[日本語] English
- PDB-7lcl: Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lcl
タイトルZoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y mutant
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetoacetyl-CoA thiolase / type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / AMMONIUM ION / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.295 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Biochem.J. / : 2021
タイトル: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase.
著者: Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,51223
ポリマ-166,3134
非ポリマー4,19919
18,3751020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20710 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area47770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.175, 79.071, 149.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase / Beta-ketothiolase


分子量: 41578.367 Da / 分子数: 4 / 変異: Q183Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 遺伝子: phaA, phbA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : H4N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月5日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.295→46.62 Å / Num. obs: 87824 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.933 / Rmerge(I) obs: 0.601 / Rpim(I) all: 0.234 / Rrim(I) all: 0.645 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.295-2.342.75643580.3041.1272.98496.9
12.36-46.620.1066080.9960.0430.11598.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.85 Å46.62 Å
Translation7.85 Å46.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qfl
解像度: 2.295→44.62 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 4323 4.93 %
Rwork0.2288 83356 -
obs0.2305 87679 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.63 Å2 / Biso mean: 41.0842 Å2 / Biso min: 5.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.295→44.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11176 0 251 1020 12447
Biso mean--57.16 35.81 -
残基数----1560
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2952-2.32130.3581450.3305261194
2.3213-2.34860.36751490.31452743100
2.3486-2.37720.34911360.30342742100
2.3772-2.40730.34061300.29362826100
2.4073-2.4390.291220.29732729100
2.439-2.47240.31971760.2912274699
2.4724-2.50770.34741550.29082717100
2.5077-2.54510.3541610.27992799100
2.5451-2.58490.33371470.30072736100
2.5849-2.62730.33671530.29112805100
2.6273-2.67260.34421110.28442752100
2.6726-2.72120.35531390.29252834100
2.7212-2.77350.2761270.27612720100
2.7735-2.83010.35751420.2632826100
2.8301-2.89160.29121280.26312798100
2.8916-2.95890.3021690.26072719100
2.9589-3.03290.29211660.25052785100
3.0329-3.11490.27231650.24592753100
3.1149-3.20650.27671480.22112764100
3.2065-3.310.26241470.21412794100
3.31-3.42820.25241570.20862764100
3.4282-3.56540.2321570.1932761100
3.5654-3.72760.23451270.18992827100
3.7276-3.9240.23391450.18672773100
3.924-4.16970.18161470.17112811100
4.1697-4.49140.17251310.16172797100
4.4914-4.94280.17491240.16562859100
4.9428-5.65690.23081380.19712806100
5.6569-7.12240.24011470.222835100
7.1224-44.620.22981340.22182924100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69970.4873-0.92330.56290.41552.0131-0.1368-0.03850.04030.0691-0.10690.0717-0.07260.00780.2110.13330.034-0.00440.11860.00360.291636.9861-6.88228.7411
21.9175-0.5536-0.45280.410.33020.92130.0333-0.03910.0468-0.03720.0323-0.1456-0.0150.088-0.05570.12410.01040.02270.1145-0.01560.276131.51612.02624.4022
31.5835-0.1112-0.70321.6447-0.94924.2408-0.1425-0.2160.01330.26540.17680.02580.1982-0.1176-0.09850.0956-0.0134-0.02880.0927-0.03720.196821.7199-1.044119.6824
42.0304-0.6623-1.12522.00790.31051.1464-0.0731-0.2756-0.62840.0683-0.00920.20560.1025-0.03870.08650.16540.0236-0.00890.18980.05270.354724.6056-24.033713.9128
57.0691-1.8513-2.58229.42383.54665.8303-0.1566-0.3820.42640.23980.8088-0.6052-0.36161.0124-0.59990.0862-0.0135-0.02880.21970.06540.408946.9434-7.908412.3101
62.64610.6942-0.94645.1726-1.90422.1014-0.0662-0.753-0.54580.3341-0.0202-0.21920.24650.42220.12710.36440.0992-0.06730.30720.06460.322137.1942-26.055319.6694
71.3639-0.38030.32611.5235-0.33171.99290.0341-0.03470.0937-0.0558-0.00440.11210.13090.0824-0.05830.07180.01450.04480.1131-0.04680.400630.5685-11.73871.1925
81.7584-0.0227-2.59440.8704-0.92974.9188-0.07030.2586-0.1948-0.0252-0.03220.21540.2117-0.39350.1130.1949-0.0529-0.07050.139-0.01340.295423.7681-20.8144-2.9304
92.73760.63521.02652.02790.94145.03630.0625-0.0399-0.59330.11840.04840.06370.2147-0.167-0.11580.14950.0240.04420.12330.04440.360830.0022-25.15683.8616
102.3009-0.7066-1.53212.36590.74594.5699-0.17070.042-0.1666-0.0478-0.0612-0.10940.1550.20950.24230.12610.00030.00970.08950.00820.255932.6933-15.011-1.8706
111.3140.01431.58672.97310.77748.1241-0.115-0.1929-0.09460.08130.09650.1576-0.0332-0.12260.00090.10740.03290.01530.07590.05210.19535.0886.99918.7769
121.0146-0.34620.14020.8990.01010.998-0.0757-0.07430.06380.15980.10290.0569-0.05360.0483-0.01920.12130.01870.02380.1390.02220.274714.89467.218110.837
136.2008-0.6573-0.1656.5282-0.35692.9653-0.0653-0.1399-0.42140.31570.26120.56910.194-0.2623-0.15390.040.00260.0020.2781-0.00380.361-4.75758.125712.313
