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- PDB-7ldw: Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E/delH221/S227K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ldw
タイトルZoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E/delH221/S227K/G248T mutant
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetoacetyl-CoA thiolase / type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / AMMONIUM ION / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase.
著者: Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,14622
ポリマ－165,9694
非ポリマー4,17718
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20200 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area48970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.595, 79.177, 152.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 39 or (resid 40...
21(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...
31(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...
41(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 39 or (resid 40...AA3 - 3910 - 46
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 3 through 39 or (resid 40...AA4047
13PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 39 or (resid 40...AA3 - 39110 - 398
14PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 39 or (resid 40...AA3 - 39110 - 398
15PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 39 or (resid 40...AA3 - 39110 - 398
16PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 39 or (resid 40...AA3 - 39110 - 398
21PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 3910 - 46
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB4047
23PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
24PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
25PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
26PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
27PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
31PROPROLYSLYS(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...CC3 - 16610 - 173
32GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...CC167174
33PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...CC3 - 39110 - 398
34PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...CC3 - 39110 - 398
35PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...CC3 - 39110 - 398
36PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...CC3 - 39110 - 398
37PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 166 or (resid 167...CC3 - 39110 - 398
41PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 3910 - 46
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD4047
43PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
44PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
45PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
46PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase / Beta-ketothiolase


分子量: 41492.312 Da / 分子数: 4 / 変異: Q183Y, Y218E, S227K, G248T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 遺伝子: phaA, phbA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 512分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 1.32 M (NH4)2SO4, 0.88 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月14日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→34.68 Å / Num. obs: 69939 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.418 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.452 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 488279 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.566.93.9413084545010.2241.6234.2680.7100
11.99-34.686.50.06842296530.9970.0280.07416.995.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.87 Å34.68 Å
Translation7.87 Å34.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qfl

