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- PDB-7lc4: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lc4
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 in complex with gamma-lactam YU253911
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / PBP3 / gamma-lactam / inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XVG / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者van den Akker, F. / Kumar, V.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: A gamma-lactam siderophore antibiotic effective against multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, and Acinetobacter spp.
著者: Goldberg, J.A. / Kumar, V. / Spencer, E.J. / Hoyer, D. / Marshall, S.H. / Hujer, A.M. / Hujer, K.M. / Bethel, C.R. / Papp-Wallace, K.M. / Perez, F. / Jacobs, M.R. / van Duin, D. / Kreiswirth, ...著者: Goldberg, J.A. / Kumar, V. / Spencer, E.J. / Hoyer, D. / Marshall, S.H. / Hujer, A.M. / Hujer, K.M. / Bethel, C.R. / Papp-Wallace, K.M. / Perez, F. / Jacobs, M.R. / van Duin, D. / Kreiswirth, B.N. / van den Akker, F. / Plummer, M.S. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2021年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0532
ポリマ－58,3291
非ポリマー7231
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.765, 82.661, 88.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 58329.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q51504, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-XVG / 1-[(2S)-2-{[(2Z)-2-(2-amino-5-chloro-1,3-thiazol-4-yl)-2-{[(2-carboxypropan-2-yl)oxy]imino}acetyl]amino}-3-oxopropyl]-4-{[2-(5,6-dihydroxy-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)ethyl]carbamoyl}-2,5-dihydro-1H-pyrazole-3-carboxylic acid


分子量: 723.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27ClN8O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34157 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.465 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 427156
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0312.61.15916730.9340.3341.2070.52399.8
2.03-2.0712.60.99216870.9510.2861.0330.652100
2.07-2.1112.80.93116970.9560.2660.9690.55799.8
2.11-2.1512.80.7616590.970.2180.7910.58199.9
2.15-2.212.70.59816850.9720.1720.6230.60799.9
2.2-2.2512.50.53916850.980.1570.5620.699100
2.25-2.3112.30.45416810.9760.1340.4740.696100
2.31-2.3710.90.38716930.9760.1220.4060.71999.6
2.37-2.4412.30.34216790.9820.1010.3570.75299.9
2.44-2.5213.50.28317170.9890.0790.2940.882100
2.52-2.6113.50.23317000.990.0660.2430.951100
2.61-2.7113.30.21716900.9930.0620.2261.149100
2.71-2.8413.20.17517070.9920.050.1831.27199.9
2.84-2.9913.10.15816760.9940.0450.1651.60999.9
2.99-3.1712.80.13717340.9940.040.1432.02999.8
3.17-3.4211.20.11817010.9940.0370.1242.55399.2
3.42-3.7612.20.09917380.9960.0290.1033.19299.9
3.76-4.3112.60.08417360.9970.0240.0883.49100
4.31-5.4312.10.07717570.9970.0230.083.36799.9
5.43-5011.30.06718620.9980.020.073.10899.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PBO

3pbo


解像度: 2→33.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.665 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 1770 5.2 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1778 32335 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.62 Å2 / Biso mean: 31.247 Å2 / Biso min: 13.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→33.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3578 0 49 193 3820
Biso mean--41.22 38.21 -
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.6485113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.5718226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.925485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21420.612196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68515603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4941531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02780
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 141 -
Rwork0.201 2169 -
all-2310 -
obs--91.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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