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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lc7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of epoxyqueuosine reductase QueH in complex with GMP from Thermotoga maritima | ||||||
![]() | Epoxyqueuosine reductase QueH | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Epoxyqueuosine Reductase / QueH / Iron-Sulfur Cluster / GMP / Queuosine / tRNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() epoxyqueuosine reductase / epoxyqueuosine reductase activity / queuosine biosynthetic process / tRNA processing / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Q. / Bruner, S.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The epoxyqueuosine reductase QueH in the biosynthesis of tRNA queuosine is a unique metalloenzyme 著者: Li, Q. / Bruner, S.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7lc5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22548.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: queH, TM_0731 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 90分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/5GP.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/5GP.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-5GP / |
#4: 化合物 | ChemComp-FE / |
#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM lithium sulfate monohydrate, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月7日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.576→47.53 Å / Num. obs: 27990 / % possible obs: 96.78 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 21.24 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07859 / Rpim(I) all: 0.03314 / Rrim(I) all: 0.08552 / Net I/σ(I): 13.25 |
反射 シェル | 解像度: 1.576→1.633 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6747 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 2694 / CC1/2: 0.834 / CC star: 0.954 / Rpim(I) all: 0.2866 / Rrim(I) all: 0.7346 / % possible all: 94.29 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 7LC5 解像度: 1.58→47.53 Å / SU ML: 0.1881 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5557 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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