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万見
- PDB-7ldg: Crystal structure of the MEILB2-BRCA2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ldg
タイトルCrystal structure of the MEILB2-BRCA2 complex
要素
  • Breast cancer type 2 susceptibility protein
  • Heat shock factor 2-binding protein
キーワードRECOMBINATION / Complex / Recruiter / Protein-protein interaction / Armadillo-repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA2-MAGE-D1 complex / female meiosis I / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear ubiquitin ligase complex / female gonad development / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) ...BRCA2-MAGE-D1 complex / female meiosis I / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear ubiquitin ligase complex / female gonad development / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / histone H4 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / lateral element / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / male meiosis I / telomere maintenance via recombination / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / gamma-tubulin binding / oocyte maturation / DNA repair complex / response to UV-C / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / hematopoietic stem cell proliferation / centrosome duplication / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of mitotic cell cycle / secretory granule / regulation of cytokinesis / double-strand break repair via homologous recombination / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / HDR through Homologous Recombination (HRR) / brain development / Meiotic recombination / cellular senescence / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / chromosome / protease binding / spermatogenesis / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock factor 2-binding protein / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical ...Heat shock factor 2-binding protein / BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 / BRCA2 TR2 domain / Tower / BRCA2 repeat / BRCA2, OB1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein / BRCA2 repeat / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 1 / BRCA2 repeat profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock factor 2-binding protein / Breast cancer type 2 susceptibility protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Nandakumar, J. / Pendlebury, D.F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM120094 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01-AG050509 米国
American Cancer SocietyRSG-17-037-01-DMC 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structure of a meiosis-specific complex central to BRCA2 localization at recombination sites.
著者: Pendlebury, D.F. / Zhang, J. / Agrawal, R. / Shibuya, H. / Nandakumar, J.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock factor 2-binding protein
B: Breast cancer type 2 susceptibility protein
C: Heat shock factor 2-binding protein
D: Breast cancer type 2 susceptibility protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0874
ポリマ－72,0874
非ポリマー00
水1086
1
A: Heat shock factor 2-binding protein
B: Breast cancer type 2 susceptibility protein
C: Heat shock factor 2-binding protein
D: Breast cancer type 2 susceptibility protein

A: Heat shock factor 2-binding protein
B: Breast cancer type 2 susceptibility protein
C: Heat shock factor 2-binding protein
D: Breast cancer type 2 susceptibility protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,1758
ポリマ－144,1758
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area18610 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area44080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.889, 179.889, 179.186
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Heat shock factor 2-binding protein / MEILB2


分子量: 28304.908 Da / 分子数: 2 / 断片: aa83-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSF2BP, MEILB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75031
#2: タンパク質 Breast cancer type 2 susceptibility protein / Fanconi anemia group D1 protein


分子量: 7738.730 Da / 分子数: 2 / 断片: MEILB2-binding domain (aa2271-2335) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRCA2, FACD, FANCD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51587
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 M lithium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→89.94 Å / Num. obs: 35987 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.56→2.7 Å / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 1.467 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5188 / CC1/2: 0.833 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3600精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.56→31.1 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2307 1711 -
Rwork0.2106 --
obs-35955 99.97 %
原子変位パラメータBiso mean: 96.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→31.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3806 0 0 6 3812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61145212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.70111443
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.63 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3496 --
Rwork0.3027 --
obs-2968 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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