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- PDB-7ljp: Structure of Thermotoga maritima SmpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ljp
タイトルStructure of Thermotoga maritima SmpB
要素SsrA-binding protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Transfer-messenger RNA / tmRNA / trans-translation / oligonucleotide binding fold
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-translation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small Protein B; Chain: A; / Small protein B / SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / SsrA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chan, C.W. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM058443 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008152 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008382 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Thermotoga maritima SmpB reveals its C-terminal tail domain in a helical conformation mimicking that of a ribosome-bound state
著者: Chan, C.W. / Mondragon, A.
履歴
登録2021年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SsrA-binding protein
B: SsrA-binding protein
C: SsrA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,35125
ポリマ－56,3373
非ポリマー2,01422
水3,027168
1
A: SsrA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,60010
ポリマ－18,7791
非ポリマー8219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SsrA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4248
ポリマ－18,7791
非ポリマー6457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SsrA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3277
ポリマ－18,7791
非ポリマー5496
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.539, 92.539, 307.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-356-

HOH

21A-364-

HOH

31B-326-

HOH

41B-350-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 8 or resid 11...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 8 or resid 11...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 0 through 8 or resid 11...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAGLUA3 - 11
d_12ens_1LYSLYSA18 - 48
d_13ens_1LEULEUA52 - 99
d_14ens_1LYSLYSA101
d_15ens_1GLULEUA103 - 107
d_16ens_1GLYLYSA109 - 141
d_21ens_1ALAGLUB1 - 9
d_22ens_1LYSLYSB12 - 42
d_23ens_1LEULEUB44 - 91
d_24ens_1LYSLYSB93
d_25ens_1GLULEUB97 - 101
d_26ens_1GLYLYSB105 - 137
d_31ens_1ALAGLUC1 - 9
d_32ens_1LYSLYSC12 - 42
d_33ens_1LEULEUC46 - 93
d_34ens_1LYSLYSC97
d_35ens_1GLULEUC99 - 103
d_36ens_1GLYLYSC107 - 139

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.879327386787, 0.138451333262, 0.455647424183), (0.293158504231, -0.596643998653, 0.747043526354), (0.375288473369, 0.790472749176, 0.48405722241)35.5893740756, -47.8608752809, 14.6912690338
2given(0.238437816847, 0.02616935537, -0.970805115529), (-0.543324442795, -0.824961435077, -0.15568294864), (-0.804950903695, 0.564582850851, -0.182483553138)-2.84961824354, -44.0479407505, 30.2507439263

-
要素

#1: タンパク質 SsrA-binding protein / Small protein B


分子量: 18778.932 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: smpB, TM_0254 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P56944
#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 100 mM MES, pH 6.25, 2.0 M ammonium sulfate, 10% v/v 1,4-dioxane
PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月6日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→55.52 Å / Num. obs: 46791 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.5 % / Biso Wilson estimate: 35.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 3737 / CC1/2: 0.967 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.546 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
REFMAC5.8.0158精密化
Cootモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P6V

1p6v


解像度: 2.1→44.31 Å / SU ML: 0.192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3243
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 2328 4.99 %
Rwork0.1844 44309 -
obs0.186 46637 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 125 168 3659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01363596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1664815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0828511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.82881429
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.33568615605
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.58659079505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.23091340.18622533X-RAY DIFFRACTION99.85
2.14-2.190.21811410.18172538X-RAY DIFFRACTION99.93
2.19-2.240.22961290.17752556X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.30.21371310.17992548X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.360.22221420.17922553X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.430.25791270.1842590X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.510.21921250.18292558X-RAY DIFFRACTION99.89
2.51-2.60.24681180.18672573X-RAY DIFFRACTION99.93
2.6-2.70.22831390.19922567X-RAY DIFFRACTION99.89
2.7-2.820.25671260.20212602X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-2.970.23161430.20282587X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.160.19581350.18592599X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.22311510.18742609X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.740.21671450.1762623X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.280.17451490.15622658X-RAY DIFFRACTION100
4.28-5.40.18091530.16152702X-RAY DIFFRACTION100
5.4-44.310.26261400.22622913X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.422032850660.510362857880.2018828250421.21501196759-0.1888996058580.633802711394-0.06158002697240.07933969576540.0136096984311-0.03710164094740.06541269331440.1453876161640.0187611046338-0.0956824494527-0.0001252814751960.270784041986-0.0225282890671-0.03831095368020.22430798197-0.05149558286040.2392572525767.84067031718-15.583593548910.1220368636
20.759684934-0.826075521717-0.3062023178210.9835568887791.154015384191.414659662670.127550988321-0.06561981663690.00843844484331-0.01527557392960.0582730556042-0.3935351942830.01295734193580.1326759536160.005044735859080.2842706334030.02516100519830.001273650427970.302734780114-0.1252637408980.34873501956930.8796273377-29.189946583210.3797794607
31.35014594750.6051738153850.3024824354031.422507455480.1401800202610.893631325420.241953778999-0.4422435739640.1675423284390.317513510554-0.3057306379690.1625263111880.0228263764891-0.240710051669-0.04658407635590.365576481077-0.1548372693950.06438420378030.390762476055-0.1572253038760.309766542149-11.4256836846-35.453238459115.8445451487
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid -2 through 132)AA-2 - 1321 - 141
22(chain 'B' and resid 0 through 132)BB0 - 1321 - 137
33(chain 'C' and resid 0 through 150)CC0 - 1501 - 157

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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