PDB-7lf8: Fab 6D12 bound to ApoL2 NTD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lf8

タイトル

Fab 6D12 bound to ApoL2 NTD

要素

Apolipoprotein L2
Fab 6D12 heavy chain
Fab 6D12 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoprotein metabolic process / lipid transport / lipid binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Ultsch, M. / Kirchhofer, D.

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the ApoL1 and ApoL2 N-terminal domains reveal a non-classical four-helix bundle motif.
著者: Ultsch, M. / Holliday, M.J. / Gerhardy, S. / Moran, P. / Scales, S.J. / Gupta, N. / Oltrabella, F. / Chiu, C. / Fairbrother, W. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D.

履歴

登録	2021年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lf8.cif.gz	363.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lf8.ent.gz	300.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l6kC 7lf7SC 7lfaC 7lfbC 7lfdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bfq-2 6bfq-3 5wk3-2 6ywd-d 2arj-2 6bfq-4 6ddv-d 5vig-2 6bfq-1 6j6y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Apolipoprotein L2

H: Fab 6D12 heavy chain

L: Fab 6D12 light chain

ヘテロ分子

63.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.903, 154.290, 88.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Apolipoprotein L2 分子量: 15408.214 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 114-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOL2 / 発現宿主: Baculoviridae sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: J3KQL8

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	Fab 6D12 heavy chain 分子量: 24342.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Fab 6D12 light chain 分子量: 23568.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4

-
非ポリマー , 3種, 73分子

#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.71 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium di-hydrogen phosphate, 14mM sodium cholate PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→82.665 Å / Num. obs: 25037 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.286 / R_pim(I) all: 0.151 / R_rim(I) all: 0.325 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.16→2.394 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1254 / CC_1/2: 0.106 / R_pim(I) all: 1.098 / R_rim(I) all: 2.102 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LF7

7lf7

解像度: 2.15→32.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.289 / SU R_free Blow DPI: 0.215

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	1206	4.82 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	25031	68.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.77 Å² / B_iso mean: 40.82 Å² / B_iso min: 13.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0979 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5278 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6257 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→32.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3749	0	19	71	3839
B_iso mean	-	-	82.1	33.38	-
残基数	-	-	-	-	486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1600	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1164	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	7452	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	509	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	7253	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	7452	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	13399	HARMONIC	2	1.1
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.45
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.35