141.349-0.24040.37161.50290.48352.4123-0.0092-0.07340.24870.03550.0046-0.1355-0.22570.048900.10980.0060.01170.12970.01030.353812.993318.75793.5348
151.9828-0.4344-0.02122.3299-0.01792.6365-0.080.0602-0.0696-0.0624-0.02440.1018-0.0138-0.12760.09440.1051-0.0154-0.00190.0943-0.01590.2369.005617.6367-0.2981
161.16230.09710.38380.81780.26392.05420.26280.0086-0.18660.4886-0.2090.28450.3183-0.0075-0.05591.10550.0733-0.20230.32540.01380.201729.5981-12.555460.8913
170.70350.20860.06240.35780.33791.60560.0393-0.092-0.05020.3222-0.0313-0.1322-0.10260.1072-0.01180.62180.0709-0.09490.2788-00.297932.34030.752755.8674
183.57231.9233-1.60054.9836-1.96491.79470.21190.4029-0.29160.2392-0.0245-0.45120.43250.3757-0.1740.74330.1748-0.15010.43410.01280.413346.0567-11.7351.7087
192.18260.6781-1.18343.0146-0.55332.121-0.058-0.19710.2140.2123-0.15710.1027-0.06650.26710.19690.57190.0082-0.18210.3105-0.0370.301837.137-3.203966.6235
203.13120.1191-0.88811.4884-1.92985.72570.1813-0.08560.1849-0.3655-0.23780.3659-0.45920.26480.06320.74480.0129-0.10240.2841-0.04880.378542.52266.718970.5542
212.99380.97380.05253.39341.37942.4203-0.1426-0.06370.5743-0.102-0.06550.2424-0.1854-0.11780.2120.6120.0372-0.1090.3688-0.01710.365248.86383.01363.6082
226.2863-1.04130.95663.3187-0.22615.2375-0.3766-0.4847-0.1710.7574-0.0454-0.3040.03150.34540.39330.65430.0298-0.15120.30920.03250.319541.4524-3.786269.6031
233.0551-0.11150.53060.84351.10152.82190.0879-0.10060.42510.35-0.29810.1125-0.3417-0.22880.18750.75050.04240.05440.2303-0.00530.381314.567412.866761.4348
240.25440.27810.24690.31170.85773.40110.0248-0.12510.00090.3774-0.0367-0.02940.0896-0.05810.01330.6630.0575-0.0220.31840.01780.236620.50323.873457.4216
252.0226.1189-1.99967.5095-3.29163.3371-0.0056-0.567-0.78550.4439-0.50891.07370.7493-0.3160.44850.9727-0.08470.25530.4544-0.0920.90055.0565-12.593653.3868
268.47285.8659-0.45152.05410.43642.64460.00590.49980.27660.26280.05410.9081-0.3539-0.8530.09990.58750.17610.14980.5844-0.06490.7654-3.673610.646157.3876
272.96390.21030.21630.25760.30270.36470.1940.06210.30690.2799-0.82981.98710.069-1.060.6110.59320.08770.24591.0745-0.08571.2137-8.19353.525550.4715
282.9771.6991.65181.61481.1394.38460.2198-0.4299-0.5460.1452-0.2976-0.13960.4691-0.78150.08390.5431-0.00080.15990.40950.0120.5217.0832-0.633668.4827
294.87262.3328-0.29372.1924-1.40872.7443-0.1104-0.1927-0.2370.2055-0.17170.46460.5518-0.47540.28750.5315-0.01840.13570.4562-0.04140.5226-1.56990.859968.4133
305.4697-1.8864-1.89784.7498-0.8598.61150.5565-0.53110.3045-0.58560.5029-0.4477-0.1837-0.3164-1.06210.641-0.1250.10290.4232-0.03780.42255.0243-0.354872.9492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )A3 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 104 )A27 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 141 )A105 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 142 through 191 )A142 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 192 through 213 )A192 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 214 through 234 )A214 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 235 through 284 )A235 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 285 through 319 )A285 - 319
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 320 through 349 )A320 - 349
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 350 through 392 )A350 - 392
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 3 through 26 )B3 - 26
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 27 through 191 )B27 - 191
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 192 through 213 )B192 - 213
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 214 through 330 )B214 - 330
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 331 through 392 )B331 - 392
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 3 through 65 )C3 - 65
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 66 through 191 )C66 - 191
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 192 through 234 )C192 - 234
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 235 through 284 )C235 - 284
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 285 through 319 )C285 - 319
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 320 through 349 )C320 - 349
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 350 through 392 )C350 - 392
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 3 through 65 )D3 - 65
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 66 through 141 )D66 - 141
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 142 through 171 )D142 - 171
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 172 through 213 )D172 - 213
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 214 through 234 )D214 - 234
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 235 through 303 )D235 - 303
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 304 through 368 )D304 - 368
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 369 through 392 )D369 - 392

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る