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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lkl | ||||||
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タイトル | The internal aldimine form of the wild-type Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase in complex with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, cesium ion at the metal coordination site and the product L-tryptophan at the enzyme beta-site at 1.05 Angstrom resolution. One of the beta-Q114 rotamer conformations allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring | ||||||
要素 | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / inhibitor / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase in complex with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at ...タイトル: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase in complex with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, cesium ion at the metal coordination site and the product L-tryptophan at the enzyme beta-site at 1.05 Angstrom resolution. One of the beta-Q114 rotamer conformations allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring. 著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lkl.cif.gz | 319.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lkl.ent.gz | 253.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lkl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lkl_validation.pdf.gz | 6.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lkl_full_validation.pdf.gz | 6.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lkl_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lkl_validation.cif.gz | 56 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lkl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5cgqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: trpA, DD95_04145 / プラスミド: pBR322 / 詳細 (発現宿主): pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: A0A0D6FWC1, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: trpB / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase |
-非ポリマー , 9種, 878分子
#3: 化合物 | ChemComp-F9F / | ||||||||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-CS / #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-PLP / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 % / 解説: large plate-like crystal |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8 PH範囲: 7.6-8.0 / Temp details: constant |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.88558 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.88558 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.05→90.571 Å / Num. obs: 312765 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.146 / Rsym value: 0.115 / Net I/av σ(I): 3.7 / Net I/σ(I): 4.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.595
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 312736 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5cgq 解像度: 1.05→28.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.239 / SU ML: 0.026 / SU R Cruickshank DPI: 0.0273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.06 Å2 / Biso mean: 12.923 Å2 / Biso min: 3.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.05→28.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.05→1.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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