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.3 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3418	24	4.79 %
R_work	0.2348	477	-
all	0.2404	501	-
obs	-	-	7.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2897	0.4739	-0.5367	0.0938	-0.1957	0.2832	-0.0012	0.0079	0.0138	-0.0027	-0.0046	-0.0001	0.0029	0.0126	0.0058	0.0099	0.0044	0.0381	-0.0315	-0.0048	-0.0143	33.8703	8.598	122.189
2	0.5791	-0.4529	-0.5232	0.9123	0.6834	0.3076	0.0057	0.0035	0.0069	-0.0012	0.0086	0.0004	-0.0072	-0.0099	-0.0143	0.0249	0.0135	-0.0426	-0.0661	-0.0109	-0.025	24.4722	9.0349	127.789
3	0	-0.6433	0.4218	0.519	-0.3422	0.3339	-0.0029	0.0035	0.0442	-0.0155	0.0128	0.01	0.0077	0.003	-0.0098	0.0219	0.0655	-0.0041	-0.0441	0.0043	0.0003	25.8842	12.2115	123.598
4	0	-0.2385	0.0172	0	-0.138	0.0535	-0.0008	0.0056	0.0076	-0.001	-0.0075	0.0009	0.0008	0.0071	0.0083	0.0055	-0.0057	-0.0148	-0.0245	-0.0177	-0.0257	37.3412	1.5863	108.467
5	0	0.003	-0.2241	0	-0.2652	0.4489	0.0127	-0.0003	0.0199	0.0088	0.009	-0.0046	0.0053	0.0047	-0.0216	-0.0204	0.0118	-0.0279	0.0173	0.0509	-0.028	45.5961	18.897	96.0231
6	0.1392	0.4593	-0.3472	0.1125	-0.0727	0.6241	0.0116	0.0122	0.0196	0.008	-0.0392	-0.0034	0.019	-0.0338	0.0276	-0.0505	-0.0033	0.037	0.0239	0.0559	-0.0216	47.1781	16.4795	95.6198
7	0.2936	-0.1744	0.4033	0.0188	-0.8533	0.5027	-0.001	0.0006	-0.0102	-0.019	-0.0054	0.0269	-0.0092	-0.0343	0.0064	-0.0226	0.0319	-0.0105	-0.0159	0.0342	0.0087	12.7533	27.3351	117.439
8	0	-0.4432	0.0317	0.7081	-0.5023	0.2496	-0.0038	0.0024	0.0194	0.0104	-0.0077	0.0292	-0.0116	-0.0086	0.0115	0.0014	0.0551	0.0305	-0.0468	0.0345	-0.036	19.1049	27.5189	125.543
9	0	0.021	-0.3748	0.6796	-1.2357	0.0903	0.001	-0.0129	-0.014	-0.0083	0.0364	-0.0092	-0.0289	-0.007	-0.0374	-0.0057	0.0919	0.0142	-0.035	0.0309	0.0005	16.6379	34.321	120.663
10	0	-0.9299	-0.1533	0.029	-0.3469	0	0.001	-0.0007	0.0147	-0.0041	-0.0048	0.0162	0.013	-0.0231	0.0038	-0.0007	0.0232	0.012	-0.0136	0.0173	0.0183	15.7849	21.0667	123.51
11	0	-0.9269	0.1765	0.1072	-0.3413	0.742	0.0011	0.0259	0.008	0.0044	-0.002	-0.0046	-0.0108	0.0128	0.0009	0.0011	0.0629	-0.0005	-0.0245	-0.003	-0.051	33.4025	24.6368	91.8279
12	0	-0.6396	0.5711	1.1068	-0.2799	1.1974	0.0179	0.0356	0.0188	-0.003	-0.0051	0.047	0.0021	0.0165	-0.0128	0.0128	0.0445	-0.0308	0.0172	-0.0495	-0.0879	29.8302	18.2747	89.4306
13	0	0.2854	-0.2995	0.2554	0.413	0.0704	0.0006	0.0012	-0.0063	0.007	0.0026	-0.002	0.0038	-0.0123	-0.0031	0.0007	-0.0217	0.0284	-0.0409	-0.0408	-0.0433	17.7883	26.8846	155.988
14	0	-0.0067	-0.0822	0	-0.1919	0.0088	-0.0001	-0.0062	-0.0009	-0.0011	-0.0025	0.0034	0.0026	-0.0045	0.0026	-0.0049	0.0178	-0.001	-0.015	-0.0141	-0.0318	14.3239	25.8199	144.322
15	0	-0.2699	0.1129	0	0.0691	0.1068	0.0016	-0.0079	-0.0015	0.0132	-0.0011	-0.0004	0.0007	0.0028	-0.0006	-0.003	0.0116	0.0266	-0.0212	0.009	-0.0229	19.6046	18.8331	152.333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{L\|1 - 18}	L	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{L\|19 - 75}	L	19 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{L\|76 - 102}	L	76 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{L\|103 - 113}	L	103 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{L\|114 - 163}	L	114 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{L\|164 - 212}	L	164 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{H\|1 - 40}	H	1 - 40
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{H\|41 - 60}	H	41 - 60
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{H\|61 - 91}	H	61 - 91
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{H\|92 - 117}	H	92 - 117
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{H\|118 - 153}	H	118 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{H\|154 - 222}	H	154 - 222
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|6 - 31}	A	6 - 31
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|32 - 45}	A	32 - 45
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{A\|46 - 62}	A	46 - 62

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

-
非ポリマー , 3種, 73分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-抗体 , 2種, 2分子 HL

-非ポリマー , 3種, 73分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

-
非ポリマー , 3種, 73分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)