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- PDB-7ldk: Structure of human respiratory syncytial virus nonstructural prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ldk
タイトルStructure of human respiratory syncytial virus nonstructural protein 2 (NS2)
要素Non-structural protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN / nonstructural protein / interferon antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Respiratory synctial virus non-structural protein NS2 / Respiratory synctial virus non-structural protein NS2
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Non-structural protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Chatterjee, S. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Amarasinghe, G.K. / Leung, D.W.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI107056 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI40758 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI20943 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for IFN antagonism by human respiratory syncytial virus nonstructural protein 2.
著者: Pei, J. / Wagner, N.D. / Zou, A.J. / Chatterjee, S. / Borek, D. / Cole, A.R. / Kim, P.J. / Basler, C.F. / Otwinowski, Z. / Gross, M.L. / Amarasinghe, G.K. / Leung, D.W.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Non-structural protein 2
A: Non-structural protein 2
C: Non-structural protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1529
ポリマ－44,5963
非ポリマー5576
水1,04558
1
B: Non-structural protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0513
ポリマ－14,8651
非ポリマー1862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Non-structural protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2365
ポリマ－14,8651
非ポリマー3714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Non-structural protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8651
ポリマ－14,8651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.646, 157.646, 47.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13A
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERBA22 - 12323 - 124
21SERSERAB22 - 12323 - 124
12PROPROBA20 - 12321 - 124
22PROPROCC20 - 12321 - 124
13SERSERAB22 - 12323 - 124
23SERSERCC22 - 12323 - 124

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 2 / NS2 / Non-structural protein 1B


分子量: 14865.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
株: Long / 遺伝子: 1B, NS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86305
#2: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.97 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4 M potassium-sodium-tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16685 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 2.154 / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 740 / CC1/2: 0.432 / CC star: 0.777 / Rpim(I) all: 0.842 / Rrim(I) all: 2.154 / Χ2: 0.86 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
PARROT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house Se-Met-labeled NS2 model, solved by SAD phasing

解像度: 2.82→45.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 27.617 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 695 4.9 %RANDOM
Rwork0.2118 ---
obs0.21394 13610 86.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.82→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 33 58 2724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.6683729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2291.5766055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9045315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14721.493134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.92415500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2191514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0712.1581260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0692.1561259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9233.2251572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9233.2281573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2032.3291492
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2032.3291492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0963.4552156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.75825.093053
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.74625.0893052
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B31490.13
12A31490.13
21B32130.14
22C32130.14
31A31280.15
32C31280.15
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.89 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 9 -
Rwork0.265 172 -
obs--15.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9675-2.6095-0.99155.77780.783.22950.0368-0.6687-0.08740.19410.33360.2766-0.195-0.401-0.37040.09580.0545-0.06140.17320.05060.201868.27457.52113.712
24.29490.37571.57495.7747-0.0744.77220.1161-0.524-0.3930.4112-0.0071-0.09580.2591-0.4521-0.1090.09720.09420.0210.35010.12740.217145.33358.047.978
310.33921.6092.00062.54690.21122.9614-0.32610.62951.1748-0.48330.18440.1883-0.84780.11930.14170.4018-0.03280.02380.3004-0.01840.318180.61176.6646.228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B19 - 124
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION1B401
4X-RAY DIFFRACTION2A22 - 124
5X-RAY DIFFRACTION2A302
6X-RAY DIFFRACTION3C20 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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