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- PDB-7lg0: Human leukocyte antigen B*07:02 in complex with SARS-CoV2 epitope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lg0
タイトルHuman leukocyte antigen B*07:02 in complex with SARS-CoV2 epitope SPRWYFYYL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
  • Nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV2 / CD8+ / epitope / HLA / human major histocompatibility complex / SPRWYFYYL / HLA-B7 / HLA-B*07:02 / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-1-host interactions / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / viral RNA genome packaging / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / Maturation of nucleoprotein / regulation of T cell anergy ...SARS-CoV-1-host interactions / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / viral RNA genome packaging / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / Maturation of nucleoprotein / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Attachment and Entry / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / early endosome membrane / host cell Golgi apparatus / molecular adaptor activity / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / host cell perinuclear region of cytoplasm / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Krogsgaard, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA243486-01A1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human leukocyte antigen B*07:02 in complex with SARS-CoV2 epitope SPRWYFYYL
著者: Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Krogsgaard, M.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4194
ポリマ－45,1373
非ポリマー2821
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.723, 155.172, 88.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-463-

HOH

21C-101-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain / MHC class I antigen B*7


分子量: 31962.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 1295.464 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 105-113 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
参照: UniProt: P59595
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月9日 / 詳細: SI 111 CRYSTAL
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.296→41.95 Å / Num. obs: 22281 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1096 / CC1/2: 0.84 / CC star: 0.95 / Χ2: 0.99 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6AT5

6at5


解像度: 2.3→41.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.331 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 657 3 %RANDOM
Rwork0.2001 ---
obs0.2021 21542 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.9 Å2 / Biso mean: 50.251 Å2 / Biso min: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.68 Å2-0 Å20 Å2
2---4.54 Å2-0 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→41.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3149 0 19 158 3326
Biso mean--69.41 52.51 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.6644519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1961.5936604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0795395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.19821.69213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.47615516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9941529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02769
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 51 -
Rwork0.305 1574 -
all-1625 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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