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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lga | ||||||
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タイトル | PEG10 CA-like C-terminal domain | ||||||
![]() | Retrotransposon-derived protein PEG10 | ||||||
![]() | ONCOPROTEIN / imprinted gene / domesticated Gag | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell differentiation / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zurowska, K. / Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural evidence that MOAP1 and PEG10 are derived from retrovirus/retrotransposon Gag proteins. 著者: Zurowska, K. / Alam, A. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11701.937 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first 9 amino acids (GHHHHHHGS) is a purification tag derived from the expression vector. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (w/v) PEG 3,350 0.2 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 58024 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 17.19 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 19.625 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 1166 / CC1/2: 0.644 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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