PDB-7lgv: NMR structure of Beta-KTx14.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lgv

タイトル

NMR structure of Beta-KTx14.3

要素

Neurotoxin beta-KTx 14.3

キーワード

TOXIN / Beta-KTX / ion channel / disulfide bond

機能・相同性

Long chain scorpion toxin family / Long chain scorpion toxin, cysteine-stabilized alpha/beta domain / BetaSPN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Neurotoxin beta-KTx 14.3

機能・相同性情報

生物種

Lychas mucronatus (サソリ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Carranza-Gonzalez, L.E. / Titaux-Delgado, G.A. / del Rio-Portilla, J.F.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2023
タイトル: Beta-KTx14.3, a scorpion toxin, blocks the human potassium channel KCNQ1.
著者: Titaux-Delgado, G. / Lopez-Giraldo, A.E. / Carrillo, E. / Cofas-Vargas, L.F. / Carranza, L.E. / Lopez-Vera, E. / Garcia-Hernandez, E. / Del Rio-Portilla, F.

履歴

登録	2021年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lgv.cif.gz	276.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lgv.ent.gz	232.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lgv_validation.pdf.gz	376.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lgv_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	7lgv_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	7lgv_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1a7i-d 4mzz-d 1tle-d 1res-d 1r1b-d 2fk3-1 2fkl-1 1nho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30847NMR structure of Beta-KTx14.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Neurotoxin beta-KTx 14.3

5.27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Neurotoxin beta-KTx 14.3 分子量: 5272.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lychas mucronatus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CI42
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 0.8 mg/mL Beta-KTx14.3, 95% H2O/5% D2O / Label: Natural abundance / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 0.8 mg/mL / 構成要素: Beta-KTx14.3 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0.2 Not defined / Label: 1 / pH: 4 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 289 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: 5 mm cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Amber	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 6

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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