.0027	0.0026	0.0035	0.0045	0.003	0.0016	-0.0029	0.0042	0.0009	0.0029	-0.0056	-0.0083	0	0.2142	0.0135	0.0703	0.2095	-0.0356	0.2792	7.7096	-18.7731	46.8183
28	0.0033	-0.0028	0.0032	0.0035	-0.0046	0.0055	0.0021	0.0014	-0.0003	-0.0006	0.0038	-0.0034	0.0041	0.0041	0.0001	0.1711	-0.0466	0.0666	0.1777	0.0224	0.2413	29.0637	3.5138	16.9749
29	0.0024	-0.0014	0.0028	0.001	-0.0022	0.0059	0.0038	-0.0015	-0.0006	-0.0046	-0.0033	-0.0034	-0.0006	0.0035	0	0.1576	0.0236	-0.0129	0.1545	-0.0434	0.2254	-4.3686	-21.2046	28.4404
30	0.0004	-0.0001	0.0005	0.0002	-0.0003	0.0004	0.0011	-0.0042	-0.0006	-0.0024	-0.0006	-0.0028	-0.0016	0.0005	0	0.1863	-0.0044	-0.0153	0.1916	0.0098	0.2312	31.83	1.4348	-14.9605
31	0.0026	0.0006	0.0035	0.0013	0.002	0.0051	-0.0033	-0.011	-0.0006	0.0027	0.0073	0.0011	-0.0007	-0.0003	0.0015	0.0676	0.0183	0.0011	0.1192	0.0371	0.177	10.767	-20.9669	14.8797
32	0.0016	-0.0013	0.0026	0.0014	-0.0028	0.0045	-0.0051	0.0064	-0.0032	-0.0095	0.004	-0.0017	-0.0022	-0.0021	-0	0.0806	-0.0249	-0.0007	0.182	-0.0301	0.2428	-0.6008	-24.0098	-2.4636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 55 )	A	29 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 56 through 84 )	A	56 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 85 )	A	85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 30 through 35 )	B	30 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 36 through 55 )	B	36 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 56 through 69 )	B	56 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 70 through 84 )	B	70 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 30 through 40 )	C	30 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 41 through 84 )	C	41 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 29 through 45 )	D	29 - 45
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 46 through 84 )	D	46 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 29 through 40 )	E	29 - 40
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 41 through 69 )	E	41 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 70 through 84 )	E	70 - 84
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 30 through 45 )	F	30 - 45
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 46 through 55 )	F	46 - 55
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 56 through 69 )	F	56 - 69
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 70 through 84 )	F	70 - 84
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resid 30 through 35 )	G	30 - 35
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 36 through 84 )	G	36 - 84
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 29 through 35 )	H	29 - 35
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 36 through 55 )	H	36 - 55
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 56 through 69 )	H	56 - 69
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 70 through 84 )	H	70 - 84
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'J' and (resid 1 through 7 )	J	1 - 7
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'I' and (resid 1 through 7 )	I	1 - 7
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'K' and (resid 1 through 7 )	K	1 - 7
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'L' and (resid 1 through 7 )	L	1 - 7
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'M' and (resid 1 through 7 )	M	1 - 7
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'N' and (resid 1 through 7 )	N	1 - 7
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'O' and (resid 1 through 7 )	O	1 - 7
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'P' and (resid 1 through 8 )	P	1 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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