PDB-7lkk: Crystal structure of Helicobacter pylori aminofutalosine deaminas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lkk

タイトル

Crystal structure of Helicobacter pylori aminofutalosine deaminase (AFLDA) in complex with Methylthio-coformycin

要素

Aminofutalosine deaminase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Aminofutalosine deaminase / AFLDA / Inhibitor / Inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / : / Chem-MCF / Putative

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Harijan, R.K. / Feng, M. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Aminofutalosine Deaminase in the Menaquinone Pathway of Helicobacter pylori .
著者: Feng, M. / Harijan, R.K. / Harris, L.D. / Tyler, P.C. / Frohlich, R.F.G. / Brown, M. / Schramm, V.L.

履歴

登録	2021年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lkk.cif.gz	350.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lkk.ent.gz	281.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lkk_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lkk_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	7lkk_validation.xml.gz	67.1 KB	表示
CIF形式データ	7lkk_validation.cif.gz	96 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/7lkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lkjC 3v7pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lkk-2 7lkj-1 7lkj-2 6eje-d 5lx5-d 1hp7-3 6foa-d 6ejc-d 4m51-1 6ej7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Aminofutalosine deaminase

B: Aminofutalosine deaminase

C: Aminofutalosine deaminase

D: Aminofutalosine deaminase

ヘテロ分子

192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminofutalosine deaminase

B: Aminofutalosine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aminofutalosine deaminase

D: Aminofutalosine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.905, 73.072, 157.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.300, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...
2	1	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...
3	1	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...
4	1	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	2 - 4	16 - 18
1	2	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	6 - 45	20 - 59
1	3	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	-1 - 409	13 - 423
1	4	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	-1 - 409	13 - 423
1	5	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	-1 - 409	13 - 423
1	6	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	-1 - 409	13 - 423
1	7	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	-1 - 409	13 - 423
1	8	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 2 through 4 or resid 6...	A	A	-1 - 409	13 - 423
2	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...	B	B	2 - 4	16 - 18
2	2	GLY	GLY	LEU	LEU	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...	B	B	6 - 47	20 - 61
2	3	LYS	LYS	ALA	ALA	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...	B	B	48 - 49	62 - 63
2	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...	B	B	1 - 409	15 - 423
2	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...	B	B	1 - 409	15 - 423
2	6	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...	B	B	1 - 409	15 - 423
2	7	MET	MET	ILE	ILE	(chain B and (resid 2 through 4 or resid 6...	B	B	1 - 409	15 - 423
3	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	2 - 4	16 - 18
3	2	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	6 - 45	20 - 59
3	3	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	2 - 409	16 - 423
3	4	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	2 - 409	16 - 423
3	5	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	2 - 409	16 - 423
3	6	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	2 - 409	16 - 423
3	7	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	2 - 409	16 - 423
3	8	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain C and (resid 2 through 4 or resid 6...	C	C	2 - 409	16 - 423
4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	2 - 4	16 - 18
4	2	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	6 - 45	20 - 59
4	3	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	6	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	7	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	1 - 409	15 - 423
4	8	MET	MET	ILE	ILE	(chain D and (resid 2 through 4 or resid 6...	D	D	1 - 409	15 - 423

#1: タンパク質	Aminofutalosine deaminase / AFLDA 分子量: 47520.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: orf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZMG8
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MCF / (8R)-3-(5-S-methyl-5-thio-beta-D-ribofuranosyl)-3,6,7,8-tetrahydroimidazo[4,5-d][1,3]diazepin-8-ol / 5′-メチルチオコホルマイシン分子量: 314.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈N₄O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6 and 8% w/v polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→155.79 Å / Num. obs: 129546 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6388 / CC_1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V7P

3v7p

解像度: 1.89→28.591 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	6554	5.06 %
R_work	0.2311	122900	-
obs	0.233	129454	98.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.65 Å² / B_iso mean: 26.6137 Å² / B_iso min: 12.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.89→28.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12828	0	140	985	13953
B_iso mean	-	-	31.99	31.76	-
残基数	-	-	-	-	1637

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4736	X-RAY DIFFRACTION	2.39	TORSIONAL
1	2	B	4736	X-RAY DIFFRACTION	2.39	TORSIONAL
1	3	C	4736	X-RAY DIFFRACTION	2.39	TORSIONAL
1	4	D	4736	X-RAY DIFFRACTION	2.39	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.89-1.9115	0.3386	196	0.3141	4094	97
1.9115-1.934	0.335	204	0.2968	4047	99
1.934-1.9576	0.3562	220	0.2869	4119	100
1.9576-1.9823	0.3001	215	0.271	4134	99
1.9823-2.0084	0.3222	224	0.2765	4073	99
2.0084-2.0359	0.332	251	0.2636	4080	99
2.0359-2.065	0.3079	210	0.2644	4095	99
2.065-2.0958	0.3433	215	0.2665	4107	99
2.0958-2.1285	0.3007	231	0.2551	4060	99
2.1285-2.1634	0.2921	224	0.2518	4091	99
2.1634-2.2007	0.3362	219	0.2515	4096	99
2.2007-2.2407	0.3162	198	0.2537	4029	97
2.2407-2.2838	0.2742	201	0.2352	3977	95
2.2838-2.3304	0.2853	219	0.2402	4025	99
2.3304-2.381	0.2748	220	0.2308	4100	100
2.381-2.4364	0.2984	204	0.2311	4210	100
2.4364-2.4973	0.2251	235	0.2196	4035	99
2.4973-2.5648	0.2715	215	0.2287	4119	99
2.5648-2.6402	0.2831	245	0.2338	4136	99
2.6402-2.7254	0.3062	223	0.2351	4092	99
2.7254-2.8227	0.284	216	0.233	4119	99
2.8227-2.9356	0.2776	212	0.2346	4017	96
2.9356-3.069	0.2482	224	0.2309	4037	98
3.069-3.2306	0.2609	222	0.2269	4116	99
3.2306-3.4327	0.2664	213	0.2337	4169	99
3.4327-3.6973	0.2611	220	0.2137	4139	99
3.6973-4.0684	0.239	222	0.2063	4128	98
4.0684-4.6549	0.2452	218	0.2037	4047	97
4.6549-5.8564	0.269	196	0.231	4218	100
5.8564-28.591	0.2346	242	0.2211	4191	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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