1qfl


解像度: 2.5→34.68 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 3462 4.96 %
Rwork0.1994 66397 -
obs0.2017 69859 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.05 Å2 / Biso mean: 56.5668 Å2 / Biso min: 11.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→34.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11129 0 251 494 11874
Biso mean--72.61 49.99 -
残基数----1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60415634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8954074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032034
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6849X-RAY DIFFRACTION9.371TORSIONAL
12B6849X-RAY DIFFRACTION9.371TORSIONAL
13C6849X-RAY DIFFRACTION9.371TORSIONAL
14D6849X-RAY DIFFRACTION9.371TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.53420.40191510.3816258199
2.5342-2.57040.37631480.36022655100
2.5704-2.60880.38371510.35062593100
2.6088-2.64950.36551380.32922661100
2.6495-2.6930.38241560.32432597100
2.693-2.73940.35321450.31472647100
2.7394-2.78920.32831370.2952617100
2.7892-2.84280.34961250.29192674100
2.8428-2.90080.32581580.28192617100
2.9008-2.96380.34141290.26972665100
2.9638-3.03270.30291400.24952647100
3.0327-3.10850.27571220.2362641100
3.1085-3.19250.30561190.24162682100
3.1925-3.28640.2991510.21322638100
3.2864-3.39240.27571070.20182710100
3.3924-3.51350.25931470.18772633100
3.5135-3.65410.27471360.1782640100
3.6541-3.82020.23971220.1722691100
3.8202-4.02130.16381220.14972652100
4.0213-4.27280.18561120.13872712100
4.2728-4.6020.1641410.12662661100
4.602-5.06390.15661260.13692690100
5.0639-5.79370.21581590.17232673100
5.7937-7.28830.22871560.17762688100
7.2883-34.680.18871640.16522732100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4049-0.34520.28221.63480.30795.682-0.305-0.18060.07840.2459-0.0292-0.03490.3319-0.52830.39420.19690.00310.13160.2887-0.01060.457837.1684-6.87029.1271
26.8631-4.2457-2.42285.5970.23127.19330.0537-0.15510.0774-0.06670.0797-0.6158-0.40850.9799-0.10810.2562-0.07770.04010.2133-0.07250.548440.38882.46343.1529
33.48772.4453-2.23585.1671-0.61652.43020.24740.02680.11060.3619-0.0315-0.2609-0.22950.1823-0.1790.25630.02390.07420.3602-0.00810.733130.99026.07468.9796
41.76650.5523-2.98340.21350.29438.4154-0.01080.0801-0.01510.1546-0.0227-0.0499-0.1981-0.39680.01710.30790.06120.03920.2795-0.01730.809123.0861-1.812112.5177
58.22130.1269-0.20618.86924.65563.6692-0.50310.3725-0.30020.03510.36051.3081-0.0058-0.12920.12550.3927-0.02030.09060.36490.07150.803317.1329-20.919815.6988
62.19668.0264-7.31429.5738-4.30149.6223-0.0449-0.2692-1.07860.05980.2835-0.4770.3186-0.04-0.28330.32240.09340.02280.3270.11940.623836.7497-28.903311.9366
78.5278-3.965-5.84282.88998.36629.91190.3623-0.30120.32671.32991.1585-1.7730.74810.8005-1.39520.3990.06290.03670.43340.07420.872247.0255-8.147612.604
89.40016.9293-1.36559.8439-3.09093.83860.0415-0.20120.52960.3655-0.0302-0.0911-0.02090.29810.00420.38740.08710.01230.4201-0.04340.90536.9436-26.087120.1607
91.88050.0808-0.06713.019-0.18061.70020.06130.0331-0.0103-0.01960.07980.0569-0.0525-0.0173-0.11260.12770.06030.06820.2214-0.04580.841130.8238-11.61291.308
104.41881.8351-4.25580.8336-2.48959.0861-0.2970.199-0.79810.0343-0.09650.21190.5209-0.23210.38850.44540.0072-0.04370.2212-0.00770.843923.9128-20.9121-2.9164
114.1092.28750.3851.19710.56518.0698-0.1854-0.0473-0.0116-0.0472-0.12890.15910.1217-0.46520.38440.32150.04550.03660.27680.01140.937930.1454-25.2443.9955
126.2921-0.682-2.69871.89651.9354.659-0.1302-0.1478-0.4068-0.11470.0875-0.2830.07170.34010.01440.31710.01190.06740.21640.04670.72232.7407-15.1681-1.639
130.7536-0.1364-0.26961.22770.83084.5354-0.0247-0.1045-0.11120.1470.02920.14490.4008-0.07230.00040.2560.00170.02670.29840.04170.69026.32421.36117.4079
140.78740.24970.5240.31760.12361.0163-0.01410.00360.11270.06950.0964-0.0652-0.08170.0982-0.10320.29680.01670.05260.35180.00090.85919.47976.224712.6468
152.3527.58379.15668.34285.96483.15550.3346-0.60341.54230.1639-0.63390.08020.1696-0.24070.31810.36190.02290.06360.39560.00040.85115.48729.098811.9047
169.5521-5.59775.59256.9615-1.50638.21720.026-0.0317-0.6820.10630.77510.91360.5437-0.8989-0.76360.2393-0.06460.08570.36140.02680.7538-4.85818.592612.2185
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281.7425-0.56690.24498.6186-6.30592.7342-0.0536-0.04830.26850.2399-0.2435-0.806-0.37380.25350.26070.44090.0107-0.00120.3534-0.04580.730542.79946.79771.9621
291.6911-0.9021-1.18237.6904-0.81935.45560.12660.30640.6570.3336-0.23310.163-0.4927-0.19490.14810.35590.03950.05310.4070.03540.869749.20073.02564.8801
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312.7135-0.01611.38711.2990.13084.83520.00170.04780.4108-0.1358-0.2728-0.0442-0.29170.1320.29210.38920.02670.09570.35090.01550.700514.733412.972562.7183
320.47970.41710.23741.1231.91475.5140.0204-0.02670.1816-0.0089-0.0250.017-0.0271-0.08880.04980.33290.04450.0460.3375-0.02820.737620.5663.999758.5174
334.3767-0.6543-2.69535.21251.57823.0918-0.1696-0.0019-0.42060.1875-0.13080.6520.3229-0.55920.28890.4034-0.0345-0.01760.60160.02930.9493-1.276-7.16456.2735
346.59611.9563-6.87916.0490.8892.33790.53591.09671.11530.17630.3950.7341-0.7344-1.3125-0.89120.37940.12640.00570.67350.03881.00673.303520.129657.8082
352.84291.7351.88092.50442.6734.1034-0.07340.08320.1656-0.2115-0.18520.4143-0.084-0.60380.30770.34270.02130.06250.50630.03380.83370.17033.726858.6879
364.90565.34392.07636.07953.32245.34010.1656-0.0969-0.6210.3939-0.0441-0.38480.5214-0.065-0.08760.30350.04810.04980.3660.0750.68258.0109-3.58174.6691
372.7939-0.143-0.31530.03950.65123.53730.17550.0560.05870.1118-0.20580.59560.1778-0.7002-0.05750.4777-0.00860.08740.5721-0.09371.0566-1.67580.979269.5848
383.0475-7.7597-5.77057.87574.59745.54660.3889-0.19090.3271-0.25620.1233-0.1469-0.4566-0.3018-0.58140.36070.00010.08220.5169-0.00190.75654.9618-0.321274.2393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )A3 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 50 )A27 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 80 )A51 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 141 )A81 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 142 through 171 )A142 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 172 through 191 )A172 - 191
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 192 through 213 )A192 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 214 through 233 )A214 - 233
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 234 through 283 )A234 - 283
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 284 through 318 )A284 - 318
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 319 through 348 )A319 - 348
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 349 through 391 )A349 - 391
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 3 through 65 )B3 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 66 through 171 )B66 - 171
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 172 through 191 )B172 - 191
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 192 through 213 )B192 - 213
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 214 through 302 )B214 - 302
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 303 through 329 )B303 - 329
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 330 through 391 )B330 - 391
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 3 through 55 )C3 - 55
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 56 through 104 )C56 - 104
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 105 through 141 )C105 - 141
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 142 through 171 )C142 - 171
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 172 through 191 )C172 - 191
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 192 through 213 )C192 - 213
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 214 through 233 )C214 - 233
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 234 through 283 )C234 - 283
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 284 through 318 )C284 - 318
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 319 through 348 )C319 - 348
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 349 through 391 )C349 - 391
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 3 through 65 )D3 - 65
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 66 through 141 )D66 - 141
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 142 through 191 )D142 - 191
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 192 through 213 )D192 - 213
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 214 through 265 )D214 - 265
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 266 through 302 )D266 - 302
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 303 through 367 )D303 - 367
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 368 through 391 )D368 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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