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- PDB-7lji: Structure of poly(aspartic acid) hydrolase PahZ2 with Gd+3 bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lji
タイトルStructure of poly(aspartic acid) hydrolase PahZ2 with Gd+3 bound
要素Poly(Aspartic acid) hydrolase
キーワードHYDROLASE / serine protease / poly(aspartic acid) hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ION / Poly(Aspartic acid) hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas sp. KT-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Brambley, C.A. / Yared, T.J. / Gonzalez, M. / Jansch, A.L. / Wallen, J.R. / Weiland, M.H. / Miller, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2021
タイトル: Sphingomonas sp. KT-1 PahZ2 Structure Reveals a Role for Conformational Dynamics in Peptide Bond Hydrolysis.
著者: Brambley, C.A. / Yared, T.J. / Gonzalez, M. / Jansch, A.L. / Wallen, J.R. / Weiland, M.H. / Miller, J.M.
履歴
登録2021年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(Aspartic acid) hydrolase
B: Poly(Aspartic acid) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3585
ポリマ－89,8862
非ポリマー4723
水15,835879
1
A: Poly(Aspartic acid) hydrolase
ヘテロ分子

B: Poly(Aspartic acid) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3585
ポリマ－89,8862
非ポリマー4723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area3850 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area30190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.670, 147.870, 197.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 6 through 163 or resid 166...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 6 through 163 or resid 166...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSGLYA1 - 158
d_12ens_1TYRSERA163 - 186
d_13ens_1ILEASNA190 - 256
d_14ens_1ILEALAA260 - 309
d_15ens_1VALVALA313 - 331
d_16ens_1ASNGLNA333 - 408
d_21ens_1LYSGLYB1 - 158
d_22ens_1TYRSERB165 - 188
d_23ens_1ILEASNB190 - 256
d_24ens_1ILEALAB260 - 309
d_25ens_1VALVALB311 - 329
d_26ens_1ASNGLNB333 - 408

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.739357306345, 0.672565026765, 0.0317341823168), (-0.673304785759, -0.738289591777, -0.0398640708871), (-0.00338216339508, -0.050840568897, 0.998701055134) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.739357306345, 0.672565026765, 0.0317341823168), (-0.673304785759, -0.738289591777, -0.0398640708871), (-0.00338216339508, -0.050840568897, 0.998701055134)
ベクター: 1.14043331471, 69.4746606379, 43.9500836601)

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要素

#1: タンパク質 Poly(Aspartic acid) hydrolase


分子量: 44943.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas sp. KT-1 (バクテリア)
遺伝子: pahZ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q769D3
#2: 化合物 ChemComp-GD3 / GADOLINIUM ION


分子量: 157.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 6.5, and the silver bullets D4 (Hampton) cocktail (0.005M gadolinium(III) chloride hexahydrate, 0.005M samarium(III) chloride hexahydrate, 0.05M benzamidine ...詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 6.5, and the silver bullets D4 (Hampton) cocktail (0.005M gadolinium(III) chloride hexahydrate, 0.005M samarium(III) chloride hexahydrate, 0.05M benzamidine hydrochloride, 0.25% w/v salicin, and 0.02M HEPES pH 6.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11608 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11608 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→98.57 Å / Num. obs: 244755 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 23.23
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique obs: 24036 / CC1/2: 0.886 / CC star: 0.969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→98.57 Å / SU ML: 0.1711 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.4408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1618 1483 1.28 %
Rwork0.1454 114314 -
obs0.1457 115797 94.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→98.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5912 0 3 879 6794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01336061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20878204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00741077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.11012277
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.70095116547 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.910.2511140.24648841X-RAY DIFFRACTION81.64
1.91-1.980.2671180.22079426X-RAY DIFFRACTION86.67
1.98-2.060.18331280.17649898X-RAY DIFFRACTION91.05
2.06-2.150.19751300.159210146X-RAY DIFFRACTION93.38
2.15-2.260.18631330.158610279X-RAY DIFFRACTION94.18
2.26-2.410.17131350.151810530X-RAY DIFFRACTION96.32
2.41-2.590.20781430.150610737X-RAY DIFFRACTION97.84
2.59-2.850.17841420.149910856X-RAY DIFFRACTION98.66
2.85-3.270.16921430.150310957X-RAY DIFFRACTION99.4
3.27-4.110.15181460.130311107X-RAY DIFFRACTION99.8
4.11-98.570.11871510.125411537X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7201799888020.1371296297570.6465702645031.182768519990.4262773537360.595837615682-0.0929984000522-0.00668026658694-0.28564770165-0.09593876690820.01499073418110.0178110949555-0.02510940226820.101253879849-0.01457310806730.258283726648-0.009505997687270.03771846245770.30864428314-0.09781473541910.30996107097-6.2041566391512.465950479137.0394106529
2-0.1159483789620.194447847378-0.07276638192820.3962406244330.6429412189010.510186666938-0.07083159839150.0380510040055-0.100481741003-0.1195818767070.03483043607670.0219948505597-0.1486266394830.0800722073380.0003421333694820.2337618001590.001821592776780.007367658963190.256648549124-0.04518560239370.221820948763-0.25551969859428.140738443356.6825638985
30.612958137265-0.3792128372590.09536008639920.744286329382-0.5023233409360.442083029926-0.06734167637350.1030492115920.246865628050.100587854008-0.0821241049645-0.0762759957754-0.108137555007-0.00536925323644-0.1788056061340.2067540766860.00818981217852-0.003768521911390.1520514542650.07835897152410.22558766627815.796526756664.165407407980.3501570868
40.194056895468-0.1767344512880.4101158591980.205693325821-0.3476135263850.466617946279-0.00550376510710.01353402394010.0973907045738-0.00864920658997-0.0450369162334-0.06989436567820.0387596350572-0.0189495222414-0.0003858434771450.206962337350.005733499738480.0164240584440.2088992669140.02472309994620.23404518607821.344819984246.804162128797.6291227849
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 183 )AA6 - 1831 - 180
22chain 'A' and (resid 184 through 405)AA184 - 405181 - 408
33chain 'B' and (resid 6 through 169 )BB6 - 1691 - 168
44chain 'B' and (resid 170 through 405 )BB170 - 405169 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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