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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lc5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of epoxyqueuosine reductase QueH from Thermotoga maritima | ||||||
要素 | Epoxyqueuosine reductase QueH | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Epoxyqueuosine Reductase / QueH / Iron-Sulfur Cluster / Queuosine / tRNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 epoxyqueuosine reductase / epoxyqueuosine reductase activity / queuosine biosynthetic process / tRNA processing / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Q. / Bruner, S.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: Epoxyqueuosine Reductase QueH in the Biosynthetic Pathway to tRNA Queuosine Is a Unique Metalloenzyme. 著者: Li, Q. / Zallot, R. / MacTavish, B.S. / Montoya, A. / Payan, D.J. / Hu, Y. / Gerlt, J.A. / Angerhofer, A. / de Crecy-Lagard, V. / Bruner, S.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lc5.cif.gz | 62.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lc5.ent.gz | 36.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lc5_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lc5_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lc5_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lc5_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lc5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22548.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: queH, TM_0731 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZJ0, epoxyqueuosine reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM lithium sulfate monohydrate, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月7日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.497→47.49 Å / Num. obs: 33575 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 22.33 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04388 / Rpim(I) all: 0.01258 / Rrim(I) all: 0.04569 / Net I/σ(I): 36.83 |
反射 シェル | 解像度: 1.497→1.551 Å / Rmerge(I) obs: 0.7082 / Mean I/σ(I) obs: 4.85 / Num. unique obs: 3276 / CC1/2: 0.929 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.207 / Rrim(I) all: 0.7385 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→47.49 Å / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9144 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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